238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1349 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1349  uracil-DNA glycosylase  100 
 
 
231 aa  484  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170175  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4236  uracil-DNA glycosylase  85.96 
 
 
230 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3970  uracil-DNA glycosylase  85.53 
 
 
230 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.439338  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1054  uracil-DNA glycosylase  83.91 
 
 
230 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4397  uracil-DNA glycosylase  82.61 
 
 
230 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1413  uracil-DNA glycosylase  81.74 
 
 
230 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4308  uracil-DNA glycosylase  81.74 
 
 
230 aa  401  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1381  uracil-DNA glycosylase  79.2 
 
 
229 aa  385  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.541157  normal  0.225249 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54590  uracil-DNA glycosylase  76 
 
 
231 aa  371  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000185097  normal  0.0296541 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4770  uracil-DNA glycosylase  76 
 
 
231 aa  370  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.740506  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13610  uracil-DNA glycosylase  73.89 
 
 
232 aa  369  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1218  uracil-DNA glycosylase  63.33 
 
 
218 aa  291  7e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.145482  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2820  uracil-DNA glycosylase  59.56 
 
 
241 aa  290  1e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.840691 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03712  uracil-DNA glycosylase  57.96 
 
 
241 aa  289  2e-77  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3560  uracil-DNA glycosylase  58.41 
 
 
233 aa  288  3e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0808  uracil-DNA glycosylase  59.13 
 
 
231 aa  288  4e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2992  uracil-DNA glycosylase  57.52 
 
 
235 aa  286  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3241  uracil-DNA glycosylase  57.52 
 
 
233 aa  285  2.9999999999999996e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3206  uracil-DNA glycosylase  60.09 
 
 
261 aa  285  5e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.240216 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2269  uracil-DNA glycosylase  59.45 
 
 
243 aa  282  3.0000000000000004e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3454  uracil-DNA glycosylase  58.15 
 
 
229 aa  278  4e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0594128 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2241  uracil-DNA glycosylase  54.35 
 
 
253 aa  278  6e-74  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004450  uracil-DNA glycosylase  56.76 
 
 
226 aa  276  1e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0252327  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2152  uracil-DNA glycosylase  54.35 
 
 
253 aa  276  2e-73  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.957234  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1057  uracil-DNA glycosylase  59.55 
 
 
228 aa  276  2e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0610651  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2726  uracil-DNA glycosylase  56.76 
 
 
223 aa  276  2e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2796  uracil-DNA glycosylase  59.09 
 
 
228 aa  275  5e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.416019  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3082  uracil-DNA glycosylase  59.09 
 
 
228 aa  273  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0349858  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1193  uracil-DNA glycosylase  59.09 
 
 
228 aa  272  3e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00106549  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1084  uracil-DNA glycosylase  57.14 
 
 
240 aa  270  1e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000321985  hitchhiker  0.00000000131635 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2096  uracil-DNA glycosylase  58.18 
 
 
229 aa  269  2.9999999999999997e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00945  uracil-DNA glycosylase  56.31 
 
 
226 aa  268  5e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3670  uracil-DNA glycosylase  58.3 
 
 
237 aa  267  8e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.769625  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1556  uracil-DNA glycosylase  55.86 
 
 
225 aa  267  1e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.478183 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3073  uracil-DNA glycosylase  55.09 
 
 
222 aa  266  1e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.906111  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0481  uracil-DNA glycosylase  55.66 
 
 
223 aa  266  2.9999999999999995e-70  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0802006  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0009  uracil-DNA glycosylase  55.91 
 
 
224 aa  265  2.9999999999999995e-70  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1938  uracil-DNA glycosylase  56.94 
 
 
226 aa  264  7e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000104572  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3371  uracil-DNA glycosylase  57.99 
 
 
224 aa  264  1e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000031363  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03325  uracil-DNA glycosylase  58.06 
 
 
221 aa  263  1e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.100053  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0362  uracil-DNA glycosylase  56.64 
 
 
232 aa  262  4e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0490386  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2831  uracil-DNA glycosylase  53.92 
 
 
221 aa  260  1e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00406873  normal  0.934783 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3919  uracil-DNA glycosylase  55.45 
 
 
225 aa  259  2e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3314  uracil-DNA glycosylase  54.38 
 
 
222 aa  259  2e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.518113  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3683  uracil-DNA glycosylase  57.21 
 
 
227 aa  259  3e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000721221  normal  0.0564802 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3688  uracil-DNA glycosylase  54.84 
 
 
222 aa  258  8e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3577  uracil-DNA glycosylase  53 
 
 
222 aa  257  9e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1058  uracil-DNA glycosylase  55.09 
 
 
225 aa  257  1e-67  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3221  uracil-DNA glycosylase  52.53 
 
 
221 aa  256  2e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00088309  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0347  uracil-DNA glycosylase  55.16 
 
 
235 aa  256  2e-67  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0965  uracil-DNA glycosylase  52.05 
 
 
221 aa  256  2e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0201981  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3654  uracil-DNA glycosylase  52.53 
 
 
218 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1034  uracil-DNA glycosylase  52.05 
 
 
221 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000379797  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1067  uracil-DNA glycosylase  52.05 
 
 
221 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000655251  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1590  uracil-DNA glycosylase  54.02 
 
 
269 aa  254  1.0000000000000001e-66  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000051966  hitchhiker  0.00000589305 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3484  uracil-DNA glycosylase  56.16 
 
 
229 aa  252  3e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3325  uracil-DNA glycosylase  52.05 
 
 
221 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00364236  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1173  uracil-DNA glycosylase  55.86 
 
 
228 aa  252  4.0000000000000004e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0255291  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0951  uracil-DNA glycosylase  54.63 
 
 
225 aa  251  6e-66  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5096  uracil-DNA glycosylase  53.18 
 
 
225 aa  251  6e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.601619  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5527  uracil-DNA glycosylase  53.18 
 
 
225 aa  251  7e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.77536  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2288  uracil-DNA glycosylase  54.95 
 
 
223 aa  251  7e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.4813e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5577  uracil-DNA glycosylase  53.18 
 
 
225 aa  251  7e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3595  uracil-DNA glycosylase  55.41 
 
 
228 aa  251  9.000000000000001e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0198  uracil-DNA glycosylase  53.64 
 
 
221 aa  250  1e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.495889  normal  0.174961 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3988  uracil-DNA glycosylase  54.17 
 
 
222 aa  250  1e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.409874 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1121  uracil-DNA glycosylase  55.41 
 
 
228 aa  250  1e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0977602  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0893  uracil-DNA glycosylase  51.15 
 
 
219 aa  250  1e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00328532  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2733  uracil-DNA glycosylase  53.92 
 
 
229 aa  250  1e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00800854  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3817  uracil-DNA glycosylase  53.92 
 
 
229 aa  250  1e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.01333  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2867  uracil-DNA glycosylase  53.92 
 
 
229 aa  250  1e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0155178  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02474  uracil-DNA glycosylase  53.92 
 
 
229 aa  250  2e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.386825  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1088  uracil-DNA glycosylase  53.92 
 
 
229 aa  249  2e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0467841  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1097  uracil-DNA glycosylase  53.92 
 
 
229 aa  249  2e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00580941  normal  0.146724 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2551  uracil-DNA glycosylase  53.21 
 
 
224 aa  249  2e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3129  uracil-DNA glycosylase  51.15 
 
 
219 aa  249  2e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000726683  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2956  uracil-DNA glycosylase  53.92 
 
 
229 aa  249  2e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0497126  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02438  hypothetical protein  53.92 
 
 
229 aa  250  2e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.372619  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2737  uracil-DNA glycosylase  53.92 
 
 
229 aa  249  2e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0000100069  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5493  uracil-DNA glycosylase  53.18 
 
 
225 aa  250  2e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5250  uracil-DNA glycosylase  53.18 
 
 
225 aa  249  3e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5079  uracil-DNA glycosylase  53.18 
 
 
225 aa  249  3e-65  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000684584  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5648  uracil-DNA glycosylase  53.18 
 
 
225 aa  249  3e-65  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3065  uracil-DNA glycosylase  53.95 
 
 
229 aa  249  4e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.550581  hitchhiker  0.000204445 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2586  uracil-DNA glycosylase  52.04 
 
 
222 aa  248  5e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0112  uracil-DNA glycosylase  54.39 
 
 
232 aa  248  7e-65  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1562  uracil-DNA glycosylase  52.97 
 
 
223 aa  247  9e-65  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.118173  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5191  uracil-DNA glycosylase  52.73 
 
 
225 aa  247  1e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1111  uracil-DNA glycosylase  55.16 
 
 
231 aa  247  1e-64  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0258  uracil-DNA glycosylase  53.67 
 
 
225 aa  246  2e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5521  uracil-DNA glycosylase  52.27 
 
 
225 aa  245  4e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2757  uracil-DNA glycosylase  53.46 
 
 
229 aa  245  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00257883  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1497  uracil-DNA glycosylase  51.54 
 
 
247 aa  245  4.9999999999999997e-64  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0754216  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0977  uracil-DNA glycosylase  50.69 
 
 
221 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00168707  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0613  uracil-DNA glycosylase  51.36 
 
 
222 aa  244  6e-64  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0249  uracil-DNA glycosylase  53.67 
 
 
225 aa  244  6.999999999999999e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2975  uracil-DNA glycosylase  53 
 
 
229 aa  244  8e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2841  uracil-DNA glycosylase  53 
 
 
229 aa  244  8e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.619436  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2863  uracil-DNA glycosylase  53 
 
 
229 aa  244  8e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.466868  normal  0.345403 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2859  uracil-DNA glycosylase  53 
 
 
229 aa  244  8e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.721357  normal  0.53223 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>