More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1728 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1728  long-chain-acyl-CoA synthetase  100 
 
 
612 aa  1266    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2809  long-chain-acyl-CoA synthetase  47.86 
 
 
609 aa  603  1.0000000000000001e-171  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2696  long-chain-acyl-CoA synthetase  49.59 
 
 
608 aa  601  1e-170  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.22324 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2261  long-chain-acyl-CoA synthetase  49.35 
 
 
608 aa  591  1e-167  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.982772  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26640  long-chain-acyl-CoA synthetase  48.69 
 
 
608 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4510  long-chain-acyl-CoA synthetase  39.37 
 
 
601 aa  447  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.246631 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11230  long-chain-acyl-CoA synthetase  40.59 
 
 
597 aa  436  1e-121  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0151554  normal  0.367156 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3312  AMP-dependent synthetase and ligase  41.98 
 
 
592 aa  436  1e-121  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4237  long-chain-acyl-CoA synthetase  40.44 
 
 
592 aa  435  1e-120  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.168634 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4007  long-chain-acyl-CoA synthetase  40.44 
 
 
592 aa  435  1e-120  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.657785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4081  long-chain-acyl-CoA synthetase  40.44 
 
 
592 aa  435  1e-120  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0876602  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2185  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.04 
 
 
600 aa  429  1e-119  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.00664297  normal  0.684418 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3444  AMP-dependent synthetase and ligase  41.86 
 
 
598 aa  421  1e-116  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1163  AMP-dependent synthetase and ligase  39.72 
 
 
603 aa  414  1e-114  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1645  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.71 
 
 
600 aa  402  1e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5072  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.89 
 
 
605 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0947195  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1103  long-chain-acyl-CoA synthetase  37.94 
 
 
630 aa  368  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1000  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.12 
 
 
622 aa  360  3e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3316  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.5 
 
 
608 aa  353  5e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.390941  hitchhiker  0.0000571786 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3338  long-chain-acyl-CoA synthetase  37.46 
 
 
593 aa  345  1e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4318  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.96 
 
 
592 aa  345  1e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.699196  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2309  long-chain-acyl-CoA synthetase  37.19 
 
 
598 aa  343  5.999999999999999e-93  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3540  long-chain-acyl-CoA synthetase  35.66 
 
 
596 aa  342  1e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.498772 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5067  long-chain-acyl-CoA synthetase  37.41 
 
 
610 aa  336  9e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.113463 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4606  long-chain-acyl-CoA synthetase  37.06 
 
 
610 aa  333  5e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.515883  normal  0.042259 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1144  long-chain-acyl-CoA synthetase  32.99 
 
 
590 aa  318  2e-85  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.036593  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2150  long-chain-acyl-CoA synthetase  33.11 
 
 
621 aa  309  8e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05192  long-chain fatty acid transporter, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G07270)  35.42 
 
 
723 aa  285  2.0000000000000002e-75  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.311287  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06649  very-long-chain acyl-CoA synthetase family protein (CefD1), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G03630)  33.01 
 
 
710 aa  270  4e-71  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05877  bifunctional fatty acid transporter/acyl-CoA synthetase (FAT1), putative (AFU_orthologue; AFUA_2G11360)  34.16 
 
 
639 aa  266  1e-69  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.523538 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78107  predicted protein  32.39 
 
 
653 aa  253  6e-66  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0040  AMP-dependent synthetase and ligase  29.9 
 
 
708 aa  196  1e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0112  AMP-dependent synthetase and ligase  30.04 
 
 
572 aa  175  1.9999999999999998e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3258  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.29 
 
 
545 aa  172  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15308  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  27.2 
 
 
552 aa  171  3e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.09 
 
 
534 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.09 
 
 
534 aa  165  3e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  27.87 
 
 
551 aa  162  2e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.37 
 
 
517 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.17 
 
 
517 aa  156  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.17 
 
 
517 aa  156  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.17 
 
 
517 aa  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.98 
 
 
517 aa  154  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  27.31 
 
 
662 aa  150  4e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0100  AMP-dependent synthetase and ligase  27.18 
 
 
519 aa  151  4e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1508  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.86 
 
 
535 aa  150  5e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3639  AMP-dependent synthetase and ligase  28.33 
 
 
512 aa  150  5e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.917263  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.03 
 
 
517 aa  150  6e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1832  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.31 
 
 
537 aa  150  6e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.603335 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.22 
 
 
522 aa  150  7e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  27.22 
 
 
522 aa  150  7e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.22 
 
 
522 aa  150  8e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7121  AMP-dependent synthetase and ligase  27.65 
 
 
542 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3301  acyl-CoA synthetase  26.46 
 
 
991 aa  149  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.22 
 
 
517 aa  149  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.41 
 
 
505 aa  149  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.221467 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3226  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.06 
 
 
517 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0039  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.03 
 
 
522 aa  148  3e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2757  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.75 
 
 
538 aa  147  5e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679806  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4035  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.15 
 
 
517 aa  147  7.0000000000000006e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.948769  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3562  AMP-dependent synthetase and ligase  27.03 
 
 
517 aa  146  9e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0576  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.25 
 
 
516 aa  146  9e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2962  acyl-CoA synthetase  25.79 
 
 
1005 aa  145  2e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3006  acyl-CoA synthetase  25.79 
 
 
1005 aa  145  2e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.639197 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2154  AMP-dependent synthetase and ligase  25.65 
 
 
513 aa  144  3e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2453  AMP-dependent synthetase and ligase  29.08 
 
 
544 aa  142  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2977  acyl-CoA synthetase  25.66 
 
 
1005 aa  142  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.120124  normal  0.0134257 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1267  AMP-dependent synthetase and ligase  27.27 
 
 
981 aa  142  1.9999999999999998e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2673  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.32 
 
 
518 aa  140  6e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4608  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.61 
 
 
550 aa  139  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4624  acyl-CoA synthetase  31.88 
 
 
500 aa  139  1e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  30 
 
 
549 aa  139  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4712  acyl-CoA synthetase  31.88 
 
 
500 aa  139  1e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1300  DitJ-like CoA ligase  26.64 
 
 
547 aa  139  2e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  28.44 
 
 
535 aa  138  3.0000000000000003e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.114603  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  26.35 
 
 
495 aa  138  3.0000000000000003e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7061  AMP-dependent synthetase and ligase  26.34 
 
 
513 aa  137  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.131857 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3957  AMP-dependent synthetase and ligase  28.69 
 
 
518 aa  137  5e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11700  acyl-CoA synthetase  26.37 
 
 
999 aa  137  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.257643 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5900  acyl-CoA synthetase  27.1 
 
 
543 aa  136  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0265  AMP-dependent synthetase and ligase  26.99 
 
 
512 aa  136  9.999999999999999e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.73102  normal  0.999121 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13540  acyl-CoA synthetase  30.11 
 
 
502 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.55264e-46  hitchhiker  0.0000144188 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2066  AMP-dependent synthetase and ligase  27.21 
 
 
527 aa  135  1.9999999999999998e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3484  AMP-dependent synthetase and ligase  26.82 
 
 
551 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.436889  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1549  acyl-CoA synthetase  29.65 
 
 
512 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00257603  normal  0.272175 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  25.65 
 
 
498 aa  134  5e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1473  AMP-dependent synthetase and ligase  25 
 
 
536 aa  134  6.999999999999999e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2996  acyl-CoA synthetase  25.23 
 
 
592 aa  133  9e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.353714  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3517  acyl-CoA synthetase  25.67 
 
 
989 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.249867 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13106  fatty-acid-CoA ligase fadD13  26.49 
 
 
503 aa  132  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5208  acyl-CoA synthetase  28.69 
 
 
503 aa  130  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.257716 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5007  acyl-CoA synthetase  30.24 
 
 
501 aa  130  6e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.223508  normal  0.902426 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4269  AMP-dependent synthetase and ligase  26.3 
 
 
539 aa  130  9.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772082  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2746  putative long chain fatty acid CoA ligase  25.67 
 
 
543 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0920445 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  25.13 
 
 
561 aa  127  8.000000000000001e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3436  AMP-dependent synthetase and ligase  24.78 
 
 
586 aa  125  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0569509  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  27.53 
 
 
517 aa  125  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3512  AMP-dependent synthetase and ligase  27.88 
 
 
539 aa  124  4e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.161778  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  26.76 
 
 
516 aa  124  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33180  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  26.08 
 
 
509 aa  124  5e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0193282  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>