272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1388 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3922  ribonuclease D  82.71 
 
 
377 aa  643    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1563  ribonuclease D  83.2 
 
 
377 aa  642    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459041  hitchhiker  0.00529979 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  100 
 
 
377 aa  755    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  79.47 
 
 
377 aa  617  1e-176  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3900  ribonuclease D  78.93 
 
 
377 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  78.67 
 
 
377 aa  616  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  78.93 
 
 
377 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1773  ribonuclease D  77.07 
 
 
377 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148789  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32970  ribonuclease D protein  77.72 
 
 
375 aa  542  1e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789666  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4097  ribonuclease D  67.47 
 
 
393 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47460  ribonuclease D  67.74 
 
 
374 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1338  ribonuclease D  44.48 
 
 
386 aa  321  9.999999999999999e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2531  ribonuclease D  40.92 
 
 
384 aa  299  4e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.159051  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  36.74 
 
 
371 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000115292  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  38.38 
 
 
396 aa  232  1e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1461  ribonuclease D  38.44 
 
 
375 aa  232  1e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004089  ribonuclease D  34.95 
 
 
388 aa  231  1e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000003136  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2009  ribonuclease D  37.17 
 
 
403 aa  229  4e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2124  ribonuclease D  38.44 
 
 
373 aa  229  6e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0137564  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2402  ribonuclease D  38.44 
 
 
373 aa  229  6e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000137804  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2013  ribonuclease D  38.44 
 
 
373 aa  229  6e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000328628  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2232  ribonuclease D  38.56 
 
 
374 aa  227  3e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.0000142967  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1064  ribonuclease D (rnase d)  35.23 
 
 
374 aa  226  4e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00409138  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2803  ribonuclease D  37.06 
 
 
400 aa  226  7e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2580  ribonuclease D  34.25 
 
 
367 aa  225  8e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1937  ribonuclease D  38.3 
 
 
374 aa  224  1e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01380  ribonuclease D  34.32 
 
 
382 aa  224  2e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2374  ribonuclease D  37.53 
 
 
384 aa  223  4e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.307592  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1994  ribonuclease D  38.13 
 
 
373 aa  223  4.9999999999999996e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.045905  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1839  ribonuclease D  37.2 
 
 
371 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0204908  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1384  ribonuclease D  36.7 
 
 
375 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0737977  normal  0.865883 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1829  ribonuclease D  37.2 
 
 
371 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.299724 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2530  ribonuclease D  36.7 
 
 
375 aa  220  3e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00950185  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01774  ribonuclease D  36.7 
 
 
375 aa  220  3e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1892  ribonuclease D  36.7 
 
 
375 aa  220  3e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01762  hypothetical protein  36.7 
 
 
375 aa  220  3e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2030  ribonuclease D  36.7 
 
 
375 aa  220  3e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.793256  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2176  ribonuclease D  33.42 
 
 
384 aa  219  5e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000267525  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1734  ribonuclease D  33.78 
 
 
370 aa  219  5e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2385  ribonuclease D  33.15 
 
 
388 aa  219  5e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000005746  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2253  ribonuclease D  33.42 
 
 
384 aa  219  7e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000377901  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2064  ribonuclease D  36.44 
 
 
375 aa  218  1e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01138  ribonuclease D  37.47 
 
 
385 aa  217  2.9999999999999998e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000796428  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3518  ribonuclease D  32.98 
 
 
379 aa  216  5e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1956  ribonuclease D  36.83 
 
 
375 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000740588  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1959  ribonuclease D  36.83 
 
 
375 aa  216  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000313579  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1316  ribonuclease D  36.83 
 
 
375 aa  216  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000119147  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2016  ribonuclease D  36.83 
 
 
375 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00169692  normal  0.221518 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1500  ribonuclease D  36.66 
 
 
375 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000854063  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1762  ribonuclease D  34.07 
 
 
367 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000618336  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1569  ribonuclease D  34.67 
 
 
381 aa  213  5.999999999999999e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000054851  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2187  ribonuclease D  35.44 
 
 
368 aa  213  5.999999999999999e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000120269  hitchhiker  0.0000305333 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0736  ribonuclease D  35.79 
 
 
381 aa  211  1e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0989413  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1899  ribonuclease D  33.15 
 
 
369 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000359973  normal  0.61142 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2427  ribonuclease D  33.15 
 
 
369 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000162598  normal  0.100948 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1892  ribonuclease D  33.15 
 
 
369 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000212189  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1865  ribonuclease D  33.15 
 
 
369 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000800647  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2447  ribonuclease D  33.7 
 
 
369 aa  211  2e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000149434  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2111  ribonuclease D  34.9 
 
 
369 aa  210  3e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000446325  normal  0.381908 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2522  ribonuclease D  35 
 
 
369 aa  207  3e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000280385  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  35.33 
 
 
388 aa  204  2e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1626  ribonuclease D  34.43 
 
 
371 aa  204  2e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000103666  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2759  ribonuclease D  36.17 
 
 
390 aa  203  5e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000108089  hitchhiker  0.00170183 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1752  ribonuclease D  35.95 
 
 
395 aa  196  7e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00607213  normal  0.281233 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  34.08 
 
 
381 aa  196  7e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  34.24 
 
 
379 aa  193  4e-48  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  32.61 
 
 
399 aa  193  5e-48  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3138  ribonuclease D  34.79 
 
 
382 aa  191  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.340789 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  34.5 
 
 
386 aa  189  8e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  33.42 
 
 
395 aa  188  2e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  33.96 
 
 
384 aa  186  4e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  33.96 
 
 
384 aa  186  5e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  35.6 
 
 
385 aa  186  5e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  30.6 
 
 
384 aa  186  8e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  34.92 
 
 
389 aa  185  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  35.68 
 
 
394 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0042  ribonuclease D  34.92 
 
 
395 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00728921  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  36.22 
 
 
389 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  35.52 
 
 
392 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  31.61 
 
 
385 aa  182  1e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  32.66 
 
 
385 aa  181  2e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  34.68 
 
 
386 aa  180  2.9999999999999997e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1610  3'-5' exonuclease  34.32 
 
 
383 aa  180  2.9999999999999997e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.533574  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  31 
 
 
385 aa  179  4.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1727  3'-5' exonuclease  31.4 
 
 
431 aa  179  8e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138286  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0795  putative ribonuclease D  30.65 
 
 
432 aa  178  1e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.16704  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  31.69 
 
 
383 aa  177  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  30.03 
 
 
392 aa  177  4e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1668  ribonuclease D  31.41 
 
 
369 aa  176  5e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0680665  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  32.52 
 
 
392 aa  176  9e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  30.6 
 
 
381 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  30.33 
 
 
381 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  30.77 
 
 
392 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  32.6 
 
 
405 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  34.11 
 
 
392 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  30.77 
 
 
382 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  30.49 
 
 
392 aa  173  5e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  30.49 
 
 
384 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  32.71 
 
 
405 aa  172  7.999999999999999e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  33.42 
 
 
427 aa  172  1e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>