More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_4525 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  99.66 
 
 
295 aa  580  1.0000000000000001e-165  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  100 
 
 
295 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  89.83 
 
 
296 aa  535  1e-151  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  88.14 
 
 
296 aa  531  1e-150  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  86.1 
 
 
296 aa  504  9.999999999999999e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  84.41 
 
 
296 aa  501  1e-141  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  84.41 
 
 
296 aa  501  1e-141  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  84.41 
 
 
296 aa  501  1e-141  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  84.41 
 
 
296 aa  501  1e-141  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  84.41 
 
 
296 aa  501  1e-141  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  84.07 
 
 
296 aa  498  1e-140  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  83.73 
 
 
296 aa  498  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  83.73 
 
 
296 aa  498  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  83.73 
 
 
296 aa  498  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  83.73 
 
 
296 aa  497  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  83.73 
 
 
296 aa  498  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  84.3 
 
 
294 aa  496  1e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  84.3 
 
 
294 aa  496  1e-139  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  83.39 
 
 
296 aa  495  1e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  72.01 
 
 
292 aa  432  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  71.86 
 
 
294 aa  428  1e-119  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  71.33 
 
 
292 aa  428  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  69.28 
 
 
292 aa  406  1.0000000000000001e-112  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  66.21 
 
 
292 aa  399  9.999999999999999e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  61.64 
 
 
299 aa  371  1e-102  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  57.4 
 
 
307 aa  323  2e-87  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  55.6 
 
 
306 aa  313  1.9999999999999998e-84  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  55.35 
 
 
315 aa  302  4.0000000000000003e-81  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  57.52 
 
 
311 aa  301  1e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0564  monosaccharide-transporting ATPase  54.33 
 
 
307 aa  298  5e-80  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000302445  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  51.46 
 
 
301 aa  288  5.0000000000000004e-77  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0701  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  57.3 
 
 
308 aa  286  2.9999999999999996e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0583  monosaccharide-transporting ATPase  56.93 
 
 
307 aa  286  2.9999999999999996e-76  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0737  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  57.3 
 
 
308 aa  285  5e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.926456  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  51.69 
 
 
316 aa  285  7e-76  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4637  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  56.93 
 
 
308 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.146123  unclonable  4.40126e-26 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0798  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  56.93 
 
 
308 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000267941  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  52.03 
 
 
308 aa  281  1e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  52.42 
 
 
289 aa  277  2e-73  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  49.83 
 
 
295 aa  276  3e-73  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0636  ribose ABC transporter ribose-binding protein  57.3 
 
 
308 aa  272  5.000000000000001e-72  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0579  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  57.3 
 
 
308 aa  272  5.000000000000001e-72  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.196661  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0669  ribose ABC transporter ribose-binding protein  57.3 
 
 
308 aa  272  5.000000000000001e-72  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0726  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  57.3 
 
 
308 aa  272  5.000000000000001e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.9854199999999997e-37 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0580  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  56.93 
 
 
308 aa  271  1e-71  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  49.44 
 
 
311 aa  265  8e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  47.76 
 
 
315 aa  252  6e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  46.64 
 
 
321 aa  247  1e-64  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  45.04 
 
 
312 aa  234  2.0000000000000002e-60  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  45.72 
 
 
322 aa  230  3e-59  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1798  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  42.7 
 
 
324 aa  216  4e-55  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482327  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01070  monosaccharide-binding protein  47.37 
 
 
319 aa  209  6e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2124  Monosaccharide-transporting ATPase  38.75 
 
 
316 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2801  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.29 
 
 
310 aa  177  2e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.42 
 
 
320 aa  177  3e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22710  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  39.19 
 
 
308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0934818  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2682  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.72 
 
 
328 aa  161  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.776041 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3338  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.34 
 
 
312 aa  157  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.14 
 
 
330 aa  157  2e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4597  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.91 
 
 
328 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0491755 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4334  Monosaccharide-transporting ATPase  35.91 
 
 
327 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.731249 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3000  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.58 
 
 
312 aa  152  8e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.434934  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4554  D-allose transporter subunit  34.55 
 
 
313 aa  150  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03960  D-allose transporter subunit  34.45 
 
 
311 aa  150  3e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3903  Monosaccharide-transporting ATPase  34.45 
 
 
311 aa  150  3e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3938  D-allose transporter subunit  34.45 
 
 
311 aa  150  3e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03920  hypothetical protein  34.45 
 
 
311 aa  150  3e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1337  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.96 
 
 
312 aa  149  5e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4340  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  35.25 
 
 
339 aa  149  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0381  Monosaccharide-transporting ATPase  35.25 
 
 
339 aa  149  7e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3164  Monosaccharide-transporting ATPase  33.71 
 
 
310 aa  146  5e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3064  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.99 
 
 
318 aa  144  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00195714  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4740  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.04 
 
 
327 aa  144  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00130889 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2973  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  33.47 
 
 
309 aa  143  4e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3045  monosaccharide-transporting ATPase  33.33 
 
 
309 aa  143  4e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1874  ribose ABC transporter periplasmic ribose-binding protein  33.47 
 
 
309 aa  143  4e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00433268 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.14 
 
 
320 aa  142  5e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3087  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.97 
 
 
343 aa  142  5e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.154884  normal  0.401469 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  30.43 
 
 
312 aa  142  6e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.28 
 
 
318 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.186495  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2807  monosaccharide-transporting ATPase  33.69 
 
 
326 aa  138  8.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0344  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.44 
 
 
306 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3770  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.75 
 
 
313 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.741987  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3110  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.41 
 
 
294 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00370209  hitchhiker  0.000114297 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4654  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.68 
 
 
313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.995284  normal  0.589042 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2454  monosaccharide-transporting ATPase  34.48 
 
 
319 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1642  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.58 
 
 
333 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000807495  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2367  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  32.12 
 
 
319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.107926  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.59 
 
 
317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39350  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  33.55 
 
 
319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.743894 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4851  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.81 
 
 
295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.994176 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4759  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.92 
 
 
313 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125335  normal  0.644601 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0292  monosaccharide-transporting ATPase  34.48 
 
 
300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0882  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.82 
 
 
319 aa  132  5e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.577745  normal  0.335079 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4364  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.75 
 
 
371 aa  132  7.999999999999999e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0398536  normal  0.0596861 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3492  monosaccharide-transporting ATPase  33.22 
 
 
319 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.324039 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2475  monosaccharide-transporting ATPase  30.93 
 
 
321 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.498676  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0947  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.45 
 
 
319 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.103002  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0713  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.73 
 
 
333 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0832389  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2079  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.04 
 
 
330 aa  131  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.509497  normal  0.0138886 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>