More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0409 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5128  type IV pilus biogenesis protein PilQ  77.46 
 
 
718 aa  1068    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.981082  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0407  type II and III secretion system protein:NolW-like:NolW-like  78.6 
 
 
718 aa  1099    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45260  secretion system protein  68.56 
 
 
717 aa  946    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0409  type II and III secretion system protein  100 
 
 
692 aa  1388    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714943  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5777  type 4 fimbrial biogenesis protein PilQ  71.73 
 
 
714 aa  980    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0546  type IV pilus secretin PilQ  71.19 
 
 
706 aa  967    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66620  type 4 fimbrial biogenesis outer membrane protein PilQ precursor  72.01 
 
 
710 aa  991    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.601921  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0830  type IV pilus secretin PilQ  48.35 
 
 
704 aa  637    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2687  peptidase M41, FtsH  47.88 
 
 
727 aa  616  1e-175  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00137304  normal  0.0272245 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3028  type IV pilus secretin PilQ  44.88 
 
 
711 aa  565  1.0000000000000001e-159  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.390023  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0251  fimbrial assembly protein pilQ precursor  45.55 
 
 
699 aa  557  1e-157  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.215469  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0279  type IV pilus secretin PilQ  44.51 
 
 
710 aa  554  1e-156  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.881103 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5130  type IV pilus secretin PilQ  63.68 
 
 
420 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.916141  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4953  type IV pilus secretin PilQ  64.15 
 
 
420 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5080  type IV pilus secretin PilQ  63.44 
 
 
420 aa  513  1e-144  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0386  type IV pilus secretin PilQ  62.74 
 
 
422 aa  512  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.591623  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2457  type II and III secretion system protein  38.83 
 
 
723 aa  502  1e-141  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.345302  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3109  fimbrial biogenesis protein  41.82 
 
 
721 aa  499  1e-140  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.157698 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3403  type IV pilus secretin PilQ  40.77 
 
 
726 aa  493  9.999999999999999e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.613607 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0329  fimbrial assembly protein PilQ  41.71 
 
 
729 aa  490  1e-137  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.863094  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0785  type II and III secretion system protein  41.08 
 
 
717 aa  489  1e-137  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.113168  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3131  type II and III secretion system secretin  41.65 
 
 
706 aa  488  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2923  type II and III secretion system protein  41.97 
 
 
710 aa  486  1e-136  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2759  type IV pilus secretin PilQ  41.35 
 
 
694 aa  485  1e-135  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.354322  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0703  type IV pilus secretin PilQ  38.72 
 
 
696 aa  481  1e-134  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.853833  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3268  type II and III secretion system protein  39.14 
 
 
710 aa  480  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1144  type IV pilus secretin PilQ  40.09 
 
 
714 aa  476  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1941  type IV pilus secretin PilQ  40.22 
 
 
729 aa  476  1e-133  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.77071  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0734  type IV pilus secretin PilQ  38.67 
 
 
696 aa  478  1e-133  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0375525  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  40.38 
 
 
668 aa  477  1e-133  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2971  fimbrial type-4 assembly signal peptide protein  41.25 
 
 
714 aa  475  1e-132  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0206  type IV pilus assembly protein PilQ  39.94 
 
 
745 aa  473  1e-132  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.292447  normal  0.225314 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0838  type IV pilus secretin PilQ  40.12 
 
 
711 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.673072  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3249  type IV pilus secretin PilQ  41.36 
 
 
721 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0676  type IV pilus secretin PilQ  41.14 
 
 
712 aa  467  9.999999999999999e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0513827 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0993  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  37.63 
 
 
698 aa  468  9.999999999999999e-131  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0962  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  37.63 
 
 
698 aa  468  9.999999999999999e-131  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2902  type IV pilus secretin PilQ  41.36 
 
 
721 aa  465  1e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.123013 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1879  fimbrial assembly protein PilQ  37.48 
 
 
756 aa  461  9.999999999999999e-129  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000275793  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5577  type IV pilus secretin PilQ  38.44 
 
 
716 aa  457  1e-127  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.515424 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1000  type IV pilus secretin PilQ  39.19 
 
 
715 aa  453  1.0000000000000001e-126  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2169  type II and III secretion system protein  36.44 
 
 
792 aa  453  1.0000000000000001e-126  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.29218  normal  0.574377 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4085  type IV pilus secretin PilQ  37.99 
 
 
683 aa  449  1e-125  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000349051  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0212  type IV pilus secretin PilQ  38.48 
 
 
683 aa  451  1e-125  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466535  normal  0.0124909 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4203  type IV pilus secretin PilQ  37.99 
 
 
683 aa  449  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0392005  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4004  type IV pilus secretin PilQ  37.99 
 
 
683 aa  450  1e-125  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0761872  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0285  type IV pilus biogenesis protein PilQ  37.09 
 
 
684 aa  448  1.0000000000000001e-124  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0018  type IV pilus secretin PilQ  39.35 
 
 
712 aa  446  1.0000000000000001e-124  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.845155 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4114  type IV pilus secretin PilQ  37.48 
 
 
683 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000574817  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0260  type II and III secretion system protein  37.34 
 
 
683 aa  448  1.0000000000000001e-124  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149994  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0237  type IV pilus secretin PilQ  38.14 
 
 
688 aa  448  1.0000000000000001e-124  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00361408  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3699  type IV pilus secretin PilQ  36.99 
 
 
684 aa  444  1e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0929214  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0374  type IV pilus secretin PilQ  37.04 
 
 
682 aa  445  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0344612  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3895  type IV pilus secretin PilQ  36.85 
 
 
684 aa  442  1e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000037843  normal  0.221034 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0246  type IV pilus secretin PilQ  37.23 
 
 
684 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0240868  normal  0.818233 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3369  type IV pilus biogenesis protein PilQ  36.91 
 
 
685 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000110691  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3707  type IV pilus secretin PilQ  37.5 
 
 
683 aa  435  1e-120  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000259618  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4266  type IV pilus secretin PilQ  37.33 
 
 
682 aa  429  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.225948  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0339  type IV pilus secretin PilQ  36.55 
 
 
682 aa  432  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.201727  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  36.82 
 
 
689 aa  425  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0471  type IV pilus biogenesis protein PilQ  39.41 
 
 
706 aa  419  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.986864  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0214  type II and III secretion system secretin  37.83 
 
 
715 aa  414  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00866012  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00511  putative type IV pilus biogenesis protein PilQ (cytoplasmic ATPase)  42.08 
 
 
547 aa  393  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440225  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  40.82 
 
 
580 aa  389  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  39.93 
 
 
578 aa  374  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02351  fimbrial assembly protein  36.96 
 
 
655 aa  362  1e-98  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.733093  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1856  fimbrial assembly protein  36.55 
 
 
630 aa  359  9e-98  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0231369  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1785  type IV pilus secretin PilQ  36.72 
 
 
636 aa  358  1.9999999999999998e-97  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0622717  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00029  type IV pilus secretin PilQ  41.3 
 
 
583 aa  356  8.999999999999999e-97  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0883  type IV pilus secretin PilQ  33.73 
 
 
784 aa  341  2.9999999999999998e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.126317  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0735  fimbrial assembly protein PilQ, putative  33.73 
 
 
784 aa  341  2.9999999999999998e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002326  type IV pilus biogenesis protein PilQ  40.43 
 
 
582 aa  340  5e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000116776  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3236  type IV pilus secretin PilQ  35.41 
 
 
657 aa  338  1.9999999999999998e-91  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0831475  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0399  type IV pilus secretin PilQ  35.37 
 
 
642 aa  324  4e-87  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00359523 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  40.58 
 
 
891 aa  310  4e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0690  type IV pilus secretin PilQ  38.07 
 
 
893 aa  293  7e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2665  type IV pilus secretin PilQ  34.46 
 
 
926 aa  289  1e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000377004 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  29.72 
 
 
944 aa  288  2e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2134  type IV pilus biogenesis protein PilQ  31.95 
 
 
874 aa  288  2e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000140204  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0679  type IV pilus secretin PilQ  31.94 
 
 
887 aa  286  5.999999999999999e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0679  type IV pilus secretin PilQ  38.55 
 
 
887 aa  284  4.0000000000000003e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.795233  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3599  type IV pilus secretin PilQ  37.75 
 
 
591 aa  283  1e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00505018  hitchhiker  0.0000000614182 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0358  putative fimbrial type-4 assembly signal peptide, PilQ-like  37.8 
 
 
567 aa  282  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0621067 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1550  type IV pilus secretin PilQ  33.96 
 
 
946 aa  281  3e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  30.86 
 
 
870 aa  280  5e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0645  type II and III secretion system protein, secretin  38.17 
 
 
882 aa  279  1e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2028  type IV pilus biogenesis protein PilQ  33.01 
 
 
894 aa  279  2e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2795  type IV pilus secretin PilQ  37.68 
 
 
523 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.747994  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3025  type II/III secretion system protein  37.14 
 
 
576 aa  273  1e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3730  type II/III secretion system protein  36.25 
 
 
575 aa  270  5e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1756  type II/III secretion system protein  36.25 
 
 
616 aa  270  5.9999999999999995e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2748  type II/III secretion system protein  36.25 
 
 
527 aa  270  8.999999999999999e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0294  type IV pilus secretin PilQ  37.32 
 
 
573 aa  269  1e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.882341 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3759  type IV pilus secretin PilQ  36.25 
 
 
465 aa  268  2e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.180527  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2798  type II/III secretion system protein  36.25 
 
 
462 aa  268  2e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3205  type II/III secretion system protein  36.25 
 
 
462 aa  268  2e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.278596  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3701  type IV pilus secretin PilQ  36.25 
 
 
462 aa  268  2e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0441702  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0310  type IV pilus secretin PilQ  35.55 
 
 
553 aa  266  1e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0391  type IV pilus secretin PilQ  35.38 
 
 
543 aa  265  2e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0370  type IV pilus secretin PilQ  35.41 
 
 
543 aa  264  3e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>