More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1478 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 353 aa  722    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  82.15 
 
 		 353 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  82.15 
 
 		 353 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  81.87 
 
 		 353 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  81.87 
 
 		 353 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  74.4 
 
 		 337 aa  508  1e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  69.44 
 
 		 337 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  69.58 
 
 		 337 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5598  AraC family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 349 aa  251  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 334 aa  233  5e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  37.72 
 
 		 358 aa  231  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 337 aa  228  9e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 344 aa  227  2e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 341 aa  224  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 338 aa  223  4e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  36.89 
 
 		 348 aa  213  2.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  35.87 
 
 		 333 aa  205  8e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  36.53 
 
 		 330 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 342 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 347 aa  187  3e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  35.22 
 
 		 330 aa  186  7e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 345 aa  177  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  31.85 
 
 		 344 aa  178  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 341 aa  176  8e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4254  AraC family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 343 aa  172  5.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  31.91 
 
 		 335 aa  172  9e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  29.7 
 
 		 343 aa  168  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  34.92 
 
 		 362 aa  165  1.0000000000000001e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4268  AraC family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 367 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1230  AraC family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 350 aa  161  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.593917  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 375 aa  160  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  31.31 
 
 		 346 aa  159  7e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 359 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 344 aa  157  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 342 aa  155  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 343 aa  155  1e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 365 aa  153  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  31.09 
 
 		 343 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  30.93 
 
 		 343 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 335 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  28.25 
 
 		 345 aa  150  5e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 		 347 aa  149  8e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  29.76 
 
 		 347 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  29.61 
 
 		 338 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1439  AraC family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 340 aa  147  4.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3485  AraC family transcriptional regulator  33.43 
 
 		 345 aa  144  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2808  transcriptional regulator, AraC family  33.84 
 
 		 337 aa  143  5e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 343 aa  142  7e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 348 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 340 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1446  transcriptional regulator, AraC family  31.14 
 
 		 344 aa  140  3e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  30.65 
 
 		 347 aa  140  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  30.09 
 
 		 352 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1606  AraC family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 358 aa  139  6e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1998  transcriptional regulator, AraC family  29.34 
 
 		 334 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5276  transcriptional regulator, AraC family  27.57 
 
 		 345 aa  138  1e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  31.13 
 
 		 340 aa  138  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  28.88 
 
 		 358 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  28.88 
 
 		 358 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1389  transcriptional regulator, AraC family  27.61 
 
 		 337 aa  136  5e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.734423  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  27.5 
 
 		 337 aa  135  9e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 347 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  30.3 
 
 		 339 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4360  AraC family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 345 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1732  AraC family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 340 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 335 aa  134  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 337 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  27.96 
 
 		 335 aa  132  6e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  30.61 
 
 		 339 aa  133  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5052  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 333 aa  133  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  26.83 
 
 		 353 aa  132  6.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3901  helix-turn-helix, AraC type  30.37 
 
 		 366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2075  helix-turn-helix domain-containing protein  30.46 
 
 		 348 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000856929  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  30.42 
 
 		 333 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 345 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  30.72 
 
 		 333 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  27.66 
 
 		 335 aa  130  3e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 356 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 355 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6019  transcriptional regulator, Fis family  31.44 
 
 		 365 aa  130  4.0000000000000003e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 357 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 344 aa  129  9.000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3760  AraC family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 356 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0904423  normal  0.271559 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1836  AraC family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 340 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1565  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 361 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  0.143942 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2307  Helix-turn-helix, AraC domain protein  28.94 
 
 		 345 aa  127  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394496  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 331 aa  127  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3459  AraC family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 336 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.195796  normal  0.579025 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4331  transcriptional regulator, AraC family  30.18 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1538  AraC family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 346 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38751 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 351 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4632  AraC family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 335 aa  126  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0442658  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2004  AraC family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 346 aa  126  6e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4967  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 360 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2142  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 339 aa  125  8.000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179718  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 332 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6030  AraC family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 342 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2761  AraC family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 350 aa  125  9e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 364 aa  125  9e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  30.75 
 
 		 360 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>