More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1563 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1563  flagellar biosynthesis sigma factor  100 
 
 		 246 aa  496  1e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.074099  normal  0.0505791 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1979  motility sigma factor FliA  94.31 
 
 		 246 aa  473  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.317165  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3437  flagellar biosynthesis sigma factor  94.31 
 
 		 246 aa  473  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0675365  normal  0.612127 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3667  flagellar biosynthesis sigma factor  90.24 
 
 		 246 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0670648  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4341  flagellar biosynthesis sigma factor  90.24 
 
 		 246 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.779936  normal  0.695948 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1526  flagellar biosynthesis sigma factor  90.24 
 
 		 246 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.733925  normal  0.50237 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3910  flagellar biosynthesis sigma factor  90.24 
 
 		 246 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2805  flagellar biosynthesis sigma factor  87.76 
 
 		 248 aa  434  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.838536  normal  0.135389 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45630  flagellar biosynthesis sigma factor  83.2 
 
 		 247 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0531213  normal  0.225194 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3872  flagellar biosynthesis sigma factor  83.61 
 
 		 239 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107932  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1975  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  59.5 
 
 		 247 aa  284  8e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.24626  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0477  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  59.75 
 
 		 247 aa  282  4.0000000000000003e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.965458  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2164  flagellar protein FliS  55.33 
 
 		 250 aa  277  1e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.980839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2290  flagellar biosynthesis sigma factor  56.91 
 
 		 243 aa  276  3e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3428  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  55.14 
 
 		 245 aa  272  4.0000000000000004e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0985  RNA polymerase, sigma 28 subunit  56.38 
 
 		 242 aa  271  8.000000000000001e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.337517 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02870  flagellar biosynthesis sigma factor  58.72 
 
 		 243 aa  271  9e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000184148  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0747  sigma 28 (flagella/sporulation)  60.27 
 
 		 241 aa  268  7e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.592046  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1338  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  59.56 
 
 		 241 aa  268  8e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.426403  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2280  flagellar biosynthesis sigma factor  57.33 
 
 		 239 aa  268  8.999999999999999e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0133422  normal  0.62617 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3030  flagellar biosynthesis sigma factor  56.17 
 
 		 242 aa  267  1e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2155  Sigma28 (flagella)  60.18 
 
 		 234 aa  264  8.999999999999999e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03144  flagellar biosynthesis sigma factor  58.55 
 
 		 244 aa  263  1e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1519  flagellar biosynthesis sigma factor  56.28 
 
 		 239 aa  263  2e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1746  flagellar biosynthesis sigma factor  56.72 
 
 		 238 aa  263  3e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1746  flagellar biosynthesis sigma factor  56.17 
 
 		 238 aa  262  4e-69  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002832  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  57.69 
 
 		 244 aa  261  8e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000415282  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1299  flagellar biosynthesis sigma factor  55.42 
 
 		 237 aa  259  3e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.178662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1366  flagellar biosynthesis sigma factor  55.42 
 
 		 237 aa  259  3e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.183792  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3210  flagellar biosynthesis sigma factor  55.08 
 
 		 237 aa  258  7e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1383  flagellar biosynthesis sigma factor  55.74 
 
 		 239 aa  258  8e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0146638  normal  0.275923 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1199  flagellar biosynthesis sigma factor  56.77 
 
 		 239 aa  257  1e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000316929  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1359  flagellar biosynthesis sigma factor  53.69 
 
 		 237 aa  257  1e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.273626  normal  0.101166 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1378  flagellar biosynthesis sigma factor  57.33 
 
 		 239 aa  256  2e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.689794  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1343  flagellar biosynthesis sigma factor  55.02 
 
 		 239 aa  256  3e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.600056  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1175  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  54.66 
 
 		 253 aa  256  3e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.216131  normal  0.392171 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1635  flagellar biosynthesis sigma factor  55.6 
 
 		 242 aa  255  5e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2919  flagellar biosynthesis sigma factor  54.66 
 
 		 237 aa  254  6e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.429378  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2909  flagellar biosynthesis sigma factor  54.66 
 
 		 237 aa  254  6e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3051  flagellar biosynthesis sigma factor  54.66 
 
 		 237 aa  254  6e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.120605 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1454  flagellar biosynthesis sigma factor  54.66 
 
 		 237 aa  254  6e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.375178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2559  flagellar biosynthesis sigma factor  55.17 
 
 		 237 aa  254  7e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1654  flagellar biosynthesis sigma factor  55.56 
 
 		 244 aa  252  3e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000445498  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3049  flagellar biosynthesis sigma factor  54.17 
 
 		 239 aa  250  2e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0797202 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0717  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  55.7 
 
 		 239 aa  248  9e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1180  RNA polymerase sigma-70 factor  48.94 
 
 		 236 aa  230  1e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1862  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  51.65 
 
 		 247 aa  231  1e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.347265  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2843  flagellar biosynthesis sigma factor  48.94 
 
 		 244 aa  229  3e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.540839  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1699  flagellar biosynthesis sigma factor  48.94 
 
 		 244 aa  229  3e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.621105  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3921  flagellar biosynthesis sigma factor  48.94 
 
 		 244 aa  229  3e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0058  flagellar biosynthesis sigma factor  48.94 
 
 		 243 aa  229  3e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3840  flagellar biosynthesis sigma factor  48.94 
 
 		 244 aa  229  3e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3419  flagellar biosynthesis sigma factor  48.94 
 
 		 244 aa  229  3e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3132  flagellar biosynthesis sigma factor  48.94 
 
 		 244 aa  229  3e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3166  flagellar biosynthesis sigma factor  48.51 
 
 		 243 aa  227  1e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0134  flagellar biosynthesis sigma factor  47.23 
 
 		 244 aa  224  9e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.665564 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2960  flagellar biosynthesis sigma factor  47.66 
 
 		 244 aa  224  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.988544  normal  0.239261 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0743  sigma-70 region 4  48.07 
 
 		 248 aa  223  2e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3800  flagellar biosynthesis sigma factor  47.23 
 
 		 244 aa  223  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.353237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2934  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  54.59 
 
 		 257 aa  222  4.9999999999999996e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.142861  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3374  flagellar biosynthesis sigma factor  47.66 
 
 		 244 aa  221  8e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.300341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0198  flagellar biosynthesis sigma factor  47.66 
 
 		 244 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.410275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0185  flagellar biosynthesis sigma factor  47.66 
 
 		 243 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27870  motility sigma factor 28  51.68 
 
 		 231 aa  221  9.999999999999999e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.736516  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0253  flagellar biosynthesis sigma factor  47.23 
 
 		 243 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2836  flagellar biosynthesis sigma factor  47.23 
 
 		 243 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.496299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0271  flagellar biosynthesis sigma factor  47.23 
 
 		 243 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.842416  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1948  flagellar biosynthesis sigma factor  49.33 
 
 		 244 aa  218  5e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0179  flagellar biosynthesis sigma factor  47.23 
 
 		 244 aa  218  7e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.123657 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4144  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  49.78 
 
 		 243 aa  218  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216069  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06209  RNA polymerase sigma factor FliA  51.45 
 
 		 251 aa  217  1e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.795953  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00957  RNA polymerase sigma factor FliA  51.45 
 
 		 251 aa  217  1e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.651524  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1249  RNA polymerase sigma-70 factor  45.04 
 
 		 246 aa  216  2e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.923056  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1590  flagellar biosynthesis sigma factor  52.86 
 
 		 240 aa  215  5e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1558  flagellar biosynthesis sigma factor  52.86 
 
 		 240 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2011  sigma 28 (flagella/sporulation)  48.94 
 
 		 232 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1390  flagellar biosynthesis sigma factor  43.51 
 
 		 253 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5619  sigma-70 region 4  48.72 
 
 		 238 aa  211  9e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.496645  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3702  RNA polymerase sigma 28 (sigma F) factor  48.29 
 
 		 238 aa  211  9e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0322756 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2509  flagellar biosynthesis sigma factor  51.98 
 
 		 239 aa  209  2e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2939  flagellar biosynthesis sigma factor  53.85 
 
 		 240 aa  209  4e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1724  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  51.54 
 
 		 239 aa  208  5e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0719948  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1717  flagellar biosynthesis sigma factor  51.54 
 
 		 239 aa  208  5e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.475012 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2156  flagellar biosynthesis sigma factor  51.54 
 
 		 239 aa  208  5e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.69145  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1260  flagellar biosynthesis sigma factor  51.54 
 
 		 239 aa  208  5e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514433  normal  0.0264415 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1622  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  44.12 
 
 		 238 aa  209  5e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00524411 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2696  flagellar biosynthesis sigma factor  51.54 
 
 		 239 aa  208  5e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.099334 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3096  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  46.05 
 
 		 237 aa  208  7e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199967  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2380  flagellar biosynthesis sigma factor  52.63 
 
 		 240 aa  208  7e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2280  flagellar biosynthesis sigma factor  52.63 
 
 		 240 aa  208  7e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3823  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  46.05 
 
 		 237 aa  208  7e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.374768 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2021  flagellar biosynthesis sigma factor  51.54 
 
 		 239 aa  208  8e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4182  flagellar biosynthesis sigma factor  42.68 
 
 		 253 aa  207  9e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.142926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4070  flagellar biosynthesis sigma factor  42.68 
 
 		 253 aa  207  9e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0910892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3710  sigma 28 (flagella/sporulation)  45.74 
 
 		 238 aa  206  2e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4416  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  44.98 
 
 		 238 aa  206  4e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.197457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2027  flagellar biosynthesis sigma factor  52.19 
 
 		 240 aa  204  9e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2112  flagellar biosynthesis sigma factor  50.88 
 
 		 239 aa  203  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.970254  normal  0.0258062 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1287  flagellar biosynthesis sigma factor  50.88 
 
 		 229 aa  203  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.867666  hitchhiker  0.000600244 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1164  flagellar biosynthesis sigma factor  50.88 
 
 		 229 aa  203  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.072114  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>