40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0390 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0390  Poly granule associated  100 
 
 
292 aa  526  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.210715 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0391  Poly granule associated  60.91 
 
 
230 aa  249  4e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5147  polyhydroxyalkanoate granule-associated protein PhaF  72.5 
 
 
257 aa  240  2e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5057  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  70.55 
 
 
258 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5007  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  69.66 
 
 
261 aa  214  1e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.508327  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4881  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  69.18 
 
 
261 aa  213  3e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0457  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  70.42 
 
 
254 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.868468  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5799  polyhydroxyalkanoate synthesis protein PhaF  75.18 
 
 
322 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66875  polyhydroxyalkanoate synthesis protein PhaF  74.45 
 
 
309 aa  192  4e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0526  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  65.96 
 
 
284 aa  189  4e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.170611  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1492  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  39.67 
 
 
139 aa  110  4e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66880  hypothetical protein  42.96 
 
 
138 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0389  Poly granule associated  44.44 
 
 
140 aa  102  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.327978 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5800  hypothetical protein  42.28 
 
 
138 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0552  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  38.79 
 
 
157 aa  98.6  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0536  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  38.79 
 
 
157 aa  98.2  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.326611  normal  0.0874326 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5148  polyhydroxyalkanoate granule-associated protein PhaI  38.64 
 
 
148 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3495  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  40.65 
 
 
194 aa  97.4  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.827909 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5058  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  39.17 
 
 
139 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3527  poly granule associated  39.1 
 
 
200 aa  95.1  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.219058  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0456  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  39.02 
 
 
139 aa  94  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.891613  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5008  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  36.67 
 
 
139 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4882  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  36.67 
 
 
139 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.780933 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4024  poly granule associated  36.13 
 
 
168 aa  86.7  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.533985  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0350  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  33.55 
 
 
167 aa  83.6  3e-15  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0525  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  38.84 
 
 
148 aa  80.5  3e-14  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.233444  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00722  poly(hydroxyalcanoate) granule associated protein  32.09 
 
 
187 aa  79  9e-14  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.176303  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0490  polygranule-associated protein  35.29 
 
 
182 aa  76.6  4e-13  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.394794  normal  0.0296543 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2543  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  31.25 
 
 
163 aa  71.6  1e-11  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00882865  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2170  poly granule associated family protein  35.09 
 
 
183 aa  67.4  3e-10  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.940571  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2039  ribonuclease E  58.04 
 
 
926 aa  62.4  8e-09  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.75144e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0604  poly(hydroxyalcanoate) granule associated protein  22.61 
 
 
168 aa  61.2  2e-08  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0559  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  23.28 
 
 
168 aa  59.7  5e-08  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2415  hypothetical protein  37 
 
 
177 aa  57.8  2e-07  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.471261  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2063  pathogenicity protein, putative  58.02 
 
 
630 aa  53.1  6e-06  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0254  hypothetical protein  34.71 
 
 
423 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.158302  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5787  polyhydroxyalkanoate synthesis protein PhaF  34.94 
 
 
262 aa  48.5  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1710  hypothetical protein  29.14 
 
 
522 aa  47.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.636106  normal  0.107463 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4037  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  38.79 
 
 
513 aa  45.1  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00158153 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5377  TfoX domain-containing protein  50 
 
 
223 aa  42.4  0.008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0365386  normal  0.0696502 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>