More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1892 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  92.22 
 
 		 360 aa  677    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2175  3-isopropylmalate dehydrogenase  91.94 
 
 		 360 aa  680    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0671441  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1985  3-isopropylmalate dehydrogenase  92.5 
 
 		 360 aa  684    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.2378  decreased coverage  0.00707192 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2015  3-isopropylmalate dehydrogenase  89.17 
 
 		 360 aa  653    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.021307  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1892  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 		 360 aa  731    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.154027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1551  3-isopropylmalate dehydrogenase  91.67 
 
 		 360 aa  662    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.346494 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3771  3-isopropylmalate dehydrogenase  92.22 
 
 		 360 aa  677    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2721  3-isopropylmalate dehydrogenase  88.33 
 
 		 360 aa  645    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0190941  normal  0.0566777 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1519  3-isopropylmalate dehydrogenase  92.22 
 
 		 360 aa  678    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.676476  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34260  3-isopropylmalate dehydrogenase  87.22 
 
 		 360 aa  641    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23790  3-isopropylmalate dehydrogenase  89.44 
 
 		 360 aa  661    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0915643 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02610  3-isopropylmalate dehydrogenase  83.47 
 
 		 357 aa  613  9.999999999999999e-175  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1539  3-isopropylmalate dehydrogenase  79.83 
 
 		 357 aa  582  1.0000000000000001e-165  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1483  3-isopropylmalate dehydrogenase  79.27 
 
 		 357 aa  578  1e-164  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.607612  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0797  3-isopropylmalate dehydrogenase  72.55 
 
 		 357 aa  541  1e-153  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000426941  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2093  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.95 
 
 		 359 aa  532  1e-150  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0127981  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2084  3-isopropylmalate dehydrogenase  72.55 
 
 		 357 aa  528  1e-149  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1563  3-isopropylmalate dehydrogenase  71.43 
 
 		 357 aa  528  1e-149  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.27267  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1247  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.11 
 
 		 359 aa  513  1e-144  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1230  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.83 
 
 		 361 aa  508  1e-143  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121054 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2063  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.16 
 
 		 360 aa  504  9.999999999999999e-143  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1934  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.42 
 
 		 367 aa  499  1e-140  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00169189  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1341  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.38 
 
 		 357 aa  495  1e-139  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.643187 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2451  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.19 
 
 		 379 aa  496  1e-139  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.197257  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0864  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.93 
 
 		 350 aa  491  9.999999999999999e-139  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000147801  hitchhiker  0.00313755 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1810  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.75 
 
 		 356 aa  494  9.999999999999999e-139  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.704264  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1014  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.79 
 
 		 362 aa  489  1e-137  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1716  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.23 
 
 		 357 aa  484  1e-136  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1410  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.67 
 
 		 367 aa  485  1e-136  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.531545  normal  0.584251 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3068  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.07 
 
 		 354 aa  484  1e-135  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.787339  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1703  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.8 
 
 		 351 aa  483  1e-135  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.112603  hitchhiker  0.00699985 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4627  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.76 
 
 		 355 aa  475  1e-133  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.391224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2311  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.04 
 
 		 355 aa  477  1e-133  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1920  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.95 
 
 		 353 aa  476  1e-133  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2131  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.88 
 
 		 355 aa  476  1e-133  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.609597  normal  0.0221523 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0674  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.32 
 
 		 355 aa  477  1e-133  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00238259  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1571  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.94 
 
 		 367 aa  475  1e-133  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.468335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0767  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.76 
 
 		 356 aa  473  1e-132  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.76 
 
 		 363 aa  473  1e-132  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378872  normal  0.141872 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2143  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.48 
 
 		 356 aa  472  1e-132  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444097  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1819  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.32 
 
 		 356 aa  474  1e-132  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.7246  normal  0.707373 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3576  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.48 
 
 		 355 aa  471  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.490614 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3847  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.76 
 
 		 355 aa  472  1e-132  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.937841 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2472  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.48 
 
 		 355 aa  474  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  0.454857 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4415  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.48 
 
 		 355 aa  471  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3343  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.48 
 
 		 355 aa  472  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3952  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.48 
 
 		 355 aa  471  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.201991 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1643  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.76 
 
 		 355 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2313  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.76 
 
 		 355 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.941716  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1726  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.76 
 
 		 355 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2451  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.76 
 
 		 355 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.172832  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0775  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.76 
 
 		 355 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0341042  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6847  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.48 
 
 		 355 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0118477  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2887  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.48 
 
 		 355 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.423656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1852  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.76 
 
 		 355 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0614244  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0523  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.76 
 
 		 355 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.653046  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2586  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.37 
 
 		 359 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1677  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.92 
 
 		 367 aa  466  9.999999999999999e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1054  3-isopropylmalate dehydrogenase  66.11 
 
 		 356 aa  468  9.999999999999999e-131  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.347892 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1918  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.82 
 
 		 353 aa  465  9.999999999999999e-131  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4369  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.36 
 
 		 355 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3233  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.64 
 
 		 357 aa  464  1e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0488471  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1420  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.97 
 
 		 362 aa  462  1e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1221  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.08 
 
 		 357 aa  461  9.999999999999999e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.725495  normal  0.0144759 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1740  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.25 
 
 		 357 aa  457  1e-127  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1781  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.17 
 
 		 359 aa  457  1e-127  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.500834  hitchhiker  0.00494446 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3041  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.25 
 
 		 356 aa  455  1e-127  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1794  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.12 
 
 		 358 aa  453  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.741097 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2162  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.69 
 
 		 363 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1793  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.79 
 
 		 356 aa  451  1e-125  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.121615  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1047  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.69 
 
 		 357 aa  449  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0114  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.56 
 
 		 352 aa  448  1e-125  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1904  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.69 
 
 		 365 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000997715  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2577  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.43 
 
 		 362 aa  446  1.0000000000000001e-124  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.338977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4657  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.77 
 
 		 364 aa  445  1.0000000000000001e-124  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431802 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5238  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.57 
 
 		 356 aa  444  1e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.37874 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0347  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.5 
 
 		 361 aa  442  1e-123  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0340  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.5 
 
 		 361 aa  442  1e-123  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3610  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.64 
 
 		 361 aa  442  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.358353 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2879  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.45 
 
 		 362 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0602  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.45 
 
 		 362 aa  438  9.999999999999999e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000206723  normal  0.0345378 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0972  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.86 
 
 		 362 aa  439  9.999999999999999e-123  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.99 
 
 		 356 aa  439  9.999999999999999e-123  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0288  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.1 
 
 		 356 aa  441  9.999999999999999e-123  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0387  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.86 
 
 		 357 aa  436  1e-121  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.603311  normal  0.830854 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0908  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.73 
 
 		 362 aa  437  1e-121  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0378851  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0045  3-isopropylmalate dehydrogenase  60 
 
 		 362 aa  431  1e-120  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0146911  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3353  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.17 
 
 		 362 aa  433  1e-120  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.133211 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0348  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.89 
 
 		 363 aa  430  1e-119  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000128786  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2099  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.26 
 
 		 355 aa  428  1e-119  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000153808  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3222  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.41 
 
 		 358 aa  429  1e-119  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0081  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.78 
 
 		 368 aa  428  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0813149 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3762  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.28 
 
 		 367 aa  428  1e-119  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2592  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.55 
 
 		 371 aa  431  1e-119  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.229971  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1045  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.61 
 
 		 362 aa  430  1e-119  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.18231  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2140  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.78 
 
 		 358 aa  430  1e-119  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2524  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.67 
 
 		 369 aa  427  1e-118  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.714708  normal  0.231769 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3775  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.06 
 
 		 358 aa  427  1e-118  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  hitchhiker  0.00333636 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2987  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.52 
 
 		 362 aa  426  1e-118  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0123626  normal  0.372327 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1191  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.93 
 
 		 370 aa  427  1e-118  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>