More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0781 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 305 aa  621  1e-177  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  93.44 
 
 		 305 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  92.79 
 
 		 305 aa  578  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  88.85 
 
 		 305 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  89.51 
 
 		 305 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  88.52 
 
 		 305 aa  554  1e-157  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  87.75 
 
 		 306 aa  546  1e-154  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  78.62 
 
 		 304 aa  499  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  79.67 
 
 		 305 aa  497  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  78.29 
 
 		 304 aa  496  1e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  60.07 
 
 		 307 aa  346  3e-94  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  58.53 
 
 		 308 aa  329  4e-89  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  51.13 
 
 		 314 aa  318  5e-86  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  51.78 
 
 		 324 aa  317  1e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  51.78 
 
 		 324 aa  317  1e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  51.78 
 
 		 324 aa  317  1e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  50.81 
 
 		 314 aa  316  2e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  50.81 
 
 		 314 aa  316  2e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  50.81 
 
 		 314 aa  316  2e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  50.81 
 
 		 314 aa  316  2e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  50.81 
 
 		 314 aa  316  2e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  50.81 
 
 		 314 aa  316  2e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 		 314 aa  316  4e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  51.13 
 
 		 314 aa  315  4e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  51.67 
 
 		 309 aa  315  6e-85  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 		 314 aa  315  7e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  50.49 
 
 		 314 aa  315  8e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  50.49 
 
 		 318 aa  314  9.999999999999999e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  49.51 
 
 		 314 aa  313  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  49.84 
 
 		 314 aa  313  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  50.49 
 
 		 314 aa  313  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  49.84 
 
 		 314 aa  313  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  51.94 
 
 		 313 aa  312  4.999999999999999e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  51.33 
 
 		 309 aa  311  5.999999999999999e-84  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 		 314 aa  311  5.999999999999999e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  51.48 
 
 		 318 aa  309  2.9999999999999997e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  50.5 
 
 		 302 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3344  tRNA pseudouridine synthase B  49.19 
 
 		 318 aa  307  1.0000000000000001e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  48.87 
 
 		 314 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  48.22 
 
 		 314 aa  301  1e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  53.1 
 
 		 293 aa  300  3e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  53.1 
 
 		 293 aa  300  3e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 		 308 aa  296  3e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2832  tRNA pseudouridine synthase B  50.5 
 
 		 318 aa  295  6e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.478015  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1465  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 318 aa  295  7e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  53.33 
 
 		 298 aa  295  7e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  50.17 
 
 		 317 aa  295  8e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  47.74 
 
 		 318 aa  293  2e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  51.5 
 
 		 311 aa  293  2e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  51.5 
 
 		 302 aa  293  2e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  51.5 
 
 		 302 aa  293  2e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  51.5 
 
 		 302 aa  293  2e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  52.3 
 
 		 311 aa  293  2e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1028  tRNA pseudouridine synthase B  49.83 
 
 		 317 aa  293  2e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000142961 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  51.5 
 
 		 321 aa  294  2e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  51.5 
 
 		 321 aa  294  2e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  51.97 
 
 		 307 aa  293  2e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  51.16 
 
 		 302 aa  292  4e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  48.85 
 
 		 312 aa  291  1e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1032  tRNA pseudouridine synthase B  49.5 
 
 		 317 aa  291  1e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  hitchhiker  0.0000301922 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  52.86 
 
 		 310 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  47.51 
 
 		 315 aa  290  2e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  52.86 
 
 		 310 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0992  tRNA pseudouridine synthase B  49.17 
 
 		 317 aa  290  3e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.358844  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0963  tRNA pseudouridine synthase B  48.17 
 
 		 315 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0397132  normal  0.0378785 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  51.64 
 
 		 311 aa  288  9e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  52.33 
 
 		 310 aa  287  1e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  53 
 
 		 310 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002611  tRNA pseudouridine synthase B  50.49 
 
 		 317 aa  288  1e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  52.49 
 
 		 299 aa  287  2e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  51.5 
 
 		 311 aa  286  2e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  47.85 
 
 		 317 aa  287  2e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  53 
 
 		 310 aa  287  2e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  51.17 
 
 		 304 aa  286  2.9999999999999996e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  50.99 
 
 		 309 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0819  tRNA pseudouridine synthase B  49.01 
 
 		 310 aa  285  1.0000000000000001e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0113178 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  47.54 
 
 		 321 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  51.67 
 
 		 310 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1130  tRNA pseudouridine synthase B  49.34 
 
 		 321 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0346458  unclonable  0.00000000000626709 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3415  tRNA pseudouridine synthase B  49.01 
 
 		 321 aa  281  7.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.630967  hitchhiker  0.000684703 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3278  tRNA pseudouridine synthase B  49.01 
 
 		 321 aa  281  7.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.922634  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  50.49 
 
 		 314 aa  281  7.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  50.33 
 
 		 308 aa  281  8.000000000000001e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  53 
 
 		 328 aa  280  2e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3237  tRNA pseudouridine synthase B  48.36 
 
 		 321 aa  280  3e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2825  tRNA pseudouridine synthase B  48.17 
 
 		 315 aa  279  4e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.791691  hitchhiker  0.00423146 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  52.33 
 
 		 322 aa  278  6e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03394  tRNA pseudouridine synthase B  48.2 
 
 		 314 aa  278  7e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1009  tRNA pseudouridine synthase B  47.84 
 
 		 317 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  51.13 
 
 		 314 aa  273  3e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2136  tRNA pseudouridine synthase B  51.66 
 
 		 338 aa  272  5.000000000000001e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0388744  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  46.26 
 
 		 323 aa  272  6e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1862  tRNA pseudouridine synthase B  46.62 
 
 		 313 aa  271  1e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.552372  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1697  tRNA pseudouridine synthase B  46.1 
 
 		 317 aa  269  4e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  48.86 
 
 		 315 aa  268  8.999999999999999e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  44.22 
 
 		 317 aa  268  8.999999999999999e-71  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  47.1 
 
 		 307 aa  266  2e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2009  tRNA pseudouridine synthase B  51.32 
 
 		 347 aa  266  4e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.845229  normal  0.607065 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  49.5 
 
 		 339 aa  265  8.999999999999999e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2750  tRNA pseudouridine synthase B  50.85 
 
 		 318 aa  264  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>