More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2470 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2470  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
244 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  83.61 
 
 
244 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.13 
 
 
240 aa  352  4e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148916  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3907  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.44 
 
 
246 aa  348  6e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.267776 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.85 
 
 
245 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2737  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.21 
 
 
245 aa  336  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.21 
 
 
244 aa  332  3e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.57 
 
 
244 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0125509  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.8 
 
 
244 aa  322  3e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.44 
 
 
245 aa  317  7.999999999999999e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.880926  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.22 
 
 
244 aa  315  3e-85  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365065 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.22 
 
 
244 aa  315  3e-85  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0112  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.51 
 
 
244 aa  303  1.0000000000000001e-81  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0588  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.71 
 
 
247 aa  300  1e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.622721  normal  0.233653 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.51 
 
 
240 aa  288  6e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  0.684579 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0323  clavaldehyde dehydrogenase  61.57 
 
 
245 aa  287  1e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.869868 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.33 
 
 
237 aa  265  5e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.756927  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.56 
 
 
252 aa  259  3e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.26 
 
 
248 aa  259  3e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2416  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.9 
 
 
255 aa  251  7e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0691518 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.53 
 
 
252 aa  251  1e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.26 
 
 
248 aa  249  2e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0635  putative short-chain dehydrogenase/reductase  52.89 
 
 
246 aa  244  6.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.660542  normal  0.0297002 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01927  putative oxidoreductase  52.07 
 
 
252 aa  244  8e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.160278  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.67 
 
 
247 aa  243  1.9999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.28 
 
 
264 aa  242  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.24 
 
 
253 aa  239  2.9999999999999997e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.21 
 
 
247 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.04 
 
 
245 aa  236  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.553727  normal  0.0273902 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1627  oxidoreductase  48.18 
 
 
255 aa  231  6e-60  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.26 
 
 
317 aa  229  2e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.66 
 
 
247 aa  227  1e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.248634 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.66 
 
 
247 aa  226  2e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.247071  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.66 
 
 
247 aa  226  2e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.212596  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.69 
 
 
246 aa  221  6e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.809389  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
246 aa  221  9.999999999999999e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.79 
 
 
245 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.17 
 
 
246 aa  216  2e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.24 
 
 
246 aa  214  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.836966 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.71 
 
 
246 aa  213  2.9999999999999995e-54  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.33 
 
 
250 aa  211  5.999999999999999e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.04 
 
 
246 aa  210  1e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.04 
 
 
246 aa  210  1e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.62 
 
 
247 aa  203  2e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.63 
 
 
248 aa  201  9.999999999999999e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.172179  normal  0.840489 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1086  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  44.58 
 
 
247 aa  197  9e-50  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.144372  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.04 
 
 
248 aa  197  9e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  hitchhiker  0.00314525 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.23 
 
 
259 aa  193  2e-48  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.31 
 
 
249 aa  193  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.37 
 
 
246 aa  190  2e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0101774  normal  0.961149 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05303  oxidoreductase  42.08 
 
 
239 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000420  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  42.68 
 
 
239 aa  172  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.637186  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0184  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.92 
 
 
239 aa  172  2.9999999999999996e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4057  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
239 aa  170  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
252 aa  169  5e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4141  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.59 
 
 
243 aa  167  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
243 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.853199  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.21 
 
 
239 aa  166  4e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.25 
 
 
184 aa  164  9e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000317715  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33490  short-chain alcohol dehydrogenase  39.02 
 
 
247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.343117  normal  0.392445 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
243 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 
249 aa  164  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05318  hypothetical protein similar to nonribosomal peptide synthetase 10 (Broad)  38.21 
 
 
1270 aa  161  9e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.556036  normal  0.849429 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4325  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
241 aa  160  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
239 aa  161  1e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
231 aa  160  2e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.459049  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
231 aa  160  2e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4937  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40 
 
 
239 aa  159  6e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.396795  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0951  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
261 aa  158  7e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
261 aa  158  9e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.268545  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0362  hypothetical protein  38.21 
 
 
257 aa  157  1e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  38.21 
 
 
257 aa  157  2e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
257 aa  156  3e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
254 aa  155  5.0000000000000005e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00917144  normal  0.0792915 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
254 aa  154  9e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.66 
 
 
242 aa  154  1e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.186526  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4636  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 
254 aa  152  2.9999999999999998e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.07 
 
 
257 aa  152  5e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.25 
 
 
246 aa  151  8.999999999999999e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
255 aa  150  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.44 
 
 
230 aa  149  3e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
256 aa  149  3e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06330  oxidoreductase  35.39 
 
 
243 aa  148  6e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.646831  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 
261 aa  148  6e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3769  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2461  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.54 
 
 
242 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.162516  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0250  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.45 
 
 
240 aa  145  6e-34  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.183431  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0471  short chain dehydrogenase  38.78 
 
 
258 aa  144  1e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.93 
 
 
330 aa  144  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.415615 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.41 
 
 
330 aa  142  4e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0961773  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.21 
 
 
254 aa  142  4e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.495407 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 
233 aa  141  8e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.84 
 
 
243 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.138701 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1696  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.37 
 
 
258 aa  141  9.999999999999999e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.817291  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1571  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  33.05 
 
 
243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1610  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
232 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
269 aa  140  1.9999999999999998e-32  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
233 aa  139  3e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.07 
 
 
259 aa  139  3e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192229  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47104  non ribosomal peptide synthase  36.14 
 
 
1367 aa  139  4.999999999999999e-32  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>