More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0554 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4865  inner-membrane translocator  84.63 
 
 		 435 aa  694    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.307682  hitchhiker  0.00000605126 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4657  inner-membrane translocator  84.16 
 
 		 433 aa  671    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.123215  decreased coverage  0.00142103 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4917  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein BraE  83.73 
 
 		 437 aa  681    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.875772  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0599  inner-membrane translocator  82.9 
 
 		 437 aa  680    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.512727  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0554  inner-membrane translocator  100 
 
 		 433 aa  845    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0237898  normal  0.469815 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4921  inner-membrane translocator  84.4 
 
 		 433 aa  673    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0573712  decreased coverage  0.000000000000182248 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5636  branched chain amino acid ABC transporter permease  81.6 
 
 		 425 aa  644    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64880  putative permease of ABC branched-chain amino acid transporter  82.08 
 
 		 425 aa  647    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4743  inner-membrane translocator  83.69 
 
 		 433 aa  691    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127702  hitchhiker  0.000000177935 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3201  inner-membrane translocator  79.2 
 
 		 428 aa  625  1e-178  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.427646 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2493  inner-membrane translocator  76.29 
 
 		 429 aa  608  1e-173  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.622946  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26110  ABC-transporter permease protein  77.86 
 
 		 424 aa  585  1e-166  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0693471  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0729  inner-membrane translocator  72.08 
 
 		 424 aa  573  1.0000000000000001e-162  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0488  inner-membrane translocator  59.02 
 
 		 424 aa  417  9.999999999999999e-116  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.273052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  52.25 
 
 		 423 aa  384  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4305  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  53.16 
 
 		 417 aa  381  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50540  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  53.4 
 
 		 417 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0377625 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  51.42 
 
 		 418 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  51.66 
 
 		 418 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3847  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  52.74 
 
 		 421 aa  373  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0194014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0864  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  51.77 
 
 		 427 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0137433  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2140  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  51.77 
 
 		 423 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0895739  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  52.14 
 
 		 418 aa  372  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0774  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  51.77 
 
 		 427 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  51.66 
 
 		 418 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4110  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  52.51 
 
 		 421 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.015431  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  51.31 
 
 		 418 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  51.69 
 
 		 418 aa  366  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0653  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  52.77 
 
 		 423 aa  365  1e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  50.24 
 
 		 452 aa  363  2e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4945  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  52.53 
 
 		 423 aa  364  2e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.487918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4430  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  52.29 
 
 		 423 aa  363  3e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460917  hitchhiker  0.00013336 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5270  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  52.77 
 
 		 423 aa  363  3e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3350  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  52.91 
 
 		 423 aa  362  6e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5017  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  52.91 
 
 		 423 aa  362  6e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  51.68 
 
 		 412 aa  361  1e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1385  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  50.58 
 
 		 423 aa  361  2e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121753  normal  0.219132 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3337  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  49.64 
 
 		 423 aa  356  3.9999999999999996e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0100  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  60.26 
 
 		 424 aa  355  6.999999999999999e-97  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3972  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  60.91 
 
 		 428 aa  355  6.999999999999999e-97  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.640531  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  60.59 
 
 		 428 aa  353  2e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3625  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  52.67 
 
 		 423 aa  352  8.999999999999999e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3870  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  51.82 
 
 		 425 aa  349  7e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2317  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  50.47 
 
 		 425 aa  348  8e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433018  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3859  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  56.93 
 
 		 425 aa  347  3e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.107872 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5395  inner-membrane translocator  48.4 
 
 		 463 aa  347  3e-94  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  55.09 
 
 		 443 aa  346  5e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4057  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  58.81 
 
 		 424 aa  345  1e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3874  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  56.23 
 
 		 425 aa  343  5e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.212137  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3753  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  56.23 
 
 		 425 aa  343  5e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3933  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  56.23 
 
 		 425 aa  343  5e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3831  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  56.23 
 
 		 425 aa  343  5e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3764  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  56.23 
 
 		 425 aa  343  5e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03305  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  57.63 
 
 		 425 aa  341  1e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3738  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  57.63 
 
 		 425 aa  341  1e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03258  hypothetical protein  57.63 
 
 		 425 aa  341  1e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3654  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  57.63 
 
 		 425 aa  341  1e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0106  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  60.26 
 
 		 424 aa  341  1e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3935  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  57.63 
 
 		 425 aa  342  1e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0260  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  57.63 
 
 		 425 aa  341  1e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4773  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  57.63 
 
 		 425 aa  341  1e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3866  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  57.63 
 
 		 425 aa  341  1e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0230  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  58.49 
 
 		 427 aa  340  2e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.733178 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2478  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  52.2 
 
 		 424 aa  340  2.9999999999999998e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0258062 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0259  inner-membrane translocator  57.32 
 
 		 425 aa  339  5.9999999999999996e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1872  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  52.76 
 
 		 427 aa  338  8e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.917704  normal  0.0232173 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3324  inner-membrane translocator  47.83 
 
 		 484 aa  329  6e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0986477  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2608  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  56.46 
 
 		 413 aa  324  2e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0589092  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3255  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  56.46 
 
 		 413 aa  324  2e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.632438  normal  0.0967059 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1724  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  47.56 
 
 		 459 aa  317  2e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1790  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  47.33 
 
 		 459 aa  315  9e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2250  inner-membrane translocator  53.71 
 
 		 464 aa  311  2e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.571474  normal  0.330344 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1621  inner-membrane translocator  48.8 
 
 		 445 aa  309  5.9999999999999995e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0814712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1113  inner-membrane translocator  46.29 
 
 		 460 aa  309  8e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1746  inner-membrane translocator  48.94 
 
 		 474 aa  307  3e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2210  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component  46.15 
 
 		 456 aa  306  4.0000000000000004e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.689313  normal  0.680873 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  44.86 
 
 		 407 aa  304  3.0000000000000004e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1778  inner-membrane translocator  54.72 
 
 		 444 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.416814 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  49.31 
 
 		 407 aa  301  1e-80  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4331  inner-membrane translocator  47.91 
 
 		 443 aa  301  2e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.157197  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3327  inner-membrane translocator  45.81 
 
 		 463 aa  300  3e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.630335 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5436  inner-membrane translocator  46.22 
 
 		 475 aa  300  3e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5324  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (permease protein)  47.28 
 
 		 446 aa  299  7e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.538003  normal  0.504195 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3071  inner-membrane translocator  45.67 
 
 		 463 aa  298  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.730301  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  51.21 
 
 		 415 aa  296  5e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2612  inner-membrane translocator  43.21 
 
 		 461 aa  293  6e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.16306  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2396  inner-membrane translocator  43.72 
 
 		 461 aa  290  3e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00825655 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3682  inner-membrane translocator  45.82 
 
 		 443 aa  289  7e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3514  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  43.95 
 
 		 463 aa  288  1e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2082  inner-membrane translocator  53.38 
 
 		 456 aa  287  2.9999999999999996e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  52.41 
 
 		 407 aa  262  8e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3901  inner-membrane translocator  49.72 
 
 		 505 aa  258  1e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.595093 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2317  inner-membrane translocator  45.48 
 
 		 375 aa  241  2e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.156371  hitchhiker  0.00287138 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2439  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  44.22 
 
 		 378 aa  241  2e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.703384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2707  inner-membrane translocator  45.48 
 
 		 375 aa  241  2e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.990048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0610  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  53.36 
 
 		 389 aa  240  4e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3363  inner-membrane translocator  43.22 
 
 		 358 aa  239  5e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2711  inner-membrane translocator  42.94 
 
 		 358 aa  238  2e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2865  inner-membrane translocator  42.47 
 
 		 384 aa  237  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.267921  normal  0.620309 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6413  inner-membrane translocator  41.76 
 
 		 389 aa  234  3e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>