More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_4000 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_4000  50S ribosomal protein L4  100 
 
 
201 aa  407  1e-113  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000185721  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3821  50S ribosomal protein L4  99 
 
 
201 aa  402  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000757079  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03170  50S ribosomal protein L4  96.52 
 
 
201 aa  394  1e-109  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000977912  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0394  ribosomal protein L4/L1e  96.52 
 
 
201 aa  394  1e-109  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000162947  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3635  50S ribosomal protein L4  96.52 
 
 
201 aa  394  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871014  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3743  50S ribosomal protein L4  96.52 
 
 
201 aa  394  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.521499  normal  0.0176443 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3614  50S ribosomal protein L4  96.52 
 
 
201 aa  394  1e-109  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000161283  hitchhiker  0.00352553 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0406  50S ribosomal protein L4  97.01 
 
 
201 aa  395  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00340494  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0324  50S ribosomal protein L4  97.01 
 
 
201 aa  395  1e-109  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000187067  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3513  50S ribosomal protein L4  96.52 
 
 
201 aa  394  1e-109  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109628  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3704  50S ribosomal protein L4  96.52 
 
 
201 aa  394  1e-109  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112699  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03121  hypothetical protein  96.52 
 
 
201 aa  394  1e-109  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000877437  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3802  50S ribosomal protein L4  96.52 
 
 
201 aa  394  1e-109  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000166287  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3635  50S ribosomal protein L4  96.52 
 
 
201 aa  394  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00226471  normal  0.236826 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0394  50S ribosomal protein L4  96.52 
 
 
201 aa  394  1e-109  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000249214  hitchhiker  0.00337068 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4543  50S ribosomal protein L4  96.52 
 
 
201 aa  396  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000261898  hitchhiker  0.00202926 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3708  50S ribosomal protein L4  96.52 
 
 
201 aa  394  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00180602  normal  0.838559 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3806  50S ribosomal protein L4  96.52 
 
 
201 aa  394  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000172532  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3750  50S ribosomal protein L4  97.01 
 
 
201 aa  396  1e-109  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000124791  hitchhiker  0.00429034 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4642  50S ribosomal protein L4  96.52 
 
 
201 aa  394  1e-109  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0120541  normal  0.0370586 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0585  50S ribosomal protein L4  94.53 
 
 
201 aa  389  1e-107  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000000207865  normal  0.110437 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0284  50S ribosomal protein L4  94.53 
 
 
201 aa  389  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000222015  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3914  50S ribosomal protein L4  94.53 
 
 
201 aa  389  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  8.05295e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0232  50S ribosomal protein L4  87.06 
 
 
201 aa  359  2e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0200  50S ribosomal protein L4  87.06 
 
 
201 aa  358  2e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000425276  unclonable  0.0000000000211023 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0195  50S ribosomal protein L4  87.06 
 
 
201 aa  358  2e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00202265  decreased coverage  0.000317476 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0200  50S ribosomal protein L4  87.06 
 
 
201 aa  359  2e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000634413  hitchhiker  0.00000000166621 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0159  50S ribosomal protein L4  86.57 
 
 
201 aa  358  3e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000107057  decreased coverage  0.0000448668 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4316  50S ribosomal protein L4  87.06 
 
 
201 aa  357  5e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000585754  unclonable  0.0000000000669948 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3758  50S ribosomal protein L4  86.57 
 
 
201 aa  357  7e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000815073  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0197  50S ribosomal protein L4  86.57 
 
 
201 aa  357  7e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000174855  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4169  50S ribosomal protein L4  86.57 
 
 
201 aa  357  7e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000170676  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4055  50S ribosomal protein L4  86.57 
 
 
201 aa  357  7e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000789198  unclonable  0.00000000000665609 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0171  50S ribosomal protein L4  86.57 
 
 
201 aa  357  7e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000251  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0201  50S ribosomal protein L4  86.57 
 
 
201 aa  357  7e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000483773  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4689  50S ribosomal protein L4  86.57 
 
 
201 aa  356  9.999999999999999e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000512006  unclonable  0.0000000221603 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0149  50S ribosomal protein L4  86.07 
 
 
201 aa  355  1.9999999999999998e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000510494  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0185  50S ribosomal protein L4  85.57 
 
 
201 aa  354  5.999999999999999e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000178875  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2173  50S ribosomal protein L4  84.58 
 
 
200 aa  350  7e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000174601  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0060  50S ribosomal protein L4  84.58 
 
 
200 aa  349  1e-95  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000107913  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0321  50S ribosomal protein L4  84.08 
 
 
200 aa  346  1e-94  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0789186  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0214  50S ribosomal protein L4  83.58 
 
 
201 aa  346  1e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000322212  unclonable  0.00000755245 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3523  50S ribosomal protein L4  84.5 
 
 
201 aa  345  2e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.0000000876425  hitchhiker  0.00000726358 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001741  LSU ribosomal protein L4p (L1e)  83.58 
 
 
200 aa  345  3e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000116803  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00731  50S ribosomal protein L4  82.59 
 
 
200 aa  340  9e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0470  50S ribosomal protein L4  80.6 
 
 
201 aa  335  1.9999999999999998e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000163865  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0872  50S ribosomal protein L4  78.11 
 
 
201 aa  332  3e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.299152  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00446  50S ribosomal protein L4  79.1 
 
 
201 aa  326  1.0000000000000001e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000113118  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4275  50S ribosomal protein L4  67.16 
 
 
201 aa  291  3e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000159231  unclonable  0.00000000000448849 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0485  50S ribosomal protein L4  66.67 
 
 
200 aa  282  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00632251  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0455  50S ribosomal protein L4  66.67 
 
 
200 aa  282  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.035261  unclonable  0.000000191468 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0488  50S ribosomal protein L4  66.67 
 
 
200 aa  282  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000114619  normal  0.070368 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4748  50S ribosomal protein L4  66.67 
 
 
200 aa  282  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000074471  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0627  ribosomal protein L4  66.17 
 
 
200 aa  279  2e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000698865  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4547  50S ribosomal protein L4  66.17 
 
 
200 aa  279  2e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0714588  normal  0.0640617 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5078  50S ribosomal protein L4  65.67 
 
 
200 aa  279  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000647229  normal  0.290105 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0961  50S ribosomal protein L4  66.01 
 
 
204 aa  279  2e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000392469  hitchhiker  0.00000164794 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0838  50S ribosomal protein L4  66.67 
 
 
200 aa  277  9e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33315  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08860  50S ribosomal protein L4  66.67 
 
 
200 aa  277  9e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00776029  normal  0.0237616 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0485  50S ribosomal protein L4  68.75 
 
 
200 aa  276  1e-73  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000238586  normal  0.0299035 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0427  50S ribosomal protein L4  68.75 
 
 
200 aa  276  1e-73  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000154423  decreased coverage  0.00000614317 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0490  50S ribosomal protein L4  68.23 
 
 
200 aa  276  2e-73  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109229  normal  0.0102301 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06260  50S ribosomal protein L4  64.18 
 
 
200 aa  274  6e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00260309  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0329  ribosomal protein L4  68 
 
 
201 aa  273  1.0000000000000001e-72  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3908  50S ribosomal protein L4  63.18 
 
 
200 aa  269  2e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0610127  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0720  50S ribosomal protein L4  60.7 
 
 
201 aa  269  2e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000427281  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0422  50S ribosomal protein L4  65.35 
 
 
202 aa  260  1e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00655238  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0459  50S ribosomal protein L4  60.98 
 
 
205 aa  259  2e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2323  ribosomal protein L4/L1e  58.71 
 
 
201 aa  249  2e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00000658885  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1853  50S ribosomal protein L4  58.16 
 
 
206 aa  241  6e-63  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000203721  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0857  50S ribosomal protein L4  58.05 
 
 
205 aa  241  6e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0296  ribosomal protein L4/L1e  57.21 
 
 
206 aa  238  2.9999999999999997e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000410441  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0338  50S ribosomal protein L4  57.65 
 
 
205 aa  239  2.9999999999999997e-62  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000059568  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0768  50S ribosomal protein L4  56.31 
 
 
206 aa  234  6e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.294909  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3337  50S ribosomal protein L4  57.64 
 
 
206 aa  234  7e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000000330441  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0320  50S ribosomal protein L4  57.56 
 
 
207 aa  231  6e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.18695e-20  hitchhiker  0.00000667461 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0280  50S ribosomal protein L4P  57.21 
 
 
208 aa  228  5e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000000153249  hitchhiker  0.00000173013 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2839  50S ribosomal protein L4  54.85 
 
 
206 aa  228  6e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.0000000169968  normal  0.198819 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3018  50S ribosomal protein L4  55.17 
 
 
206 aa  227  7e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000207388  decreased coverage  0.000710925 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0395  50S ribosomal protein L4  52.5 
 
 
201 aa  227  8e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0406  50S ribosomal protein L4  57.29 
 
 
205 aa  227  9e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000000159199  normal  0.149553 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0370  50S ribosomal protein L4  52.5 
 
 
201 aa  227  1e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3448  50S ribosomal protein L4  55.88 
 
 
206 aa  227  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.00000000000741082  normal  0.0132127 
 
 
 
NC_008836  BMA10229_A1925  50S ribosomal protein L4  55.83 
 
 
206 aa  226  2e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00000000966469  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3745  50S ribosomal protein L4  55.83 
 
 
206 aa  226  2e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000453819  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2949  50S ribosomal protein L4  57.29 
 
 
206 aa  226  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.0000339858  decreased coverage  0.000000135415 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2631  50S ribosomal protein L4  55.83 
 
 
206 aa  226  2e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0000000957923  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0250  50S ribosomal protein L4  55.88 
 
 
206 aa  226  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140106  normal  0.147058 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3775  50S ribosomal protein L4  55.83 
 
 
206 aa  226  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00000000798525  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3442  50S ribosomal protein L4  56.31 
 
 
206 aa  226  2e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000201119  normal  0.358981 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0277  50S ribosomal protein L4  55.88 
 
 
206 aa  226  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000000696788  normal  0.0754371 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3643  50S ribosomal protein L4  54.37 
 
 
206 aa  226  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.00000000153267  hitchhiker  0.0000000000211598 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3067  50S ribosomal protein L4  55.83 
 
 
206 aa  226  2e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000000687824  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0315  50S ribosomal protein L4  54.37 
 
 
206 aa  226  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000412641  hitchhiker  0.00861601 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2758  50S ribosomal protein L4  55.88 
 
 
206 aa  226  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00000017353  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3168  50S ribosomal protein L4  55.83 
 
 
206 aa  226  2e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000473803  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0268  50S ribosomal protein L4  55.88 
 
 
206 aa  226  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000119907  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3296  50S ribosomal protein L4  57.29 
 
 
206 aa  226  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  unclonable  0.00000000157529  hitchhiker  0.0000757839 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3803  50S ribosomal protein L4  55.83 
 
 
206 aa  226  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00357081  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0349  50S ribosomal protein L4  55.88 
 
 
206 aa  226  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000688148  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>