More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0144 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  100 
 
 
483 aa  969    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  64.56 
 
 
483 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  65.57 
 
 
484 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  63.92 
 
 
483 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  65.57 
 
 
484 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  56.22 
 
 
479 aa  512  1e-144  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  56.01 
 
 
479 aa  512  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  47.31 
 
 
521 aa  461  9.999999999999999e-129  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  50.86 
 
 
479 aa  458  9.999999999999999e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2305  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  47.35 
 
 
517 aa  444  1e-123  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0155955 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.42 
 
 
533 aa  430  1e-119  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.64 
 
 
512 aa  425  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.93 
 
 
515 aa  423  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  46.84 
 
 
513 aa  423  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4486  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  46.68 
 
 
512 aa  419  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.28 
 
 
532 aa  398  1e-109  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3378  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  47.66 
 
 
470 aa  396  1e-109  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.469197 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  44.54 
 
 
511 aa  387  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.63 
 
 
511 aa  383  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.78 
 
 
525 aa  382  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2526  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  47.06 
 
 
504 aa  376  1e-103  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1818  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.84 
 
 
482 aa  370  1e-101  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.332659  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.28 
 
 
500 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  39.73 
 
 
547 aa  344  2e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0563  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.08 
 
 
519 aa  331  2e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00901  multidrug resistance efflux pump protein  44.3 
 
 
495 aa  325  1e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.707111 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  38.97 
 
 
512 aa  318  1e-85  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.34 
 
 
497 aa  305  1.0000000000000001e-81  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  35.82 
 
 
503 aa  299  8e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  36.13 
 
 
479 aa  297  3e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  36.13 
 
 
489 aa  297  4e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6156  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.45 
 
 
560 aa  286  7e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0572523 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6272  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.78 
 
 
558 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397121 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.23 
 
 
483 aa  283  5.000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1737  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.92 
 
 
509 aa  282  9e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.94 
 
 
494 aa  282  9e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5243  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.97 
 
 
537 aa  281  1e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.727139  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1620  Outer membrane protein  36.31 
 
 
565 aa  281  2e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  33.33 
 
 
569 aa  280  4e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6550  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.07 
 
 
561 aa  280  5e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.984668  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1281  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.07 
 
 
561 aa  280  5e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.183207  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1798  hypothetical protein  36.03 
 
 
569 aa  279  7e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1641  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  36.03 
 
 
569 aa  279  7e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5523  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.75 
 
 
576 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.25 
 
 
486 aa  275  2.0000000000000002e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.42 
 
 
502 aa  272  9e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6558  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.89 
 
 
591 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  33.75 
 
 
520 aa  270  5e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.6 
 
 
546 aa  262  8e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.98 
 
 
509 aa  262  8e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  32.14 
 
 
558 aa  259  7e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  34.66 
 
 
470 aa  259  1e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.9 
 
 
493 aa  257  3e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.48 
 
 
541 aa  255  1.0000000000000001e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.42 
 
 
501 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0034  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.55 
 
 
538 aa  252  8.000000000000001e-66  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.677331 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.57 
 
 
464 aa  251  2e-65  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  37.53 
 
 
499 aa  248  1e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.32 
 
 
529 aa  249  1e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.26 
 
 
465 aa  246  6e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.73 
 
 
477 aa  246  6e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2893  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.72 
 
 
516 aa  246  9e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.8 
 
 
482 aa  244  1.9999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.39 
 
 
462 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.56 
 
 
482 aa  243  7e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.4 
 
 
489 aa  241  2e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.7 
 
 
518 aa  241  2e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2582  hypothetical protein  31.06 
 
 
520 aa  240  5e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  31.39 
 
 
518 aa  239  1e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.9 
 
 
496 aa  238  3e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.63 
 
 
517 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2436  hypothetical protein  30.85 
 
 
520 aa  236  6e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.04 
 
 
471 aa  236  7e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.42 
 
 
517 aa  236  9e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0868  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.82 
 
 
526 aa  235  1.0000000000000001e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.16 
 
 
531 aa  235  2.0000000000000002e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.83 
 
 
471 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.11 
 
 
504 aa  235  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  32.83 
 
 
479 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  29.68 
 
 
504 aa  235  2.0000000000000002e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.83 
 
 
471 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.57 
 
 
493 aa  234  3e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.06 
 
 
521 aa  234  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00362376  normal  0.387542 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  33.26 
 
 
465 aa  233  6e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.98 
 
 
473 aa  233  7.000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1393  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.05 
 
 
461 aa  231  1e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.4 
 
 
487 aa  227  3e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.4 
 
 
471 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1001  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.25 
 
 
492 aa  226  5.0000000000000005e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2338  efflux ABC transporter outer membrane protein  34.42 
 
 
470 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.03 
 
 
496 aa  226  7e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.03 
 
 
496 aa  226  7e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.42 
 
 
496 aa  225  1e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  32.21 
 
 
512 aa  225  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5852  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.68 
 
 
523 aa  225  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.741914 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3811  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.43 
 
 
476 aa  224  2e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.521708  normal  0.399123 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.2 
 
 
495 aa  223  4e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.59 
 
 
489 aa  223  7e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670028  normal  0.773524 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  34.85 
 
 
520 aa  223  9e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1099  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.41 
 
 
460 aa  221  1.9999999999999999e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>