More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0623 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_4602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  79.46 
 
 		 459 aa  731    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.195913 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0563  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  77.7 
 
 		 451 aa  680    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4837  response regulator  85.07 
 
 		 551 aa  948    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4377  GGDEF  82.8 
 
 		 551 aa  925    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0623  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 		 556 aa  1140    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.322116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  77.24 
 
 		 451 aa  660    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0608  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  77.24 
 
 		 452 aa  682    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0597995 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  77.53 
 
 		 540 aa  849    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  73.93 
 
 		 542 aa  821    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  74.12 
 
 		 542 aa  823    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 539 aa  457  1e-127  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.677434  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 715 aa  337  3.9999999999999995e-91  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4315  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 554 aa  335  2e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.554314 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 941 aa  329  9e-89  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1484  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 555 aa  318  1e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1039  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.55 
 
 		 393 aa  265  2e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0950507  normal  0.205042 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2212  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.63 
 
 		 543 aa  258  1e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2127  response regulator  31.42 
 
 		 544 aa  253  8.000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2118  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.11 
 
 		 546 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2358  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.29 
 
 		 546 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2104  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.11 
 
 		 546 aa  250  5e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0835719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2241  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.11 
 
 		 546 aa  249  1e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.195601  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2087  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 544 aa  247  3e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1887  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 544 aa  247  3e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 550 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3670  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 561 aa  244  3e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3688  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 543 aa  240  5e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1150  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.18 
 
 		 547 aa  233  1e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2859  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.29 
 
 		 532 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.757844  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.41 
 
 		 676 aa  199  9e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.990746 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 419 aa  189  1e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.33 
 
 		 306 aa  182  1e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 306 aa  179  1e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.88 
 
 		 308 aa  178  3e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.88 
 
 		 308 aa  178  3e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3505  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.59 
 
 		 665 aa  173  9e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2752  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  27.35 
 
 		 799 aa  171  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.07 
 
 		 322 aa  170  6e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35 
 
 		 310 aa  169  1e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 317 aa  169  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 317 aa  169  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 312 aa  168  2.9999999999999998e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.16 
 
 		 308 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.06 
 
 		 536 aa  163  7e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.08 
 
 		 309 aa  162  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 322 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.77 
 
 		 314 aa  162  2e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  35.74 
 
 		 316 aa  160  4e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.11 
 
 		 322 aa  160  4e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 351 aa  160  5e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0377  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.27 
 
 		 314 aa  160  5e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  33.88 
 
 		 301 aa  159  9e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.68 
 
 		 317 aa  159  2e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.89 
 
 		 304 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  33.99 
 
 		 318 aa  156  7e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  32.34 
 
 		 312 aa  157  7e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  32.33 
 
 		 308 aa  155  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.41 
 
 		 434 aa  155  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  34.12 
 
 		 302 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  29.59 
 
 		 460 aa  154  2.9999999999999998e-36  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 337 aa  154  5e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.23 
 
 		 469 aa  153  8.999999999999999e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.91 
 
 		 634 aa  151  3e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3790  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.08 
 
 		 300 aa  150  6e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  31.7 
 
 		 305 aa  149  9e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.23 
 
 		 340 aa  149  9e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.12 
 
 		 338 aa  149  2.0000000000000003e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  33.9 
 
 		 418 aa  147  7.0000000000000006e-34  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2421  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.51 
 
 		 684 aa  146  8.000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000243595 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.08 
 
 		 324 aa  146  1e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  31.1 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  28.51 
 
 		 454 aa  145  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.37 
 
 		 360 aa  145  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0228  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.2 
 
 		 541 aa  145  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.37 
 
 		 314 aa  144  3e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.51 
 
 		 310 aa  144  4e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.26 
 
 		 308 aa  144  5e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 443 aa  144  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.11 
 
 		 443 aa  144  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.11 
 
 		 310 aa  144  6e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  28.76 
 
 		 457 aa  143  6e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  43.95 
 
 		 381 aa  143  7e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  35.08 
 
 		 306 aa  143  7e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.11 
 
 		 322 aa  143  7e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 310 aa  143  7e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1525  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.86 
 
 		 316 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15223e-23 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.58 
 
 		 308 aa  142  1.9999999999999998e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.87 
 
 		 301 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.12 
 
 		 457 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.49 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  43.31 
 
 		 381 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 310 aa  140  7e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 319 aa  140  7.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.61 
 
 		 341 aa  140  7.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0043  diguanylate cyclase  34.24 
 
 		 580 aa  140  8.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 401 aa  140  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.92 
 
 		 457 aa  139  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.44 
 
 		 303 aa  139  1e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.33 
 
 		 314 aa  139  1e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  32.31 
 
 		 422 aa  138  2e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>