107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_4239 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_4239  transcriptional activator RfaH  100 
 
 
162 aa  337  4e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  93.21 
 
 
162 aa  317  5e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  80.25 
 
 
162 aa  272  2.0000000000000002e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  78.26 
 
 
162 aa  271  3e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  75.78 
 
 
162 aa  265  2.9999999999999995e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.108005 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  71.43 
 
 
162 aa  252  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  71.43 
 
 
162 aa  252  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  71.43 
 
 
162 aa  252  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  71.43 
 
 
162 aa  252  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  71.43 
 
 
162 aa  252  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  71.43 
 
 
162 aa  252  1.0000000000000001e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  71.43 
 
 
162 aa  252  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  71.43 
 
 
162 aa  252  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  70.81 
 
 
162 aa  251  3e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0279  transcriptional activator RfaH  70.19 
 
 
162 aa  247  6e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3937  transcriptional activator RfaH  70.19 
 
 
161 aa  247  6e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  69.57 
 
 
162 aa  245  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  69.57 
 
 
162 aa  245  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  69.57 
 
 
162 aa  245  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  69.57 
 
 
162 aa  245  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1908  transcriptional activator RfaH  69.57 
 
 
162 aa  244  4e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00305393 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  68.94 
 
 
162 aa  243  6e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  70.99 
 
 
163 aa  234  4e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  46.06 
 
 
166 aa  148  4e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  46.67 
 
 
166 aa  147  6e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  48.47 
 
 
165 aa  143  8.000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  44.85 
 
 
165 aa  142  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  39.88 
 
 
169 aa  115  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  34.57 
 
 
174 aa  103  9e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  38.41 
 
 
166 aa  101  5e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  36.6 
 
 
177 aa  100  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  33.74 
 
 
182 aa  99.4  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  36.36 
 
 
170 aa  96.3  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  37.33 
 
 
170 aa  96.3  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  33.55 
 
 
166 aa  95.1  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1394  transcriptional acivator RfaH  34.55 
 
 
173 aa  94  8e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0133861  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  36.54 
 
 
168 aa  93.6  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0058  transcriptional activator  50.5 
 
 
159 aa  93.2  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  34.46 
 
 
178 aa  92.4  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  34.64 
 
 
168 aa  92  3e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  34.64 
 
 
168 aa  92  3e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  34.64 
 
 
168 aa  92  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  35.37 
 
 
167 aa  91.3  5e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  35.37 
 
 
167 aa  90.5  8e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  32.35 
 
 
179 aa  90.1  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  32.24 
 
 
166 aa  89  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  32.24 
 
 
166 aa  89  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  32.73 
 
 
179 aa  89.4  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  35.71 
 
 
170 aa  89  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  32.24 
 
 
166 aa  89  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  33.96 
 
 
167 aa  85.9  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  30.06 
 
 
175 aa  85.5  3e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  30.92 
 
 
168 aa  85.5  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15910  transcriptional activator RfaH  32.26 
 
 
153 aa  80.1  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  28.4 
 
 
175 aa  75.1  0.0000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  31.68 
 
 
174 aa  74.7  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  29.53 
 
 
173 aa  64.7  0.0000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  25.64 
 
 
184 aa  57.8  0.00000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  24.07 
 
 
174 aa  55.8  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4020  NusG antitermination factor  26.88 
 
 
189 aa  51.2  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.579663  normal  0.523412 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0040  hypothetical protein  40 
 
 
177 aa  50.8  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  25.97 
 
 
196 aa  48.9  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0046  hypothetical protein  38.82 
 
 
177 aa  48.5  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.152714  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  23.75 
 
 
184 aa  48.1  0.00005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  25.15 
 
 
168 aa  48.1  0.00005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3398  NusG antitermination factor  25.81 
 
 
174 aa  48.1  0.00005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5198  NusG antitermination factor  25.38 
 
 
170 aa  48.1  0.00005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.296838 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1375  NusG antitermination factor  26.74 
 
 
176 aa  47.8  0.00007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000078055  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0355  transcription antiterminator  24.42 
 
 
183 aa  46.6  0.0001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000436573 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2594  transcription antitermination protein nusG  23.72 
 
 
180 aa  46.6  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000665583  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  22.08 
 
 
170 aa  46.2  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  22.84 
 
 
182 aa  46.6  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0357  NusG antitermination factor  26.87 
 
 
154 aa  45.8  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  25.6 
 
 
194 aa  45.8  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6306  NusG antitermination factor  25.35 
 
 
160 aa  46.2  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.343168 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2803  NusG antitermination factor  30.53 
 
 
207 aa  45.4  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0697  NusG antitermination factor  26.58 
 
 
176 aa  45.8  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00804947  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1511  NusG antitermination factor  24.69 
 
 
172 aa  44.7  0.0005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2473  transcription antitermination protein nusG  24.86 
 
 
175 aa  44.7  0.0006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147395  decreased coverage  0.00105272 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  24.4 
 
 
194 aa  44.3  0.0007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0307  NusG antitermination factor  24.66 
 
 
172 aa  44.3  0.0008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000155754  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  22.08 
 
 
197 aa  43.5  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0121  NusG antitermination factor  25 
 
 
188 aa  43.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.978934  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2276  NusG antitermination factor  23.03 
 
 
179 aa  43.9  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2364  NusG antitermination factor  23.03 
 
 
179 aa  43.9  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0318836  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2360  NusG antitermination factor  26.45 
 
 
185 aa  43.9  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00889306  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1587  transcription antitermination protein nusG  23.6 
 
 
179 aa  43.1  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3938  transcription termination/antitermination factor NusG  25.15 
 
 
242 aa  43.1  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4330  NusG antitermination factor  24.55 
 
 
242 aa  42.7  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1824  NusG antitermination factor  22.36 
 
 
201 aa  42.7  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5306  NusG antitermination factor  30.16 
 
 
174 aa  43.1  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.955236  normal  0.0968328 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2719  transcription antitermination protein nusG  23.97 
 
 
177 aa  42.4  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00403072  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3694  NusG antitermination factor  20.74 
 
 
172 aa  42  0.003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000043421  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0965  NusG antitermination factor  24.14 
 
 
169 aa  42.4  0.003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1930  NusG antitermination factor  22.67 
 
 
175 aa  41.6  0.004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000062864  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2660  NusG antitermination factor  32.03 
 
 
161 aa  41.2  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.192124  normal  0.041125 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2406  transcription antitermination protein NusG  27.45 
 
 
185 aa  41.6  0.005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00337578  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2226  NusG antitermination factor  22.47 
 
 
179 aa  41.2  0.006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0470266 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1068  Transcription antiterminator-like protein  22.67 
 
 
266 aa  41.2  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.740991 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0405  NusG antitermination factor  26.39 
 
 
175 aa  41.2  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000272103  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>