More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0050 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  62.22 
 
 		 645 aa  832    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  61.02 
 
 		 677 aa  714    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  62.66 
 
 		 690 aa  762    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  100 
 
 		 696 aa  1395    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  62.64 
 
 		 653 aa  805    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  62.93 
 
 		 645 aa  820    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  61.45 
 
 		 642 aa  820    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  52.86 
 
 		 671 aa  621  1e-176  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  51.33 
 
 		 668 aa  601  1e-170  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  63.14 
 
 		 614 aa  484  1e-135  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  38.4 
 
 		 565 aa  259  8e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  41.78 
 
 		 461 aa  250  6e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  33.43 
 
 		 516 aa  231  3e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  31.35 
 
 		 516 aa  225  2e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  37.81 
 
 		 451 aa  213  7.999999999999999e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  31.95 
 
 		 508 aa  201  3e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  30.22 
 
 		 518 aa  188  3e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  30.22 
 
 		 518 aa  187  4e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  36.3 
 
 		 460 aa  187  8e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  30 
 
 		 518 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  30 
 
 		 518 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  30.45 
 
 		 518 aa  185  3e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 559 aa  184  4.0000000000000006e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  29.49 
 
 		 518 aa  182  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  29.49 
 
 		 518 aa  182  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  37.63 
 
 		 518 aa  182  2e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  30.09 
 
 		 518 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  31.2 
 
 		 518 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  34.77 
 
 		 518 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  32.43 
 
 		 518 aa  181  4.999999999999999e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  32.07 
 
 		 518 aa  180  7e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  29.27 
 
 		 518 aa  180  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  28.22 
 
 		 514 aa  177  5e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1291  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 518 aa  177  7e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  39.75 
 
 		 530 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01191  hypothetical protein  31.31 
 
 		 521 aa  165  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3536  GGDEF domain-containing protein  29.01 
 
 		 536 aa  164  7e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0696  hypothetical protein  41.05 
 
 		 520 aa  162  2e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.207234  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  48.75 
 
 		 474 aa  154  4e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.88 
 
 		 730 aa  154  8e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  45.21 
 
 		 498 aa  152  1e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 459 aa  152  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0422  GGDEF family protein  32.25 
 
 		 524 aa  150  8e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.305739  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004246  GGDEF domain family protein  31.42 
 
 		 518 aa  149  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  50.63 
 
 		 403 aa  150  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  40.38 
 
 		 306 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  42.56 
 
 		 308 aa  147  5e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.15 
 
 		 454 aa  147  5e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 		 1078 aa  147  6e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  39.91 
 
 		 307 aa  147  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  46.88 
 
 		 227 aa  147  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  47.62 
 
 		 342 aa  146  1e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 314 aa  145  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 464 aa  145  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.51 
 
 		 302 aa  145  2e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  37.32 
 
 		 349 aa  145  3e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 304 aa  145  3e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  34.45 
 
 		 521 aa  144  4e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  47.73 
 
 		 457 aa  144  5e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  44.44 
 
 		 455 aa  144  8e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  46.39 
 
 		 308 aa  143  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  46.91 
 
 		 721 aa  143  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  39.36 
 
 		 355 aa  143  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0219  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 303 aa  143  9.999999999999999e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.71 
 
 		 797 aa  143  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  46.78 
 
 		 457 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 354 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.24 
 
 		 794 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  33.45 
 
 		 353 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 471 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  47.02 
 
 		 382 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 352 aa  142  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 354 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  39.91 
 
 		 625 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 381 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1847  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 470 aa  142  3e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  39.91 
 
 		 625 aa  142  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 342 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  45.34 
 
 		 638 aa  141  3.9999999999999997e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 312 aa  141  3.9999999999999997e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 342 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 398 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.87 
 
 		 325 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  39.69 
 
 		 312 aa  140  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  39.45 
 
 		 625 aa  140  7e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 342 aa  140  7e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  43.03 
 
 		 323 aa  140  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 507 aa  140  7.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  47.16 
 
 		 457 aa  140  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 681 aa  140  8.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 342 aa  140  1e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5712  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 316 aa  140  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.54195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  43.03 
 
 		 796 aa  139  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.69 
 
 		 312 aa  140  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0076  GGDEF domain-containing protein  35.93 
 
 		 524 aa  139  1e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.790276  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 476 aa  140  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  37.98 
 
 		 348 aa  140  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45 
 
 		 791 aa  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 599 aa  139  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.26 
 
 		 316 aa  139  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>