More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1958 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  100 
 
 		 928 aa  1871    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  36.84 
 
 		 972 aa  450  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  34.85 
 
 		 961 aa  451  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4035  transcriptional regulator, winged helix family  35.37 
 
 		 946 aa  434  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5408  transcriptional regulator, winged helix family  35.77 
 
 		 953 aa  431  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.17847  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  33.99 
 
 		 956 aa  418  9.999999999999999e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2248  transcriptional regulator  34.17 
 
 		 959 aa  411  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5714  transcriptional regulator  32.85 
 
 		 950 aa  398  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140329 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1957  transcriptional regulator  48.73 
 
 		 490 aa  395  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6123  transcriptional regulator, winged helix family  33.43 
 
 		 1010 aa  390  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2376  transcriptional regulator  33.95 
 
 		 1001 aa  382  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5401  transcriptional regulator, winged helix family  34.04 
 
 		 906 aa  382  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5187  transcriptional regulator, winged helix family  32.48 
 
 		 950 aa  376  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5719  transcriptional regulator  34.23 
 
 		 966 aa  367  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5402  transcriptional regulator, winged helix family  33.55 
 
 		 901 aa  356  8.999999999999999e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6834  transcriptional regulator, winged helix family  32.73 
 
 		 921 aa  349  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.037754 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6136  transcriptional regulator, winged helix family  32.64 
 
 		 1014 aa  341  4e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4972  transcriptional regulator  33.29 
 
 		 877 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.36225  normal  0.311827 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5826  transcriptional regulator  31.92 
 
 		 948 aa  317  5e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5717  transcriptional regulator  31.87 
 
 		 973 aa  313  1e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2391  transcriptional regulator  33.68 
 
 		 954 aa  310  6.999999999999999e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.814373 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5609  transcriptional regulator  31.4 
 
 		 948 aa  306  1.0000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0160081  normal  0.519557 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7016  transcriptional regulator  30.78 
 
 		 973 aa  306  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.252317  normal  0.0265916 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6350  transcriptional regulator  30.88 
 
 		 973 aa  305  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00620791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  38.59 
 
 		 658 aa  303  9e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1207  transcriptional regulator  29.69 
 
 		 922 aa  295  3e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598339  normal  0.808052 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2380  transcriptional regulator  35.65 
 
 		 618 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.341118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6694  transcriptional regulator, winged helix family  36.17 
 
 		 504 aa  278  3e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.795253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7033  transcriptional regulator  37.94 
 
 		 601 aa  277  8e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00572019  normal  0.346224 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  37.45 
 
 		 591 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  36.66 
 
 		 591 aa  276  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1462  transcriptional regulator  38.12 
 
 		 601 aa  275  4.0000000000000004e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6366  transcriptional regulator  38.12 
 
 		 601 aa  275  4.0000000000000004e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  36.18 
 
 		 493 aa  245  3e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  36.18 
 
 		 493 aa  244  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  36.18 
 
 		 493 aa  244  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1232  transcriptional regulator  35.17 
 
 		 481 aa  237  7e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6897  ATPase-like protein  35.84 
 
 		 1125 aa  233  1e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.326913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4526  transcriptional regulator  36.62 
 
 		 468 aa  231  5e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6865  ATPase-like protein  33.79 
 
 		 701 aa  224  4e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.776799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2859  transcriptional activator domain protein  30.69 
 
 		 999 aa  224  4.9999999999999996e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0836  ATPase-like protein  38.5 
 
 		 1017 aa  220  1e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.748531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5928  regulatory protein, LuxR  35.43 
 
 		 1085 aa  219  1e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.9439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5782  ATPase-like protein  31.03 
 
 		 1103 aa  219  1e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493959  normal  0.0341342 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6027  ATPase-like protein  33.21 
 
 		 960 aa  216  9.999999999999999e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.833811  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6790  ATPase-like protein  34.91 
 
 		 1087 aa  215  2.9999999999999995e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2737  transcriptional activator domain-containing protein  37.41 
 
 		 1102 aa  214  5.999999999999999e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.247337  normal  0.588178 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3003  protein kinase  34.29 
 
 		 792 aa  214  7.999999999999999e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2946  LuxR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 781 aa  213  2e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12510  LuxR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 1137 aa  212  2e-53  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000380393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7942  protein kinase  39.04 
 
 		 824 aa  210  8e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4166  transcriptional regulator, winged helix family  35.46 
 
 		 1049 aa  209  2e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.497343 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6264  transcriptional regulator, winged helix family  38.13 
 
 		 1066 aa  209  2e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.616915  normal  0.333942 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2572  transcriptional regulator, winged helix family  34 
 
 		 957 aa  209  2e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.526288  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0191  LuxR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 775 aa  207  5e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.563436 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1195  putative regulator  32.82 
 
 		 780 aa  207  8e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3711  transcriptional regulator, LuxR family  39.88 
 
 		 765 aa  207  8e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.132318  normal  0.304738 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0829  ATPase-like protein  36.44 
 
 		 1092 aa  205  4e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11389  transcriptional regulator  36.25 
 
 		 887 aa  205  4e-51  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10909  LuxR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 882 aa  204  6e-51  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1825  transcriptional regulator, LuxR family  38.55 
 
 		 886 aa  202  3e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.125686  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1442  transcriptional regulator  29.42 
 
 		 888 aa  201  7e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.31533  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0992  LuxR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 814 aa  200  1.0000000000000001e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2409  transcriptional activator domain protein  37.59 
 
 		 1119 aa  200  1.0000000000000001e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00237404 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1479  transcriptional regulator  38.27 
 
 		 502 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0719  transcriptional regulator, LuxR family  35.83 
 
 		 768 aa  199  2.0000000000000003e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.141698  hitchhiker  0.00663122 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2036  ATPase-like protein  38.85 
 
 		 1110 aa  199  2.0000000000000003e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.856154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2819  ATPase-like protein  33.03 
 
 		 776 aa  198  4.0000000000000005e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.537271 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4552  transcriptional regulator  33.78 
 
 		 1043 aa  197  5.000000000000001e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.01867 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10391  LuxR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 1085 aa  197  6e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000074536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6374  transcriptional regulator, winged helix family  39.39 
 
 		 1042 aa  196  1e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7258  protein kinase  37 
 
 		 1056 aa  194  6e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.235738  normal  0.516211 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8855  ATPase-like protein  33.63 
 
 		 1050 aa  194  7e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0635929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1516  Tetratricopeptide TPR_4  34.58 
 
 		 840 aa  193  1e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00950559  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1634  transcriptional regulator, winged helix family  36.75 
 
 		 1058 aa  193  1e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.453274  normal  0.125292 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2066  transcriptional regulator, winged helix family  36.61 
 
 		 1058 aa  192  2e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0802  transcriptional regulator, LuxR family  35.53 
 
 		 755 aa  193  2e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.616223  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5141  ATPase-like protein  37.03 
 
 		 1072 aa  190  1e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0757  TPR repeat-containing regulatory protein LuxR  35.89 
 
 		 799 aa  189  2e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3338  transcriptional regulator, LuxR family  36.84 
 
 		 919 aa  188  4e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.682048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2154  two component transcriptional regulator  30.89 
 
 		 975 aa  187  9e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000789084  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1025  ATPase-like protein  37.12 
 
 		 1055 aa  186  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0472281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0684  transcriptional regulator, XRE family  33.79 
 
 		 779 aa  184  5.0000000000000004e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2207  XRE family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 901 aa  182  2e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0758  regulatory protein, LuxR  36.67 
 
 		 827 aa  183  2e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1124  transcriptional regulator, XRE family  30.73 
 
 		 816 aa  182  2e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5616  transcriptional regulator, winged helix family  27.72 
 
 		 1097 aa  182  2e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00878101  normal  0.0410106 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1372  transcriptional regulator, winged helix family  38.42 
 
 		 1227 aa  181  4e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.291577  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3609  transcriptional regulator, LuxR family  36.59 
 
 		 818 aa  181  4.999999999999999e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1059  ATPase-like protein  33.08 
 
 		 760 aa  181  4.999999999999999e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.183433 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5260  transcriptional regulator, winged helix family  37.78 
 
 		 1093 aa  181  5.999999999999999e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8841  ATPase-like protein  38.68 
 
 		 951 aa  180  8e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.179034 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4666  transcriptional regulator, winged helix family  33.77 
 
 		 1100 aa  180  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0465391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1585  transcriptional regulator  33.68 
 
 		 980 aa  178  5e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.79609  normal  0.0274178 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4464  LuxR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 1082 aa  177  6e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0122059 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3216  transcriptional regulator, LuxR family  34.53 
 
 		 931 aa  175  2.9999999999999996e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0908309  hitchhiker  0.000000189217 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3667  ATPase-like protein  33.01 
 
 		 916 aa  175  5e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0201834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2284  transcriptional regulator  34.4 
 
 		 952 aa  174  9e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195552 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1685  transcriptional regulator, winged helix family  35.75 
 
 		 943 aa  173  1e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1058  protein kinase  32.55 
 
 		 678 aa  172  3e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0240758 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>