More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1273 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1379  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  80.76 
 
 
450 aa  717    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.449914  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2341  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  78.49 
 
 
453 aa  723    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2125  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  75.17 
 
 
453 aa  691    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.398562 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1273  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  100 
 
 
454 aa  904    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.281218  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  79.64 
 
 
450 aa  697    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00531997 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4435  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  80.54 
 
 
450 aa  681    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.115184  normal  0.0129696 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02830  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  78.76 
 
 
459 aa  643    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00289129 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4344  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  80.76 
 
 
450 aa  717    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.339693  normal  0.0393048 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38190  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  77.53 
 
 
450 aa  654    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.569484  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0316  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  78.98 
 
 
459 aa  630  1e-179  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0645  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  54.02 
 
 
459 aa  436  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0741414 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4459  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  53.58 
 
 
476 aa  429  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.484308 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2456  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  54.73 
 
 
453 aa  427  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.786558  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2505  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  53.74 
 
 
452 aa  425  1e-118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4314  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  53.33 
 
 
459 aa  421  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.417348  normal  0.728676 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4015  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  52.11 
 
 
490 aa  416  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0773124  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  53.74 
 
 
452 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5023  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  51.49 
 
 
462 aa  413  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.261629  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1555  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  53.97 
 
 
452 aa  414  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0056  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  53.74 
 
 
452 aa  412  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0457569  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  55.14 
 
 
465 aa  414  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1202  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  53.74 
 
 
452 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1485  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  53.74 
 
 
452 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0058  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  53.74 
 
 
452 aa  412  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.593603  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5286  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  53.83 
 
 
451 aa  409  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.335784  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0069  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  53.5 
 
 
452 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.675451  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3127  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  52.2 
 
 
457 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3160  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  52.67 
 
 
457 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02908  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  53.97 
 
 
450 aa  400  9.999999999999999e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2063  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  54.73 
 
 
453 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.146832  normal  0.884924 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2251  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  54.38 
 
 
453 aa  395  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.001838  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  52.9 
 
 
460 aa  398  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.646656  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5748  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  52.67 
 
 
452 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.955684  normal  0.122503 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4475  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  52.67 
 
 
452 aa  386  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5111  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  53.23 
 
 
406 aa  386  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1536  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.53 
 
 
438 aa  376  1e-103  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0157227  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3811  fumarate lyase  43.15 
 
 
449 aa  369  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.647921  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3487  fumarate lyase  42.86 
 
 
450 aa  367  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4557  fumarate lyase  42.7 
 
 
449 aa  365  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1439  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.56 
 
 
460 aa  357  1.9999999999999998e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4598  fumarate lyase  43.94 
 
 
458 aa  353  5e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.604906  normal  0.691601 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2418  fumarate lyase  43.38 
 
 
448 aa  352  8.999999999999999e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.259458 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4409  fumarate lyase  42.14 
 
 
446 aa  350  4e-95  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0757  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.86 
 
 
457 aa  340  5e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1483  fumarate lyase  41.1 
 
 
450 aa  334  2e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.151746  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7931  3-carboxy-cis,cis-muconate cyclo-isomerase  45.85 
 
 
452 aa  333  4e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.46399  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2745  fumarate lyase  40.58 
 
 
473 aa  332  6e-90  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.632463  normal  0.0578708 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3622  fumarate lyase  42.47 
 
 
456 aa  327  2.0000000000000001e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741551  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0014  fumarate lyase  40.77 
 
 
450 aa  323  4e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000353189  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1072  adenylosuccinate lyase  43.86 
 
 
455 aa  323  6e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4374  adenylosuccinate lyase  37.53 
 
 
451 aa  303  3.0000000000000004e-81  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  6.25048e-22 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0215  adenylosuccinate lyase  39.72 
 
 
454 aa  303  5.000000000000001e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.314002  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21250  adenylosuccinate lyase  39.15 
 
 
452 aa  299  8e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0991556  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04011  conserved hypothetical protein  37.02 
 
 
476 aa  294  3e-78  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.981247  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3997  adenylosuccinate lyase  37.85 
 
 
454 aa  289  6e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00709346  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0170  adenylosuccinate lyase  37.87 
 
 
454 aa  289  7e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00265741  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1657  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.43 
 
 
404 aa  286  4e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.919998 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1855  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.01 
 
 
419 aa  285  1.0000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.354329  normal  0.137347 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4188  adenylosuccinate lyase  37.15 
 
 
454 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3324  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.13 
 
 
402 aa  282  9e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1579  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.23 
 
 
448 aa  282  9e-75  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.13236  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13030  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.92 
 
 
462 aa  281  2e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2084  fumarate lyase  45.64 
 
 
451 aa  266  8e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.252524  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2385  fumarate lyase  42.5 
 
 
463 aa  265  2e-69  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.72571  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0280  adenylosuccinate lyase  35 
 
 
454 aa  264  3e-69  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4654  fumarate lyase  43.66 
 
 
451 aa  262  8e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.179746  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2695  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.6 
 
 
453 aa  260  4e-68  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0450627  normal  0.5058 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0005  adenylosuccinate lyase  36.51 
 
 
454 aa  257  3e-67  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1393  adenylosuccinate lyase  35.4 
 
 
455 aa  256  6e-67  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00268576  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1055  fumarate lyase  38.41 
 
 
488 aa  256  6e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1582  adenylosuccinate lyase  35.4 
 
 
455 aa  254  2.0000000000000002e-66  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4837  fumarate lyase  37.81 
 
 
450 aa  249  6e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.616525  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3210  adenylosuccinate lyase  36.53 
 
 
452 aa  249  9e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.127423  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18830  adenylosuccinate lyase  36.6 
 
 
477 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0801563 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1630  adenylosuccinate lyase  37.08 
 
 
477 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0986  adenylosuccinate lyase  34.68 
 
 
448 aa  240  4e-62  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.00836427  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1906  putative lyase  34.93 
 
 
445 aa  239  5e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0794  adenylosuccinate lyase  34.23 
 
 
449 aa  239  5.999999999999999e-62  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.652976  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2958  adenylosuccinate lyase  33.71 
 
 
471 aa  237  3e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121926  hitchhiker  0.00625137 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5054  fumarate lyase  32.81 
 
 
456 aa  235  1.0000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0605282  normal  0.269052 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1631  adenylosuccinate lyase  35.23 
 
 
483 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18850  adenylosuccinate lyase  33.87 
 
 
483 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.110706 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4654  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.34 
 
 
464 aa  229  8e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0817649  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1684  adenylosuccinate lyase  34.91 
 
 
449 aa  228  2e-58  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.29073  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0216  adenylosuccinate lyase  34.68 
 
 
449 aa  228  2e-58  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.595584 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1160  adenylosuccinate lyase  35.24 
 
 
446 aa  228  2e-58  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0298  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.71 
 
 
444 aa  228  2e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2324  fumarate lyase  36.99 
 
 
500 aa  226  9e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.387168  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4818  fumarate lyase  35.27 
 
 
451 aa  224  2e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.327057  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3852  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.51 
 
 
384 aa  224  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0767232  normal  0.573525 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2457  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.87 
 
 
383 aa  223  4e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00336692  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0294  adenylosuccinate lyase  34.01 
 
 
449 aa  224  4e-57  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.437352  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0781  adenylosuccinate lyase  34.62 
 
 
446 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0994774  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2833  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.45 
 
 
464 aa  221  3e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.23357  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0673  adenylosuccinate lyase  33.86 
 
 
448 aa  219  1e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1446  adenylosuccinate lyase  30.41 
 
 
431 aa  214  1.9999999999999998e-54  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.149725  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1701  adenylosuccinate lyase  34.03 
 
 
445 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.259986  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4874  fumarate lyase  32.58 
 
 
456 aa  213  3.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0760075  normal  0.0695852 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0824  adenylosuccinate lyase  33.18 
 
 
446 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.116488 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1963  adenylosuccinate lyase  30.96 
 
 
431 aa  213  4.9999999999999996e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.739677  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>