More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_3233 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_1078  recombination protein RecR  99.5 
 
 
201 aa  410  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00501486  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3233  recombination protein RecR  100 
 
 
201 aa  412  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00290146  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1021  recombination protein RecR  92.04 
 
 
201 aa  383  1e-105  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.541462  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3037  recombination protein RecR  92.04 
 
 
201 aa  383  1e-105  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1137  recombination protein RecR  89.05 
 
 
201 aa  376  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.1524  unclonable  0.0000000160552 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00423  recombination protein RecR  88.56 
 
 
201 aa  367  1e-101  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0108888  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3138  recombination protein RecR  88.56 
 
 
201 aa  367  1e-101  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00115483  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3144  recombination protein RecR  88.56 
 
 
201 aa  367  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000102552  normal  0.0467861 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0404  recombination protein RecR  88.56 
 
 
201 aa  367  1e-101  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00880245  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0563  recombination protein RecR  88.56 
 
 
201 aa  367  1e-101  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0205035  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0515  recombination protein RecR  88.56 
 
 
201 aa  367  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0104504  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0549  recombination protein RecR  88.56 
 
 
201 aa  367  1e-101  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0169902  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0510  recombination protein RecR  88.56 
 
 
201 aa  367  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00333921  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3057  recombination protein RecR  86.57 
 
 
201 aa  365  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0547  recombination protein RecR  88.06 
 
 
201 aa  364  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0531  recombination protein RecR  88.06 
 
 
201 aa  364  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0531  recombination protein RecR  88.06 
 
 
201 aa  364  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.907674  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2891  recombination protein RecR  86.57 
 
 
201 aa  365  1e-100  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.860554  normal  0.0804911 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0591  recombination protein RecR  88.06 
 
 
201 aa  364  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0952  recombination protein RecR  87.56 
 
 
201 aa  366  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.051321  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0537  recombination protein RecR  88.06 
 
 
201 aa  364  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.152096  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3196  recombination protein RecR  85.86 
 
 
191 aa  347  9e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.49485  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0574  recombination protein RecR  77.89 
 
 
200 aa  322  2e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000410882  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1087  recombination protein RecR  77.39 
 
 
200 aa  321  4e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1308  recombination protein RecR  75.12 
 
 
201 aa  318  3.9999999999999996e-86  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000265038  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03085  recombination protein RecR  76.8 
 
 
194 aa  315  4e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3690  recombination protein RecR  63.18 
 
 
201 aa  279  3e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2233  recombination protein RecR  64.82 
 
 
199 aa  276  2e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000324315  hitchhiker  0.000184375 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2272  recombination protein RecR  63.82 
 
 
199 aa  275  4e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002887  recombination protein RecR  75.88 
 
 
172 aa  272  2.0000000000000002e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.86627  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1537  recombination protein RecR  64.32 
 
 
199 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0998333  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1525  recombination protein RecR  62.81 
 
 
199 aa  270  8.000000000000001e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.3253  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2300  recombination protein RecR  62.31 
 
 
199 aa  270  1e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000000570864  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2572  recombination protein RecR  62.31 
 
 
199 aa  269  2e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000111404  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2444  recombination protein RecR  62.81 
 
 
199 aa  269  2e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000238207  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2688  recombination protein RecR  62.31 
 
 
199 aa  269  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000959459  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2613  recombination protein RecR  62.31 
 
 
199 aa  269  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000932221  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1771  recombination protein RecR  62.31 
 
 
199 aa  269  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000264965  hitchhiker  0.0019577 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2252  recombination protein RecR  62.31 
 
 
199 aa  268  2.9999999999999997e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000811634  normal  0.192346 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2324  recombination protein RecR  62.31 
 
 
199 aa  268  2.9999999999999997e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000382966  hitchhiker  0.000472846 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2015  recombination protein RecR  62.31 
 
 
199 aa  268  5e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1312  recombination protein RecR  64.32 
 
 
199 aa  266  1e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000599572  normal  0.10008 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2895  recombination protein RecR  60.91 
 
 
200 aa  265  4e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134697  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1427  recombination protein RecR  62.24 
 
 
199 aa  264  5.999999999999999e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000710068  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1795  recombination protein RecR  61.81 
 
 
199 aa  263  2e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000406464  unclonable  0.00000000671172 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4267  recombination protein RecR  62.38 
 
 
200 aa  260  1e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.106398  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1601  recombination protein RecR  62.38 
 
 
200 aa  260  1e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.973097  normal  0.137201 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3585  recombination protein RecR  62.87 
 
 
200 aa  258  3e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2645  recombination protein RecR  61.19 
 
 
199 aa  254  5e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.140151  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1508  recombination protein RecR  61.31 
 
 
199 aa  254  5e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0537537  normal  0.426443 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3832  recombination protein RecR  60.89 
 
 
200 aa  254  5e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.539989 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3799  recombination protein RecR  61.81 
 
 
198 aa  253  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44610  recombination protein RecR  62.31 
 
 
198 aa  253  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.235567 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1808  recombination protein RecR  61.88 
 
 
200 aa  252  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3396  recombination protein RecR  62 
 
 
200 aa  252  3e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0105717  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2850  recombination protein RecR  63.82 
 
 
199 aa  251  4.0000000000000004e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000709734  hitchhiker  0.0000000347655 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19850  recombination protein RecR  60.8 
 
 
199 aa  248  6e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3638  recombination protein RecR  61.5 
 
 
200 aa  246  2e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1460  recombination protein RecR  62.31 
 
 
203 aa  246  2e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1611  recombination protein RecR  57.29 
 
 
200 aa  246  2e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.315975  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2595  RecR protein  59.16 
 
 
199 aa  242  3e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00242938  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1075  recombination protein RecR  59.69 
 
 
197 aa  241  7e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2532  recombination protein RecR  56.63 
 
 
197 aa  237  1e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.200135  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1853  recombination protein RecR  56.99 
 
 
196 aa  236  2e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.38333 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01103  recombination protein RecR  62.79 
 
 
172 aa  234  7e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1337  recombinational DNA repair protein  55.15 
 
 
197 aa  230  1e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.43328  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1326  recombination protein RecR  52.76 
 
 
198 aa  226  2e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.787155  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0230  recombination protein RecR  55.61 
 
 
201 aa  226  2e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.601647  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0667  recombination protein RecR  56.63 
 
 
201 aa  225  4e-58  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0773  recombination protein RecR  56.63 
 
 
201 aa  225  4e-58  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0859  recombination protein RecR  56.06 
 
 
199 aa  224  7e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02441  recombination protein RecR  57.51 
 
 
197 aa  223  1e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2804  recombination protein RecR  55.79 
 
 
197 aa  223  2e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2673  recombination protein RecR  55.79 
 
 
197 aa  223  2e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1121  recombination protein RecR  54.64 
 
 
198 aa  221  7e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.874704  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1215  recombination protein RecR  54.64 
 
 
198 aa  221  8e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1574  recombination protein RecR  53.5 
 
 
199 aa  218  5e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.045793  unclonable  0.000000162046 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0531  recombination protein RecR  50 
 
 
197 aa  218  6e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0553702  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0808  recombination protein RecR  56.02 
 
 
199 aa  214  9.999999999999999e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000914779  hitchhiker  0.00000103011 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1856  recombination protein RecR  53.61 
 
 
199 aa  207  7e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0646  recombination protein RecR  54.36 
 
 
204 aa  207  1e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1130  recombination protein RecR  54.77 
 
 
206 aa  206  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.885989  normal  0.90848 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2332  recombination protein RecR  53.81 
 
 
196 aa  206  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2532  recombination protein RecR  54.31 
 
 
196 aa  206  2e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0955394  normal  0.601822 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1038  recombination protein RecR  54.77 
 
 
206 aa  205  4e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.413598 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0509  recombination protein RecR  53.3 
 
 
196 aa  204  5e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1401  recombination protein RecR  54.45 
 
 
197 aa  204  7e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1509  recombination protein RecR  53.81 
 
 
196 aa  204  9e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2270  recombination protein RecR  51.2 
 
 
208 aa  203  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.695471  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2348  recombination protein RecR  53.81 
 
 
196 aa  203  1e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0702  recombination protein RecR  52.82 
 
 
204 aa  203  2e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1459  recombination protein RecR  54.45 
 
 
196 aa  201  5e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.325048  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4901  recombination protein RecR  53.4 
 
 
196 aa  201  7e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2646  recombination protein RecR  54.45 
 
 
199 aa  201  7e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.004729 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2110  recombination protein RecR  53.43 
 
 
204 aa  199  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00315118  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1974  recombination protein RecR  53.93 
 
 
198 aa  199  1.9999999999999998e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.181193 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2127  recombination protein RecR  53.33 
 
 
204 aa  199  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.441017  normal  0.634686 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1672  recombination protein RecR  49.76 
 
 
208 aa  198  3.9999999999999996e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.465594 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1194  recombination protein RecR  56.28 
 
 
207 aa  198  5e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.381578  normal  0.476781 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0517  recombination protein RecR  53.89 
 
 
197 aa  197  6e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.592608 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>