More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0264 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0264  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
259 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0236  EAL domain protein  74.13 
 
 
260 aa  414  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0171  EAL  72.97 
 
 
260 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1172  diguanylate phosphodiesterase  62.9 
 
 
258 aa  321  6e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.459391 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1233  diguanylate phosphodiesterase  62.5 
 
 
258 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1584  diguanylate phosphodiesterase  59.67 
 
 
263 aa  318  5e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0237519  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  58.44 
 
 
256 aa  303  1.0000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  57.49 
 
 
254 aa  296  3e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3232  diguanylate phosphodiesterase  55.1 
 
 
266 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72536  normal  0.33635 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3107  diguanylate phosphodiesterase  56.92 
 
 
259 aa  280  2e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.757565  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  58.33 
 
 
332 aa  276  2e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  50 
 
 
255 aa  275  6e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0914  EAL domain-containing protein  53.33 
 
 
256 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1247  hypothetical protein  50.2 
 
 
257 aa  273  3e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000126257  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1902  diguanylate phosphodiesterase  52.07 
 
 
253 aa  272  5.000000000000001e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.570063 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0005  diguanylate phosphodiesterase  53.44 
 
 
259 aa  263  2e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162907  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2208  diguanylate phosphodiesterase  51.42 
 
 
254 aa  261  6e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0026  diguanylate phosphodiesterase  51.27 
 
 
246 aa  258  6e-68  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0024  diguanylate phosphodiesterase  51.27 
 
 
246 aa  257  1e-67  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.481277  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2810  diguanylate phosphodiesterase  53.31 
 
 
257 aa  258  1e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0525  diguanylate phosphodiesterase  54.17 
 
 
251 aa  256  2e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  50.83 
 
 
249 aa  254  1.0000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2934  diguanylate phosphodiesterase  52.3 
 
 
252 aa  251  7e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.780718  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0883  diguanylate phosphodiesterase  50.99 
 
 
262 aa  249  3e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  52.42 
 
 
283 aa  249  3e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0637  hypothetical protein  50.81 
 
 
257 aa  249  3e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00815017  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3566  diguanylate phosphodiesterase  52.42 
 
 
265 aa  249  3e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333064  normal  0.483567 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  52.44 
 
 
265 aa  247  1e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0806  signal protein  53.31 
 
 
257 aa  245  4.9999999999999997e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1747  diguanylate phosphodiesterase  50 
 
 
291 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.087315  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2342  diguanylate phosphodiesterase  49.42 
 
 
257 aa  240  2e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0601  diguanylate phosphodiesterase  46.15 
 
 
258 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0541  diguanylate phosphodiesterase  45.75 
 
 
257 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2731  putative diguanylate phosphodiesterase  46 
 
 
259 aa  232  3e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0792  diguanylate phosphodiesterase  54.38 
 
 
224 aa  231  8.000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.307783 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3798  diguanylate phosphodiesterase  45.12 
 
 
257 aa  229  3e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0519  diguanylate phosphodiesterase  45.53 
 
 
257 aa  229  3e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2830  diguanylate phosphodiesterase  46.25 
 
 
253 aa  229  3e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.011956  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0545  diguanylate phosphodiesterase  45.12 
 
 
257 aa  229  5e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1965  diguanylate phosphodiesterase  47.66 
 
 
248 aa  226  3e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  40.68 
 
 
239 aa  196  3e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  38.81 
 
 
351 aa  177  1e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  37.45 
 
 
356 aa  175  5e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0058  diguanylate phosphodiesterase  41.82 
 
 
357 aa  170  3e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  40 
 
 
367 aa  168  9e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  38.57 
 
 
340 aa  162  7e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1138  diguanylate phosphodiesterase  38.53 
 
 
266 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.22 
 
 
734 aa  160  3e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.44 
 
 
753 aa  158  7e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  36.97 
 
 
371 aa  152  4e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.43 
 
 
632 aa  150  3e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.81 
 
 
766 aa  144  9e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2032  diguanylate phosphodiesterase  32.59 
 
 
406 aa  143  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.252984 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00175  hypothetical protein ycgF  34.65 
 
 
390 aa  143  2e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  35 
 
 
352 aa  141  8e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.33 
 
 
883 aa  139  3e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  36.52 
 
 
475 aa  137  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.09 
 
 
773 aa  137  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1757  diguanylate phosphodiesterase  34.19 
 
 
418 aa  135  6.0000000000000005e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.388257  hitchhiker  0.000204445 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  33.18 
 
 
360 aa  134  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.99 
 
 
797 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  33.18 
 
 
362 aa  133  3e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.91 
 
 
581 aa  131  9e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.25 
 
 
590 aa  130  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.9 
 
 
590 aa  129  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.86 
 
 
786 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.56 
 
 
572 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.88 
 
 
580 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  33.92 
 
 
584 aa  127  3e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.73 
 
 
633 aa  125  7e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.56 
 
 
585 aa  125  9e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.56 
 
 
585 aa  125  9e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  34.1 
 
 
584 aa  125  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.56 
 
 
585 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.56 
 
 
585 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.1 
 
 
583 aa  124  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.1 
 
 
583 aa  124  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.1 
 
 
584 aa  124  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.48 
 
 
584 aa  124  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.44 
 
 
584 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.94 
 
 
605 aa  123  4e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  31.86 
 
 
409 aa  122  6e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  33.64 
 
 
485 aa  122  6e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  33.64 
 
 
379 aa  121  9e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  33.64 
 
 
306 aa  121  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1371  diguanylate phosphodiesterase  34.96 
 
 
361 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  32.26 
 
 
357 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  30.14 
 
 
284 aa  120  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.17 
 
 
599 aa  119  6e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  31.8 
 
 
592 aa  118  7e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  30.59 
 
 
437 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  32.43 
 
 
590 aa  116  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  31.98 
 
 
590 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  31.11 
 
 
454 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  31.05 
 
 
409 aa  113  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1202  fused sensor protein/response regulator  30.73 
 
 
934 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.127641  normal  0.087847 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.54 
 
 
667 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000118993  normal  0.446718 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0696  sensory box/GGDEF family protein  32.03 
 
 
568 aa  113  3e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.612215  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0421  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.95 
 
 
574 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1986  BLUF/cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  29.69 
 
 
403 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.758889  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>