More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1970 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
299 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  83.05 
 
 
301 aa  501  1e-141  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  81.91 
 
 
302 aa  496  1e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  75.17 
 
 
298 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  74.49 
 
 
313 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  74.15 
 
 
294 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  73.63 
 
 
294 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  61.56 
 
 
293 aa  342  2.9999999999999997e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  56.4 
 
 
296 aa  318  5e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  55.78 
 
 
295 aa  318  6e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  53.29 
 
 
294 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  53.63 
 
 
294 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  53.63 
 
 
294 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 
305 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  52.92 
 
 
305 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  52.92 
 
 
305 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  52.92 
 
 
305 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 
296 aa  294  1e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  51.86 
 
 
399 aa  291  9e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 
299 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 
299 aa  280  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 
299 aa  280  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  46.08 
 
 
305 aa  252  4.0000000000000004e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  46.78 
 
 
335 aa  250  2e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 
291 aa  242  6e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 
303 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 
306 aa  236  3e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
304 aa  236  4e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 
301 aa  232  4.0000000000000004e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 
301 aa  231  8.000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 
301 aa  231  8.000000000000001e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  39.93 
 
 
307 aa  229  3e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 
303 aa  228  7e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 
309 aa  228  8e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  46.05 
 
 
308 aa  228  1e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 
306 aa  227  2e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 
293 aa  227  2e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 
322 aa  227  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 
305 aa  227  2e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 
302 aa  226  3e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 
304 aa  225  8e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  39.06 
 
 
302 aa  225  8e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 
316 aa  224  1e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 
309 aa  223  3e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  40.61 
 
 
297 aa  223  3e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  40.07 
 
 
303 aa  222  7e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  40.96 
 
 
299 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 
317 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 
303 aa  221  9.999999999999999e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  40.96 
 
 
299 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 
302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 
307 aa  220  1.9999999999999999e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
304 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 
302 aa  218  1e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
300 aa  218  1e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  40.34 
 
 
300 aa  217  2e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 
301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  43.82 
 
 
305 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 
298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 
296 aa  216  4e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
299 aa  216  5e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 
313 aa  215  5.9999999999999996e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
296 aa  215  5.9999999999999996e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 
305 aa  215  8e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 
299 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.58 
 
 
299 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 
307 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 
307 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 
294 aa  214  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 
300 aa  214  9.999999999999999e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 
297 aa  214  9.999999999999999e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 
298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
324 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 
307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 
319 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  41.84 
 
 
301 aa  212  4.9999999999999996e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
304 aa  212  4.9999999999999996e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  40.13 
 
 
301 aa  212  5.999999999999999e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.4 
 
 
304 aa  212  5.999999999999999e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 
304 aa  212  5.999999999999999e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
310 aa  212  7e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  37.46 
 
 
309 aa  212  7e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  39.79 
 
 
302 aa  212  7e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
310 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
310 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 
302 aa  211  1e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
302 aa  211  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
304 aa  211  1e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 
310 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 
299 aa  211  1e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  38.57 
 
 
289 aa  211  2e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 
293 aa  210  2e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 
298 aa  210  3e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  39.41 
 
 
305 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 
311 aa  209  3e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  40.28 
 
 
298 aa  209  5e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 
301 aa  209  5e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 
295 aa  209  5e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 
305 aa  209  5e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.34329 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>