185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2617 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2956  ribosomal protein S6 modification protein-related protein  70.27 
 
 		 526 aa  753    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0238931 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2526  glutathione synthase/ribosomal protein S6 modification glutaminyl transferase  78.98 
 
 		 528 aa  843    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000161005  normal  0.270973 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2617  hypothetical protein  100 
 
 		 524 aa  1082    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39390  ribosomal protein S6 modification enzyme  79.92 
 
 		 495 aa  829    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46880  glutathione synthase  75.05 
 
 		 529 aa  780    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000272025 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2716  RimK domain-containing protein ATP-grasp  70.08 
 
 		 526 aa  750    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3347  hypothetical protein  80.53 
 
 		 495 aa  835    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4039  hypothetical protein  75.05 
 
 		 515 aa  775    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0756389  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0575  RimK domain protein ATP-grasp  52.33 
 
 		 490 aa  549  1e-155  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0103875  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1035  RimK domain-containing protein ATP-grasp  52.09 
 
 		 499 aa  520  1e-146  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.494403  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2232  RimK domain protein ATP-grasp  52.14 
 
 		 494 aa  498  1e-139  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.360505 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1841  RimK domain-containing protein ATP-grasp  47.86 
 
 		 492 aa  486  1e-136  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0608327 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2089  RimK domain protein ATP-grasp  50.2 
 
 		 518 aa  481  1e-134  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2466  hypothetical protein  50.2 
 
 		 518 aa  481  1e-134  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1291  RimK domain-containing protein ATP-grasp  46.44 
 
 		 483 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.696817  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1157  glutathione synthase  46.34 
 
 		 483 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2526  hypothetical protein  49.29 
 
 		 496 aa  463  1e-129  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1912  hypothetical protein  46.75 
 
 		 483 aa  463  1e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0776  RimK domain-containing protein ATP-grasp  44.2 
 
 		 486 aa  412  1e-114  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.121233  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1892  RimK domain-containing protein ATP-grasp  44.9 
 
 		 502 aa  410  1e-113  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.356939 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0957  RimK-like ATP-grasp  44.08 
 
 		 486 aa  407  1.0000000000000001e-112  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2764  hypothetical protein  44.24 
 
 		 489 aa  403  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.338805  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5784  RimK domain protein ATP-grasp  40.33 
 
 		 486 aa  384  1e-105  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1453  glutathione synthase/ribosomal protein S6 modification enzyme (glutaminyl transferase)  41.21 
 
 		 490 aa  382  1e-105  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1722  glutathione synthase/ribosomal protein S6 modification enzyme (glutaminyl transferase)  40.79 
 
 		 499 aa  382  1e-105  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4158  RimK-like ATP-grasp  42.09 
 
 		 488 aa  382  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.530195  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02216  glutathione synthase  41.41 
 
 		 495 aa  384  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000592479  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1458  RimK domain-containing protein ATP-grasp  42.48 
 
 		 502 aa  384  1e-105  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0341602  normal  0.0124544 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0446  hypothetical protein  40.33 
 
 		 484 aa  379  1e-104  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0422  hypothetical protein  40.33 
 
 		 484 aa  379  1e-104  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2915  glutathione synthase  42.38 
 
 		 486 aa  375  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.525295 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1433  RimK domain-containing protein ATP-grasp  32.48 
 
 		 316 aa  155  2e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.133242 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1421  RimK domain-containing protein ATP-grasp  31.75 
 
 		 316 aa  150  5e-35  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1695  RimK domain-containing protein ATP-grasp  34.54 
 
 		 335 aa  146  9e-34  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.803385  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0475  RimK domain-containing protein ATP-grasp  30.29 
 
 		 316 aa  145  2e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.60167  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1626  RimK domain-containing protein ATP-grasp  33.21 
 
 		 290 aa  140  3.9999999999999997e-32  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0205048 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1201  RimK domain-containing protein ATP-grasp  34.88 
 
 		 255 aa  137  5e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2266  SSU ribosomal protein S6P modification protein  27.76 
 
 		 305 aa  80.5  0.00000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.484979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0769  SSU ribosomal protein S6P modification protein  25.67 
 
 		 471 aa  73.2  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.974202  normal  0.327706 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00716  ribosomal protein S6 modification protein  24.92 
 
 		 301 aa  71.2  0.00000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06734  glutathione synthase  25.96 
 
 		 286 aa  71.2  0.00000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000825  ribosomal protein S6 glutaminyl transferase  25.96 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000778733  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1745  SSU ribosomal protein S6P modification protein  25.88 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000225359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1825  SSU ribosomal protein S6P modification protein  25.88 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000123784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0449  S6 modification enzyme RimK  26.64 
 
 		 301 aa  71.2  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2274  SSU ribosomal protein S6P modification protein  25.88 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000086692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0244  alpha-L-glutamate ligase  26.51 
 
 		 302 aa  70.5  0.00000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.12128  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0481  hypothetical protein  26.18 
 
 		 302 aa  69.7  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0457  hypothetical protein  26.18 
 
 		 302 aa  69.7  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2310  ribosomal protein S6 modification protein  26.77 
 
 		 301 aa  69.7  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0686  SSU ribosomal protein S6P modification protein  26.34 
 
 		 301 aa  70.1  0.0000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  0.0000000000000259145  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2270  ribosomal protein S6 modification protein  25.1 
 
 		 299 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2032  SSU ribosomal protein S6P modification protein  25.71 
 
 		 301 aa  68.9  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000147156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2398  S6 modification enzyme RimK  25.7 
 
 		 307 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3664  alpha-L-glutamate ligase  25 
 
 		 301 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.124246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2380  alpha-L-glutamate ligase  24.9 
 
 		 301 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000191941  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2391  alpha-L-glutamate ligase  24.9 
 
 		 301 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000134298  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1967  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  24.9 
 
 		 301 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000256532  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2143  alpha-L-glutamate ligase  25.3 
 
 		 301 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000119851  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2496  alpha-L-glutamate ligase  24.9 
 
 		 301 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000126065  normal  0.0109329 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0386  ribosomal protein S6 modification protein  24.69 
 
 		 301 aa  68.2  0.0000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.786331  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1791  ribosomal protein S6 modification protein  24.69 
 
 		 301 aa  68.2  0.0000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2289  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  26.88 
 
 		 300 aa  67.4  0.0000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1240  SSU ribosomal protein S6P modification protein  25.86 
 
 		 302 aa  67  0.0000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272934  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1137  lysine biosynthesis enzyme LysX  26.52 
 
 		 283 aa  65.9  0.000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0237722  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3666  alpha-L-glutamate ligase  25.19 
 
 		 301 aa  65.5  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000125802  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0760  ribosomal protein S6 modification protein  25.53 
 
 		 301 aa  65.5  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00088888  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1299  ribosomal protein S6 modification protein  23.85 
 
 		 301 aa  65.5  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.186898  normal  0.0117357 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4122  alpha-L-glutamate ligase  24.14 
 
 		 459 aa  65.5  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000650409  hitchhiker  0.00401578 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2388  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  27.16 
 
 		 300 aa  65.1  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2418  alpha-L-glutamate ligases, RimK family protein  27.62 
 
 		 298 aa  65.5  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1871  ribosomal protein S6 modification protein  24.8 
 
 		 301 aa  65.5  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3341  ribosomal protein S6 modification protein  26.74 
 
 		 471 aa  64.3  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02302  ribosomal protein S6 modification protein  26 
 
 		 305 aa  63.9  0.000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2828  alpha-L-glutamate ligases, ribosomal protein S6 modification protein of RimK family protein  25.42 
 
 		 302 aa  63.5  0.000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1766  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  25.63 
 
 		 301 aa  63.2  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.918853 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5941  ribosomal protein S6 modification protein  25.94 
 
 		 301 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0619  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  26.02 
 
 		 302 aa  63.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  0.913535 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68660  ribosomal protein S6 modification protein  25.94 
 
 		 301 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1643  alpha-L-glutamate ligase  27 
 
 		 300 aa  63.2  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0124301 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3966  alpha-L-glutamate ligase  23.05 
 
 		 456 aa  62.8  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000098482  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1549  S6 modification enzyme RimK  24.05 
 
 		 301 aa  62.4  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2061  S6 modification enzyme RimK  23.83 
 
 		 301 aa  62.4  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000579629  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05140  ribosomal protein S6 modification enzyme RimK  24.6 
 
 		 301 aa  62.4  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1361  alpha-L-glutamate ligase  24.71 
 
 		 301 aa  62.4  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.934336  hitchhiker  0.0000103664 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2353  alpha-L-glutamate ligase  26.72 
 
 		 301 aa  61.6  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000863949  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2101  alpha-L-glutamate ligase  23.02 
 
 		 458 aa  61.6  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00703256  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0363  SSU ribosomal protein S6P modification protein  25.31 
 
 		 301 aa  62  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0604  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  25.61 
 
 		 302 aa  62  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2779  alpha-L-glutamate ligase  23.87 
 
 		 302 aa  61.6  0.00000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000513891  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1956  ribosomal protein S6 modification protein  25.42 
 
 		 303 aa  61.2  0.00000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.52107  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3327  alpha-L-glutamate ligase  25.33 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3184  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  26.92 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2098  SSU ribosomal protein S6P modification protein  23.91 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.247188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1687  S6 modification enzyme RimK  25.35 
 
 		 310 aa  60.5  0.00000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02460  ribosomal protein S6 modification protein  23.55 
 
 		 290 aa  60.5  0.00000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.76969  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0234  ribosomal protein S6 modification protein  24.19 
 
 		 301 aa  60.1  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1690  ribosomal protein S6 modification protein  25.42 
 
 		 303 aa  59.7  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0173  S6 modification enzyme RimK  24.58 
 
 		 301 aa  59.3  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3160  ribosomal protein S6 modification protein  25.76 
 
 		 301 aa  59.3  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>