More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_4254 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012880  Dd703_0192  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  82.21 
 
 
399 aa  717    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4254  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
399 aa  833    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.851358  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4063  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  96.99 
 
 
399 aa  816    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.546488  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0977  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.43 
 
 
399 aa  629  1e-179  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000913378  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0932  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  71.68 
 
 
399 aa  615  1e-175  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5328  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.75 
 
 
415 aa  395  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2214  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.75 
 
 
415 aa  384  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1541  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C- domain protein  43.45 
 
 
417 aa  365  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.315954  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0947  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.96 
 
 
417 aa  364  1e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0680792  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2267  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.01 
 
 
412 aa  348  1e-94  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.213701  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1377  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.63 
 
 
438 aa  343  2e-93  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.488669 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3948  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.61 
 
 
451 aa  343  2.9999999999999997e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1008  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.61 
 
 
450 aa  341  1e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.570237  normal  0.309423 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4410  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.64 
 
 
429 aa  321  1.9999999999999998e-86  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.164749  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0909  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.04 
 
 
433 aa  292  7e-78  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.598164  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07140  D-mannonate dehydratase  38.96 
 
 
402 aa  291  1e-77  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.537507  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3318  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.65 
 
 
411 aa  291  2e-77  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0708913 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0790  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.01 
 
 
409 aa  285  9e-76  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1270  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.31 
 
 
404 aa  285  1.0000000000000001e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.525682  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1932  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.57 
 
 
404 aa  283  4.0000000000000003e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0487555  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2407  mandelate racemase/muconate-lactonizing protein  37.25 
 
 
409 aa  283  5.000000000000001e-75  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.360808  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3278  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.3 
 
 
403 aa  282  6.000000000000001e-75  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1036  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.57 
 
 
404 aa  282  8.000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0802  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.57 
 
 
404 aa  282  9e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1619  starvation-sensing protein RspA  36.32 
 
 
404 aa  281  1e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000210785  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01410  D-mannonate dehydratase  37.29 
 
 
412 aa  281  1e-74  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1675  starvation sensing protein RspA  36.57 
 
 
404 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03730  D-mannonate dehydratase  36.89 
 
 
411 aa  280  4e-74  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.723045 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01550  predicted dehydratase  36.07 
 
 
404 aa  279  5e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2062  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.07 
 
 
404 aa  279  5e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0579559  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2049  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.07 
 
 
404 aa  279  5e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.362051  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1788  starvation-sensing protein RspA  36.07 
 
 
404 aa  279  5e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.533189  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1834  starvation sensing protein RspA  36.57 
 
 
404 aa  280  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.768737  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1654  starvation-sensing protein RspA  36.07 
 
 
404 aa  279  5e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0315691  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01540  hypothetical protein  36.07 
 
 
404 aa  279  5e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.531925  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1607  starvation sensing protein RspA  36.32 
 
 
404 aa  279  6e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2974  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  38.4 
 
 
403 aa  279  7e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0179307  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2635  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.07 
 
 
404 aa  279  8e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0759429  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1427  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.31 
 
 
403 aa  278  1e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.993388  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1667  starvation sensing protein RspA  36.32 
 
 
404 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4500  starvation sensing protein  35.57 
 
 
404 aa  278  1e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.244455  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1616  starvation sensing protein RspA  36.57 
 
 
404 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3563  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.82 
 
 
404 aa  278  2e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.851149  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1004  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.57 
 
 
403 aa  275  7e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.123594 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0504  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.78 
 
 
409 aa  275  1.0000000000000001e-72  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2983  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.65 
 
 
411 aa  275  1.0000000000000001e-72  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0331585  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4132  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.44 
 
 
407 aa  275  1.0000000000000001e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0168136  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4287  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.82 
 
 
405 aa  273  3e-72  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.723676 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1424  mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme  36.48 
 
 
402 aa  273  3e-72  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1364  starvation sensing protein  36.48 
 
 
402 aa  273  3e-72  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.185612  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5060  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.21 
 
 
402 aa  273  4.0000000000000004e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000550231  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1162  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.22 
 
 
404 aa  273  5.000000000000001e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.233578  normal  0.767056 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0048  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.56 
 
 
405 aa  273  5.000000000000001e-72  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.396103  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0037  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.32 
 
 
403 aa  272  6e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4403  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.52 
 
 
406 aa  271  1e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.73485  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1835  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.22 
 
 
403 aa  268  2e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0553665 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4722  Galactonate dehydratase  37.41 
 
 
402 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.44454  normal  0.932737 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1889  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.66 
 
 
402 aa  265  8.999999999999999e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0204033  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2883  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.86 
 
 
403 aa  265  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0617503  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02420  D-mannonate dehydratase  36.72 
 
 
402 aa  264  2e-69  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.296933  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2277  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.41 
 
 
402 aa  264  2e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.612864  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1693  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.15 
 
 
402 aa  264  2e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.721451  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0510  starvation sensing protein RspA  37.06 
 
 
402 aa  261  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.631035  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2128  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.97 
 
 
402 aa  261  1e-68  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2096  starvation sensing protein RspA  37.06 
 
 
402 aa  261  1e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2001  starvation sensing protein RspA  37.06 
 
 
402 aa  261  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1064  galactokinase  35.91 
 
 
402 aa  261  2e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.32364  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3978  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  36.72 
 
 
403 aa  260  3e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.610383  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0291  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  36.48 
 
 
423 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0398096  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03854  starvation sensing protein  36.41 
 
 
419 aa  258  9e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5132  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.72 
 
 
402 aa  258  1e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0766  starvation sensing protein RspA  36.57 
 
 
402 aa  256  4e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0583  starvation sensing protein RspA  36.57 
 
 
402 aa  256  4e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0980874  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0694  starvation sensing protein RspA  36.57 
 
 
402 aa  256  4e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.58786  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1648  starvation sensing protein RspA  36.57 
 
 
402 aa  256  4e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4599  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.12 
 
 
402 aa  255  9e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.316488  normal  0.738385 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3561  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.08 
 
 
431 aa  255  1.0000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3675  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.41 
 
 
402 aa  241  2e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468042  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0586  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.38 
 
 
382 aa  176  8e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00367627 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.47 
 
 
384 aa  172  1e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  29.37 
 
 
384 aa  170  3e-41  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4219  galactonate dehydratase  29.47 
 
 
382 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4161  galactonate dehydratase  29.47 
 
 
382 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4112  galactonate dehydratase  29.47 
 
 
382 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.205397  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.91 
 
 
388 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0011  galactonate dehydratase  29.7 
 
 
382 aa  166  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03575  galactonate dehydratase  29.7 
 
 
382 aa  166  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.923731  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.7 
 
 
382 aa  166  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0044  galactonate dehydratase  28.57 
 
 
382 aa  165  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.360565 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03519  hypothetical protein  29.7 
 
 
382 aa  166  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.84784  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4057  galactonate dehydratase  29.7 
 
 
382 aa  166  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4201  galactonate dehydratase  29.7 
 
 
382 aa  166  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3904  galactonate dehydratase  29.7 
 
 
382 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1095  galactonate dehydratase  29.7 
 
 
382 aa  165  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0433  galactonate dehydratase  28.64 
 
 
382 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.34187  normal  0.994334 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0025  galactonate dehydratase  28.69 
 
 
382 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.192366  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0009  galactonate dehydratase  29.83 
 
 
382 aa  163  5.0000000000000005e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4537  galactonate dehydratase  30.24 
 
 
385 aa  162  9e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3949  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.38 
 
 
388 aa  162  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.841858  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2580  galactonate dehydratase  30.7 
 
 
382 aa  161  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>