More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0131 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  75.58 
 
 
648 aa  963    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  61.05 
 
 
650 aa  753    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  76.04 
 
 
648 aa  971    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  62.13 
 
 
650 aa  756    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
648 aa  1307    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  57.67 
 
 
650 aa  748    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  75.73 
 
 
648 aa  974    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  57.81 
 
 
650 aa  754    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  60.74 
 
 
650 aa  752    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  75.43 
 
 
648 aa  962    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.32 
 
 
637 aa  392  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.38 
 
 
637 aa  343  4e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.55 
 
 
637 aa  337  3.9999999999999995e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.61 
 
 
663 aa  311  2.9999999999999997e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  31.45 
 
 
639 aa  306  6e-82  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  31.3 
 
 
639 aa  301  3e-80  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.83 
 
 
638 aa  300  4e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.01 
 
 
642 aa  298  2e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.16 
 
 
645 aa  298  3e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.47 
 
 
649 aa  289  9e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.09 
 
 
645 aa  272  2e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  32.51 
 
 
635 aa  269  1e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.96 
 
 
663 aa  254  5.000000000000001e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.71 
 
 
703 aa  252  1e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.311559  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.55 
 
 
632 aa  246  9.999999999999999e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  25.95 
 
 
654 aa  234  3e-60  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1099  membrane signal transduction protein  26.42 
 
 
641 aa  233  9e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07087  hypothetical protein  26.23 
 
 
640 aa  230  6e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001009  GGDEF and EAL domain-containing protein  26.28 
 
 
627 aa  226  7e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.89 
 
 
640 aa  216  9e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0160  hypothetical protein  26.39 
 
 
636 aa  215  1.9999999999999998e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.46 
 
 
696 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  25.68 
 
 
649 aa  207  4e-52  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4323  GGDEF domain-containing protein  26.68 
 
 
639 aa  205  3e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0378  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.61 
 
 
639 aa  205  3e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0227071  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.61 
 
 
639 aa  205  3e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0402432  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  25.76 
 
 
649 aa  202  1.9999999999999998e-50  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.31 
 
 
639 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0574936  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  25.19 
 
 
640 aa  201  5e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4010  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.46 
 
 
639 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.105132  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.46 
 
 
639 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.54 
 
 
640 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.46 
 
 
639 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.8 
 
 
640 aa  197  7e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3911  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  25.31 
 
 
639 aa  197  7e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4104  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.31 
 
 
639 aa  197  7e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.950897  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.96 
 
 
640 aa  194  5e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068585  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.86 
 
 
639 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.230248  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  25.31 
 
 
639 aa  191  4e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0430  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.92 
 
 
640 aa  186  8e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.612077  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.89 
 
 
738 aa  179  1e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1449  cyclic-di-GMP regulatory protein  25.63 
 
 
640 aa  177  5e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.957057  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.02 
 
 
632 aa  172  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.61 
 
 
634 aa  170  1e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.85 
 
 
634 aa  169  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.45 
 
 
634 aa  167  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.39 
 
 
634 aa  165  3e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.53 
 
 
951 aa  161  4e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.47 
 
 
800 aa  160  5e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1792  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.09 
 
 
751 aa  160  7e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.016271  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.75 
 
 
634 aa  160  8e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.7 
 
 
642 aa  160  8e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1109  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.54 
 
 
942 aa  159  1e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339045  normal  0.881736 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.95 
 
 
634 aa  159  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.57 
 
 
979 aa  159  2e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  24.05 
 
 
634 aa  157  4e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0188  GGDEF domain-containing protein  29.06 
 
 
685 aa  157  5.0000000000000005e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0034  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  29.93 
 
 
806 aa  157  6e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2089  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.6 
 
 
749 aa  157  8e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  24.19 
 
 
631 aa  157  9e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  23.5 
 
 
634 aa  155  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.44 
 
 
673 aa  155  2e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  29.15 
 
 
1076 aa  155  2e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.5 
 
 
634 aa  155  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1356  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.28 
 
 
469 aa  155  2.9999999999999998e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0103903  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  25.39 
 
 
646 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.97 
 
 
634 aa  154  4e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.5 
 
 
634 aa  154  5e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2130  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.24 
 
 
752 aa  154  5e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0061806  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.07 
 
 
994 aa  154  7e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2042  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.37 
 
 
749 aa  154  7e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2206  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.24 
 
 
752 aa  154  7e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0281501  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5602  GGDEF family protein  28.18 
 
 
656 aa  153  8e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.46 
 
 
752 aa  152  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.245361  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2296  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.37 
 
 
749 aa  153  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00930711  normal  0.870348 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4570  hypothetical protein  29.15 
 
 
749 aa  152  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2284  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.15 
 
 
749 aa  152  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.57 
 
 
638 aa  152  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.87 
 
 
644 aa  152  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4412  regulatory protein CsrD  26.97 
 
 
643 aa  151  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000683384  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2763  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.11 
 
 
820 aa  151  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.6 
 
 
632 aa  151  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1534  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.2 
 
 
642 aa  150  5e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.376143  normal  0.346331 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.22 
 
 
769 aa  150  7e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2216  sensory box protein  30.94 
 
 
752 aa  150  8e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.37 
 
 
975 aa  150  9e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.41 
 
 
623 aa  148  3e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2213  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.89 
 
 
742 aa  148  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0024682 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1715  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.7 
 
 
749 aa  147  4.0000000000000006e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1106  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.89 
 
 
730 aa  147  5e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.148996 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>