More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1336 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  62.6 
 
 		 493 aa  656    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  64.02 
 
 		 493 aa  656    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  100 
 
 		 495 aa  1028    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  63.52 
 
 		 508 aa  635    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  61.99 
 
 		 493 aa  627  1e-178  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  48.35 
 
 		 487 aa  463  1e-129  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  41.2 
 
 		 485 aa  402  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 486 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 486 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 486 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 486 aa  398  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  41.12 
 
 		 485 aa  397  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 486 aa  396  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  41.74 
 
 		 485 aa  397  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 485 aa  396  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  40.58 
 
 		 485 aa  387  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 485 aa  380  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4411  diguanylate cyclase  39.92 
 
 		 485 aa  374  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.244707 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1817  GGDEF family protein  39.14 
 
 		 512 aa  359  7e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  41.39 
 
 		 490 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2449  GGDEF domain-containing protein  36.83 
 
 		 498 aa  347  3e-94  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 490 aa  344  2.9999999999999997e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 491 aa  341  1e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  37.92 
 
 		 490 aa  339  5.9999999999999996e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  36.34 
 
 		 477 aa  334  2e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  36.27 
 
 		 477 aa  323  3e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  35.36 
 
 		 476 aa  313  3.9999999999999997e-84  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2179  diguanylate cyclase  35.21 
 
 		 477 aa  300  6e-80  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000210421  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 532 aa  166  6.9999999999999995e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  46.95 
 
 		 564 aa  149  8e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  41.21 
 
 		 364 aa  149  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 459 aa  148  3e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 227 aa  147  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 432 aa  145  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  43.41 
 
 		 460 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  43.96 
 
 		 466 aa  144  4e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  41.99 
 
 		 794 aa  144  4e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 307 aa  143  8e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  40.09 
 
 		 387 aa  143  9e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  42.5 
 
 		 428 aa  141  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 237 aa  141  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 492 aa  141  3e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 753 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  44.83 
 
 		 461 aa  140  4.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 736 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  40.82 
 
 		 401 aa  140  6e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 357 aa  140  6e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 342 aa  140  6e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 362 aa  139  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  30.55 
 
 		 496 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  43.62 
 
 		 308 aa  138  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 432 aa  138  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 487 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1783  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 253 aa  138  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.203678  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2680  diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 252 aa  138  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 821 aa  138  2e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  45.81 
 
 		 569 aa  138  3.0000000000000003e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 301 aa  138  3.0000000000000003e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 403 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.53 
 
 		 355 aa  137  4e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.74 
 
 		 407 aa  137  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  30.26 
 
 		 496 aa  137  5e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1769  diguanylate cyclase  26.09 
 
 		 464 aa  137  5e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.128605  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.54 
 
 		 457 aa  137  6.0000000000000005e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  39.53 
 
 		 431 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  45.57 
 
 		 680 aa  137  6.0000000000000005e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 611 aa  136  7.000000000000001e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 469 aa  136  7.000000000000001e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 417 aa  136  8e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 623 aa  136  8e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  38.62 
 
 		 565 aa  136  9e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1546  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 416 aa  136  9e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0539589  hitchhiker  0.00796281 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  43.37 
 
 		 385 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 381 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 458 aa  135  9.999999999999999e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  43.41 
 
 		 510 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0757  diguanylate cyclase  33.62 
 
 		 489 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.371772  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  41.88 
 
 		 308 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  45.57 
 
 		 681 aa  136  9.999999999999999e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.58 
 
 		 301 aa  136  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  43.45 
 
 		 1000 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  43.41 
 
 		 510 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 312 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  43.41 
 
 		 510 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 385 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3791  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 572 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  35.18 
 
 		 529 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  33.47 
 
 		 738 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  40.47 
 
 		 510 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.3 
 
 		 791 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 202 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 457 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03889  diguanylate cyclase  23.73 
 
 		 461 aa  135  1.9999999999999998e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 319 aa  135  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3878  diguanylate cyclase  24.06 
 
 		 474 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.431493  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  42.24 
 
 		 457 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 417 aa  134  3e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  40.41 
 
 		 386 aa  134  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 382 aa  134  3e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 336 aa  134  3e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>