More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0141 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
305 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4455  LysR family transcriptional regulator  67.57 
 
 
301 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1270  LysR family transcriptional regulator  66.22 
 
 
301 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4578  LysR family transcriptional regulator  66.22 
 
 
301 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.166046  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2321  putative transcriptional regulator  58.19 
 
 
319 aa  368  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.304743  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0871  LysR family transcriptional regulator  62.75 
 
 
302 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3381  transcriptional regulator, LysR family  59.72 
 
 
305 aa  352  5e-96  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.750017  normal  0.450038 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27440  putative transcriptional regulator  58.05 
 
 
321 aa  349  3e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.016223  normal  0.601013 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  58.16 
 
 
307 aa  348  7e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  56.8 
 
 
307 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46370  Transcriptional regulator, LysR-family  59.02 
 
 
307 aa  333  2e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.992428  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 
297 aa  272  4.0000000000000004e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  48.82 
 
 
298 aa  268  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  47.8 
 
 
301 aa  267  2e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  47.14 
 
 
298 aa  259  4e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 
295 aa  258  8e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  48.15 
 
 
298 aa  256  4e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 
306 aa  255  5e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  45.98 
 
 
314 aa  254  9e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  45.97 
 
 
301 aa  252  7e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  44.82 
 
 
304 aa  246  3e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0543  LysR family transcriptional regulator  47.59 
 
 
309 aa  241  1e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.791494  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2499  LysR family transcriptional regulator  46.01 
 
 
278 aa  239  2.9999999999999997e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.178908  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3422  LysR family transcriptional regulator  46.82 
 
 
304 aa  239  2.9999999999999997e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1717  transcriptional regulator, LysR family  44.25 
 
 
323 aa  232  7.000000000000001e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  44.88 
 
 
313 aa  231  1e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  46.26 
 
 
308 aa  231  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 
323 aa  231  2e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
301 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
301 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
295 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0399  LysR family transcriptional regulator  42.33 
 
 
319 aa  226  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222083  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2085  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 
325 aa  225  6e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0073681  normal  0.210389 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 
317 aa  224  1e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 
310 aa  222  4.9999999999999996e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1887  transcriptional regulator, LysR family  41.95 
 
 
321 aa  222  8e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.337699  normal  0.210949 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0459  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 
308 aa  221  1.9999999999999999e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00764777  normal  0.120091 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4363  LysR family transcriptional regulator  41.8 
 
 
339 aa  215  9e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4003  LysR family transcriptional regulator  41.8 
 
 
339 aa  215  9e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3520  LysR family transcriptional regulator  41.48 
 
 
319 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.677616 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
353 aa  212  7e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3916  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 
323 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.61928 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3409  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
325 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155989  normal  0.11434 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4909  transcriptional regulator, LysR family  40.62 
 
 
313 aa  198  9e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.622222  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2839  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 
300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5091  transcriptional regulator, LysR family  40.28 
 
 
328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.518904  normal  0.269776 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 
306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2067  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 
307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4218  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 
300 aa  158  1e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2136  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 
303 aa  149  4e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
308 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 
307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
313 aa  145  6e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 
308 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
312 aa  144  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  31.38 
 
 
309 aa  142  9e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
315 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 
308 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 
318 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 
322 aa  139  6e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 
330 aa  137  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.54 
 
 
299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 
313 aa  136  4e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  30.13 
 
 
327 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 
314 aa  135  8e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 
322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0853  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255595  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 
323 aa  133  3e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 
301 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 
310 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  29.39 
 
 
347 aa  132  6e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 
323 aa  132  6e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 
310 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 
345 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 
320 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 
320 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.22 
 
 
300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 
311 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 
307 aa  130  3e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 
332 aa  130  4.0000000000000003e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 
320 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 
313 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.88 
 
 
330 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
314 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  31.31 
 
 
309 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3262  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
304 aa  129  7.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  30.77 
 
 
312 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 
313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 
316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 
313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 
334 aa  128  1.0000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 
323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.87 
 
 
309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 
322 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 
311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 
313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
309 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 
336 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>