More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_3313 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_3313  shikimate kinase II  100 
 
 		 173 aa  357  4e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0997  shikimate kinase II  95.38 
 
 		 173 aa  342  2e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.287041  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2922  shikimate kinase II  68.21 
 
 		 173 aa  247  6e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3113  shikimate kinase II  69.94 
 
 		 173 aa  244  6e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.907983  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1018  shikimate kinase II  68.05 
 
 		 174 aa  238  2.9999999999999997e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.891294 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3282  shikimate kinase II  65.48 
 
 		 174 aa  235  3e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3143  shikimate kinase II  65.48 
 
 		 174 aa  235  3e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.770724  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3293  shikimate kinase II  65.48 
 
 		 174 aa  234  7e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.431512  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2174  shikimate kinase II  63.37 
 
 		 172 aa  222  2e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2361  shikimate kinase II  61.63 
 
 		 175 aa  220  9e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.314592  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0859  shikimate kinase II  54.34 
 
 		 174 aa  203  1e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.386804 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0486  shikimate kinase II  52.05 
 
 		 181 aa  199  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0431  shikimate kinase II  52.05 
 
 		 181 aa  199  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.969771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0444  shikimate kinase II  52.05 
 
 		 181 aa  198  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.647174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0425  shikimate kinase II  51.46 
 
 		 181 aa  197  7.999999999999999e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0426  shikimate kinase II  50.88 
 
 		 181 aa  195  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.992434  normal  0.531253 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00335  shikimate kinase II  51.19 
 
 		 174 aa  191  3e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0462  shikimate kinase II  51.19 
 
 		 174 aa  191  3e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3220  Shikimate kinase  51.19 
 
 		 174 aa  191  3e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3244  shikimate kinase II  51.19 
 
 		 174 aa  191  3e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0812303 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0415  shikimate kinase II  51.19 
 
 		 174 aa  191  3e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0456  shikimate kinase II  51.19 
 
 		 174 aa  191  3e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00339  hypothetical protein  51.19 
 
 		 174 aa  191  3e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0418  shikimate kinase II  51.19 
 
 		 174 aa  191  3e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0305  shikimate kinase II  51.19 
 
 		 174 aa  191  4e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1776  shikimate kinase II  52.98 
 
 		 170 aa  187  7e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.769228  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2181  Shikimate kinase  52.38 
 
 		 202 aa  162  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.296368  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1410  Shikimate kinase  51.9 
 
 		 177 aa  159  2e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1381  Shikimate kinase  45.73 
 
 		 188 aa  155  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2728  shikimate kinase II  47.88 
 
 		 180 aa  149  2e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255147  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  41.61 
 
 		 175 aa  139  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1388  Shikimate kinase  40.83 
 
 		 229 aa  124  5e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00592582  normal  0.782338 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1377  Shikimate kinase  40 
 
 		 201 aa  122  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.149071  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  42.26 
 
 		 190 aa  117  7e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  37.87 
 
 		 172 aa  117  7e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  38.69 
 
 		 186 aa  115  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  38.6 
 
 		 186 aa  115  3e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  39.41 
 
 		 173 aa  111  5e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  37.06 
 
 		 179 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  39.47 
 
 		 172 aa  108  5e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  36.16 
 
 		 179 aa  107  8.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  36.97 
 
 		 539 aa  106  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  36.47 
 
 		 180 aa  106  2e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  36.31 
 
 		 181 aa  105  3e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  35.71 
 
 		 184 aa  105  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  34.34 
 
 		 187 aa  103  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  34.34 
 
 		 187 aa  103  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  36.31 
 
 		 190 aa  102  2e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  34.12 
 
 		 170 aa  102  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  36.14 
 
 		 181 aa  102  2e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  33.53 
 
 		 170 aa  101  4e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  34.71 
 
 		 182 aa  101  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  33.73 
 
 		 172 aa  100  8e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  34.57 
 
 		 165 aa  100  9e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  34.57 
 
 		 165 aa  99.8  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  34.57 
 
 		 165 aa  99.8  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  31.93 
 
 		 454 aa  99.8  2e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  36.42 
 
 		 177 aa  99.4  2e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  35.63 
 
 		 184 aa  99.8  2e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  36.14 
 
 		 172 aa  99.8  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  38.82 
 
 		 176 aa  99.4  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  37.04 
 
 		 190 aa  98.6  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  33.33 
 
 		 167 aa  99.4  3e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  37.42 
 
 		 195 aa  98.6  4e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  34.57 
 
 		 165 aa  98.2  5e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  34.57 
 
 		 165 aa  98.2  5e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1593  shikimate kinase  36.49 
 
 		 186 aa  97.4  8e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  34.18 
 
 		 172 aa  97.4  8e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  33.95 
 
 		 165 aa  97.4  9e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  36.47 
 
 		 174 aa  97.1  1e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  35.5 
 
 		 174 aa  96.7  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  32.53 
 
 		 172 aa  97.1  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0768  Shikimate kinase  40.8 
 
 		 177 aa  97.1  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.694283 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  34.66 
 
 		 192 aa  97.1  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  33.33 
 
 		 170 aa  96.3  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  36.81 
 
 		 183 aa  96.3  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0089  shikimate kinase  36.13 
 
 		 161 aa  96.3  2e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.506122  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0792  Shikimate kinase  32.72 
 
 		 180 aa  96.3  2e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.5919e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  36.18 
 
 		 199 aa  95.5  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_10503  predicted protein  35.1 
 
 		 170 aa  95.5  3e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  32.94 
 
 		 169 aa  95.9  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  35.47 
 
 		 170 aa  95.9  3e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  34.71 
 
 		 180 aa  95.9  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  35 
 
 		 172 aa  95.1  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  34.39 
 
 		 163 aa  95.1  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  33.33 
 
 		 182 aa  95.1  4e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  36.18 
 
 		 209 aa  94.7  5e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  33.55 
 
 		 190 aa  95.1  5e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  36.18 
 
 		 177 aa  94.7  6e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  36.18 
 
 		 177 aa  94.7  6e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  35.19 
 
 		 192 aa  94.7  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  36.18 
 
 		 184 aa  94.7  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  36.18 
 
 		 177 aa  94.7  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  36.18 
 
 		 177 aa  94.7  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  36.18 
 
 		 177 aa  94.7  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  34.15 
 
 		 184 aa  94.4  7e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  35.03 
 
 		 163 aa  94.4  7e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  34.21 
 
 		 462 aa  94.4  7e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  36.84 
 
 		 183 aa  94.4  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  35.48 
 
 		 165 aa  94.4  8e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>