145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0625 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0625  NUDIX hydrolase  100 
 
 		 185 aa  383  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4840  mutT/nudix family protein  79.33 
 
 		 180 aa  298  3e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4379  NUDIX hydrolase  80.57 
 
 		 181 aa  298  3e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.312753  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07000  NUDIX hydrolase  72.41 
 
 		 177 aa  267  7e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0565  NUDIX hydrolase  71.1 
 
 		 177 aa  253  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0604  NUDIX hydrolase  71.1 
 
 		 177 aa  253  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0610  NUDIX hydrolase  71.1 
 
 		 178 aa  253  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0690731 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64010  hypothetical protein  72.25 
 
 		 178 aa  252  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5561  hypothetical protein  71.68 
 
 		 178 aa  250  7e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4600  NUDIX hydrolase  69.36 
 
 		 178 aa  245  3e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0447936 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0725  NUDIX hydrolase  68.52 
 
 		 178 aa  232  3e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2826  NUDIX hydrolase  44.94 
 
 		 185 aa  124  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3318  NUDIX hydrolase  40.12 
 
 		 185 aa  124  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000044442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2848  NUDIX hydrolase  39.29 
 
 		 184 aa  119  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000562976  normal  0.434056 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1436  NUDIX family hydrolase  41.38 
 
 		 182 aa  114  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000974563  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0345  NUDIX family hydrolase  41.38 
 
 		 182 aa  114  1.0000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000116771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1545  NUDIX hydrolase  41.38 
 
 		 182 aa  114  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000233987  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2561  NUDIX hydrolase  39.18 
 
 		 201 aa  111  7.000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000630284  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1708  NUDIX hydrolase  37.27 
 
 		 170 aa  109  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1120  NUDIX hydrolase  36.02 
 
 		 178 aa  108  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02224  predicted NUDIX hydrolase  38.07 
 
 		 180 aa  106  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000212424  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1357  NUDIX hydrolase  38.07 
 
 		 180 aa  106  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.43085e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02184  hypothetical protein  38.07 
 
 		 180 aa  106  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000358279  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2449  NUDIX family hydrolase  38.07 
 
 		 180 aa  106  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.25281e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2593  NUDIX family hydrolase  38.07 
 
 		 180 aa  106  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000583084  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1353  NUDIX hydrolase  38.07 
 
 		 180 aa  106  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000289722  normal  0.985207 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2455  NUDIX family hydrolase  38.07 
 
 		 180 aa  106  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000626304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2675  hydrolase, NUDIX family protein  38.07 
 
 		 180 aa  106  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  9.90885e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3439  hydrolase, NUDIX family protein  38.07 
 
 		 180 aa  106  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000227212  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1383  NUDIX hydrolase  39.62 
 
 		 203 aa  103  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000123288  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2782  NUDIX hydrolase  38.32 
 
 		 216 aa  101  5e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000698062  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1481  NUDIX hydrolase  38.32 
 
 		 216 aa  101  6e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000381919  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2533  nudix hydrolase 3  38.79 
 
 		 184 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000206294  normal  0.801308 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2587  nudix hydrolase 3  38.79 
 
 		 184 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000345832  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2575  nudix hydrolase 3  38.79 
 
 		 184 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00000332741  normal  0.705838 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2487  nudix hydrolase 3  38.79 
 
 		 184 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000530906  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2696  nudix hydrolase 3  38.79 
 
 		 184 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000172824  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3389  NUDIX hydrolase  34.64 
 
 		 181 aa  90.1  2e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1185  NUDIX hydrolase  34.16 
 
 		 187 aa  81.6  0.000000000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2376  NUDIX hydrolase  30.2 
 
 		 197 aa  80.5  0.00000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.278695  normal  0.316272 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2237  NUDIX hydrolase  34.97 
 
 		 169 aa  78.2  0.00000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0632516  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1867  NUDIX hydrolase  35.48 
 
 		 183 aa  77.8  0.00000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3251  NUDIX hydrolase  31.11 
 
 		 178 aa  77.4  0.00000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000109349  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1126  dimethyladenosine transferase  29.24 
 
 		 459 aa  77  0.0000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0870793  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3117  NUDIX hydrolase  30.13 
 
 		 178 aa  75.5  0.0000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.129541  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0674  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  27.98 
 
 		 177 aa  73.6  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.90735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0313  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  30.34 
 
 		 216 aa  70.9  0.00000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.814228 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1499  Mut/nudix family protein, putative isopentenyl-diphosphate isomerase  27.01 
 
 		 170 aa  70.1  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  9.38166e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0346  NUDIX hydrolase  29.5 
 
 		 182 aa  65.1  0.0000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0239643 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1408  NUDIX hydrolase  36.07 
 
 		 178 aa  64.7  0.0000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.797387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_7007  predicted protein  28.73 
 
 		 184 aa  63.5  0.000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1991  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  40.85 
 
 		 184 aa  60.8  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2550  hypothetical protein  28.48 
 
 		 203 aa  60.1  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.159383  normal  0.669028 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2736  hypothetical protein  33.88 
 
 		 196 aa  60.1  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.155618  normal  0.467171 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2032  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  24.67 
 
 		 171 aa  58.9  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3273  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  29.65 
 
 		 181 aa  58.9  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4299  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  28.37 
 
 		 197 aa  58.2  0.00000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.651923  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3307  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  31.36 
 
 		 183 aa  58.2  0.00000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.995091 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3270  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  29.65 
 
 		 181 aa  58.2  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3207  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  29.65 
 
 		 181 aa  58.2  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.321651 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3195  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  29.65 
 
 		 181 aa  58.2  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.376007  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3375  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  29.65 
 
 		 181 aa  58.2  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.923272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2236  NUDIX hydrolase  37.21 
 
 		 322 aa  58.2  0.00000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13638  putative isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  24.16 
 
 		 174 aa  56.6  0.0000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.279506  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20640  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  27.16 
 
 		 213 aa  57  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2201  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  26.67 
 
 		 179 aa  56.2  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.43573  hitchhiker  0.00000497991 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4731  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  25.68 
 
 		 171 aa  55.8  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.291133  decreased coverage  0.0000344266 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1593  NUDIX hydrolase  33.61 
 
 		 189 aa  56.2  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1536  NUDIX hydrolase  30.26 
 
 		 331 aa  55.1  0.0000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.137745  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0897  NUDIX hydrolase  40.7 
 
 		 277 aa  54.3  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.22115  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5387  NUDIX hydrolase  29.82 
 
 		 283 aa  53.9  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503936 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4928  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  27.22 
 
 		 199 aa  53.5  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.255355 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2739  NUDIX hydrolase  33.72 
 
 		 273 aa  52.8  0.000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.275113  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3467  NUDIX hydrolase  32.29 
 
 		 289 aa  52  0.000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.431608 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0990  NUDIX hydrolase  31.36 
 
 		 173 aa  52  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000363849  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2043  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  24.68 
 
 		 172 aa  51.6  0.000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.82849  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0346  NUDIX hydrolase  35.8 
 
 		 169 aa  51.6  0.000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.408953  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3404  NUDIX hydrolase  33.72 
 
 		 273 aa  51.2  0.000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.707971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1553  NUDIX hydrolase  27.17 
 
 		 182 aa  50.8  0.00001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4438  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  27.22 
 
 		 199 aa  50.4  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2276  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  22.52 
 
 		 176 aa  50.1  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00103129 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0168  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  27.27 
 
 		 176 aa  49.7  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_14191  predicted protein  30.05 
 
 		 238 aa  50.4  0.00002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.144173  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3852  NUDIX hydrolase  32.97 
 
 		 272 aa  49.7  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0945  NUDIX hydrolase  36.05 
 
 		 277 aa  48.1  0.00007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02721  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  28.57 
 
 		 182 aa  47.8  0.00008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.304436  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0343  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  24.05 
 
 		 198 aa  48.1  0.00008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.447974  normal  0.157249 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0396  NUDIX hydrolase  31.17 
 
 		 171 aa  48.1  0.00008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000159718  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02684  hypothetical protein  28.57 
 
 		 166 aa  47.8  0.00009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.406743  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0803  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  28.57 
 
 		 182 aa  47.4  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.010723  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3215  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  28.57 
 
 		 182 aa  47  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4179  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  28.57 
 
 		 182 aa  47  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04480  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  28.95 
 
 		 200 aa  46.6  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0608  NUDIX hydrolase  34.44 
 
 		 166 aa  47  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.108383 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0674  NUDIX family hydrolase  24.81 
 
 		 177 aa  46.2  0.0002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5570  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  26.87 
 
 		 227 aa  47  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5942  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  29.89 
 
 		 176 aa  46.6  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.934933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0820  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  28.57 
 
 		 182 aa  47  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3022  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  28.57 
 
 		 182 aa  47  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3308  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  28.57 
 
 		 182 aa  47  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>