33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_4060 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_4060    100 
 
 
721 bp  1429    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000286795  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  97.13 
 
 
522 bp  916    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0260  Shikimate kinase  88.58 
 
 
570 bp  597  1e-168  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0179047  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  87.31 
 
 
522 bp  507  1e-141  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0338  Shikimate kinase  86.47 
 
 
570 bp  502  1e-140  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  86.15 
 
 
522 bp  460  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  86.15 
 
 
522 bp  460  1e-127  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  85.96 
 
 
522 bp  452  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  85.33 
 
 
678 bp  450  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  85.33 
 
 
678 bp  450  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  84.97 
 
 
678 bp  434  1e-119  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  85.25 
 
 
522 bp  424  1e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  85.25 
 
 
522 bp  424  1e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  85.06 
 
 
522 bp  416  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  85.06 
 
 
522 bp  416  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  85.06 
 
 
522 bp  416  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  84.87 
 
 
522 bp  408  1.0000000000000001e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  84.04 
 
 
522 bp  373  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  83.72 
 
 
522 bp  361  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  83.72 
 
 
522 bp  361  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  83.72 
 
 
522 bp  361  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  83.72 
 
 
522 bp  361  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  83.52 
 
 
522 bp  353  4e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0024  shikimate kinase I  85.47 
 
 
522 bp  149  1e-33  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  82.69 
 
 
525 bp  63.9  0.00000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  85.33 
 
 
516 bp  61.9  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  85.29 
 
 
516 bp  56  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  82.61 
 
 
516 bp  56  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  83.33 
 
 
516 bp  56  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  94.29 
 
 
516 bp  54  0.00006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  85.48 
 
 
516 bp  52  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  83.82 
 
 
516 bp  48.1  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  83.82 
 
 
516 bp  48.1  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>