More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2560 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



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E-value
Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2560  major facilitator transporter  100 
 
 		 415 aa  805    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.48129 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1354  major facilitator transporter  56.66 
 
 		 414 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00928923  normal  0.137177 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0961  major facilitator transporter  56.14 
 
 		 414 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4495  major facilitator transporter  56.4 
 
 		 414 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.662231 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4370  major facilitator transporter  56.4 
 
 		 413 aa  391  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0342792 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0092  major facilitator transporter  43.33 
 
 		 415 aa  288  1e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00809  multidrug efflux system protein  42.21 
 
 		 410 aa  286  4e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2800  major facilitator superfamily MFS_1  42.21 
 
 		 410 aa  286  4e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.245605  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0048  major facilitator transporter  41.53 
 
 		 409 aa  286  4e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.848234  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00826  hypothetical protein  42.21 
 
 		 410 aa  286  4e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0995  multidrug translocase MdfA  42.21 
 
 		 410 aa  286  4e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.462654  normal  0.0714029 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0869  multidrug translocase MdfA  42.46 
 
 		 410 aa  286  7e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.468939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0914  multidrug translocase MdfA  41.96 
 
 		 410 aa  285  8e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0904  multidrug translocase MdfA  41.96 
 
 		 410 aa  285  9e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.248877  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2800  major facilitator transporter  41.96 
 
 		 410 aa  285  9e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4110  multidrug translocase MdfA  41.29 
 
 		 409 aa  284  2.0000000000000002e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1334  major facilitator transporter  41.83 
 
 		 411 aa  283  4.0000000000000003e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.152063 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3760  multidrug translocase  41.67 
 
 		 386 aa  281  1e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0970  multidrug resistance protein MdtM  43.73 
 
 		 410 aa  277  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0999  multidrug resistance protein MdtM  43.73 
 
 		 410 aa  276  4e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1018  multidrug resistance protein MdtM  43.73 
 
 		 410 aa  276  4e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.283578  normal  0.445773 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0938  multidrug resistance protein MdtM  43.73 
 
 		 410 aa  276  4e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0902  multidrug resistance protein MdtM  43.73 
 
 		 410 aa  276  4e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3725  major facilitator transporter  35.39 
 
 		 408 aa  232  9e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4565  multidrug resistance protein MdtM  35.11 
 
 		 410 aa  232  1e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4939  multidrug resistance protein MdtM  35.11 
 
 		 410 aa  231  1e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5851  multidrug resistance protein MdtM  34.83 
 
 		 410 aa  231  2e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.720836 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4884  multidrug resistance protein MdtM  35.01 
 
 		 410 aa  231  2e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.800167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4767  multidrug resistance protein MdtM  34.83 
 
 		 410 aa  230  4e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04206  multidrug efflux system protein  34.55 
 
 		 410 aa  229  9e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.652544  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3658  major facilitator superfamily MFS_1  34.55 
 
 		 410 aa  229  9e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04169  hypothetical protein  34.55 
 
 		 410 aa  229  9e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.596573  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1360  hypothetical protein  37.67 
 
 		 426 aa  228  2e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4848  multidrug resistance protein MdtM  35.06 
 
 		 413 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4922  multidrug resistance protein MdtM  35.92 
 
 		 413 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.353329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4774  multidrug resistance protein MdtM  35.92 
 
 		 413 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.158436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4872  multidrug resistance protein MdtM  35.92 
 
 		 413 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.891982 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4920  multidrug resistance protein MdtM  35.92 
 
 		 413 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.998541  normal  0.506347 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1356  hypothetical protein  37.4 
 
 		 426 aa  224  2e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0777  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.35 
 
 		 418 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4448  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.22 
 
 		 424 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1475  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.58 
 
 		 405 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1045  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.33 
 
 		 461 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15670  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.77 
 
 		 396 aa  108  1e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.789382  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3226  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.29 
 
 		 428 aa  107  5e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0797975  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1958  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.47 
 
 		 437 aa  106  6e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00219492  hitchhiker  0.00000496056 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13380  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.37 
 
 		 424 aa  106  7e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.223533  normal  1 
 
 
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NC_008700  Sama_2017  bicyclomycin resistance protein  27.12 
 
 		 401 aa  105  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.470067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0876  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.99 
 
 		 405 aa  104  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.453625  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2437  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.23 
 
 		 393 aa  104  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.413789  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4760  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.66 
 
 		 399 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.579597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3380  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.85 
 
 		 444 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.27624  decreased coverage  0.00175601 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0954  MFS family transporter  30.17 
 
 		 414 aa  103  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.456329  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0264  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.2 
 
 		 411 aa  102  9e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10470  putative MFS transporter  30.17 
 
 		 402 aa  102  9e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1102  major facilitator superfamily permease  27.37 
 
 		 420 aa  102  1e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.441898  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3595  putative membrane transport protein  27.89 
 
 		 404 aa  102  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3830  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.06 
 
 		 413 aa  102  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.423466  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1659  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.85 
 
 		 398 aa  101  2e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0919  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.3 
 
 		 389 aa  102  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.339104  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1728  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.46 
 
 		 440 aa  101  3e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1452  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  25.91 
 
 		 418 aa  101  3e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.266521  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2351  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.56 
 
 		 398 aa  100  4e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0012  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  25.56 
 
 		 395 aa  100  4e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.502887  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1240  bicyclomycin/multidrug efflux system  32.66 
 
 		 401 aa  100  5e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000341384  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2019  bicyclomycin/multidrug efflux system  29.15 
 
 		 401 aa  99.8  8e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.11668  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4752  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily  27.17 
 
 		 426 aa  99  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.685858  normal  0.328295 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0527  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  27.76 
 
 		 419 aa  98.6  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18090  major facilitator subfamily transporter protein  26.48 
 
 		 392 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25390  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.49 
 
 		 414 aa  98.6  2e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.721605  normal  0.383381 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3797  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.38 
 
 		 405 aa  98.6  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1571  MFS family transporter  26.48 
 
 		 392 aa  98.2  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0318  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.36 
 
 		 402 aa  97.4  4e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0843  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.95 
 
 		 424 aa  97.4  4e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2009  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.01 
 
 		 429 aa  97.1  5e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.175256  normal  0.467375 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2193  inner membrane transport protein YdhC  28.47 
 
 		 402 aa  97.1  6e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.230534  hitchhiker  0.00000667038 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1602  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.29 
 
 		 408 aa  96.7  7e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.940845 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1560  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.8 
 
 		 401 aa  96.7  7e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3110  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.28 
 
 		 418 aa  96.7  7e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2172  drug transport transmembrane protein  26.06 
 
 		 407 aa  96.3  8e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.309598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1841  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  25.77 
 
 		 418 aa  96.3  9e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0749  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.27 
 
 		 498 aa  96.3  9e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.471391  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0437  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.25 
 
 		 398 aa  96.3  9e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1911  bicyclomycin/multidrug efflux system  25.37 
 
 		 396 aa  96.3  9e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0871  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.12 
 
 		 404 aa  95.9  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2375  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  25.36 
 
 		 394 aa  95.5  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.525477 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0009  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.01 
 
 		 394 aa  95.5  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000450315 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001431  multidrug resistance protein D  26.92 
 
 		 397 aa  95.9  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000114311  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3647  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.74 
 
 		 386 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.289957 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0451  putative MFS transporter  30 
 
 		 353 aa  95.9  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.892159 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0685  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.58 
 
 		 386 aa  95.1  2e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0211006  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0109  conserved hypothetical protein, putative drug resistance transporter, Bcr/CflA family  26.12 
 
 		 413 aa  95.1  2e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000456469  n/a   
 
 
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NC_013757  Gobs_3432  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.2 
 
 		 438 aa  95.5  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00363219  n/a   
 
 
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NC_010002  Daci_5334  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  23.84 
 
 		 410 aa  94.7  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012669  Bcav_2780  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.93 
 
 		 399 aa  94.4  3e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.118826 
 
 
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NC_011366  Rleg2_6000  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.69 
 
 		 399 aa  94.7  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.923433  normal  0.331381 
 
 
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NC_009654  Mmwyl1_1767  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  24.4 
 
 		 397 aa  94.4  4e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011146  Gbem_3892  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  25.09 
 
 		 412 aa  94.4  4e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0543814  n/a   
 
 
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NC_008752  Aave_1896  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.51 
 
 		 410 aa  94.4  4e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.101918 
 
 
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NC_011083  SeHA_C2458  bicyclomycin/multidrug efflux system  20.99 
 
 		 396 aa  94  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000150098 
 
 
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