More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_2604 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01300  DNA-binding transcriptional dual regulator, tyrosine-binding  67.89 
 
 
513 aa  691  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0041974  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1794  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  72.66 
 
 
525 aa  780  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1556  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  67.89 
 
 
513 aa  691  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1438  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  67.89 
 
 
513 aa  691  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1968  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  67.89 
 
 
513 aa  692  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.337458 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1534  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  67.7 
 
 
513 aa  686  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1649  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  68.86 
 
 
513 aa  705  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.727425  hitchhiker  0.000895346 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1467  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  68.67 
 
 
513 aa  703  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0744789  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2617  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  76.29 
 
 
523 aa  820  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.881496 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1902  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  72.66 
 
 
525 aa  780  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1808  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  68.67 
 
 
513 aa  703  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.354235 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1869  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  68.67 
 
 
513 aa  703  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.148583 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1807  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  68.67 
 
 
513 aa  703  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0010497 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2302  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  67.89 
 
 
513 aa  691  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0336241  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2529  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  72.47 
 
 
525 aa  778  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2324  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  95.4 
 
 
522 aa  1022  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2323  transcriptional regulator, TyrR  67.89 
 
 
513 aa  691  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00133165  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2604  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  100 
 
 
522 aa  1067  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2152  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  65.57 
 
 
514 aa  689  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1729  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  75.29 
 
 
522 aa  813  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.52273  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01311  hypothetical protein  67.89 
 
 
513 aa  691  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00331968  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1799  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  67.89 
 
 
513 aa  692  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.322981  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1761  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  76.78 
 
 
536 aa  828  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0926  transcriptional regulator TyrR  53.31 
 
 
513 aa  560  1e-158  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01919  hypothetical protein  52.23 
 
 
514 aa  540  1e-152  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003165  transcriptional repressor protein TyrR  51.17 
 
 
514 aa  533  1e-150  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0864  transcriptional regulator, sigma-54 interaction protein  49.51 
 
 
515 aa  521  1e-147  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02829  Transcriptional regulatory protein tyrR  49.42 
 
 
518 aa  520  1e-146  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0448077  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2998  transcriptional regulator, TyrR  49.32 
 
 
518 aa  504  1e-141  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.014514  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2928  transcriptional regulator, TyrR  48.36 
 
 
512 aa  500  1e-140  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.422498  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1717  transcriptional regulator, TyrR  48.16 
 
 
512 aa  498  1e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0924864  normal  0.0289301 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1486  transcriptional regulator, TyrR  48.17 
 
 
512 aa  493  1e-138  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.181258  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2866  transcriptional regulator, TyrR  48.17 
 
 
512 aa  493  1e-138  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313712  hitchhiker  7.67573e-11 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2220  transcriptional regulatory protein TyrR  46.42 
 
 
512 aa  491  1e-138  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1437  transcriptional regulator, TyrR  47.97 
 
 
514 aa  492  1e-138  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.555586  normal  0.67019 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1388  transcriptional regulator, TyrR  48.17 
 
 
512 aa  493  1e-138  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1517  transcriptional regulator, TyrR  48.17 
 
 
512 aa  493  1e-138  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1481  transcriptional regulator, TyrR  48.17 
 
 
512 aa  493  1e-138  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000204273  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1330  transcriptional regulator, TyrR  47.21 
 
 
512 aa  490  1e-137  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0540713  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2779  transcriptional regulator, TyrR  48.17 
 
 
512 aa  491  1e-137  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00129727  hitchhiker  3.13655e-05 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1669  transcriptional regulatory protein TyrR  48.08 
 
 
512 aa  490  1e-137  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2605  transcriptional regulator, TyrR  47.98 
 
 
512 aa  490  1e-137  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0016183  decreased coverage  1.06827e-07 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2672  transcriptional regulator, TyrR  47.98 
 
 
512 aa  490  1e-137  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0181063  hitchhiker  0.0037784 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3764  sigma-54 dependent transcriptional regulator TyrR  45.93 
 
 
516 aa  486  1e-136  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286891  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1450  transcriptional regulator, TyrR  46.91 
 
 
513 aa  484  1e-135  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.276382  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2593  sigma-54 factor, interaction region  46.24 
 
 
512 aa  476  1e-133  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  4.97691e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1500  transcriptional regulator TyrR  45.03 
 
 
520 aa  423  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3111  transcriptional regulator, TyrR  44.29 
 
 
517 aa  420  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.605009 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4489  transcriptional regulator TyrR  44.49 
 
 
519 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1425  transcriptional regulator, TyrR  44.49 
 
 
519 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.392472  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3994  transcriptional regulator, TyrR  44.29 
 
 
519 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.295924  normal  0.0800973 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3778  transcriptional regulator, TyrR  44.68 
 
 
519 aa  411  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.18738  hitchhiker  0.000851143 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1823  phenylalanine hydroxylase transcriptional activator PhhR  43.71 
 
 
521 aa  408  1e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.229512  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4643  transcriptional regulator PhhR  44.23 
 
 
515 aa  403  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52980  transcriptional regulator PhhR  43.52 
 
 
519 aa  403  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3574  helix-turn-helix, Fis-type  42.69 
 
 
525 aa  393  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4390  transcriptional regulator TyrR  44.19 
 
 
502 aa  390  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25940  sigma54-dependent activator protein  43.05 
 
 
505 aa  384  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.935166  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4227  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  42.86 
 
 
531 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0941591  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1280  transcriptional regulator TyrR, putative  42.5 
 
 
502 aa  380  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1101  helix-turn-helix, Fis-type  42.47 
 
 
502 aa  380  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0997  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  42.22 
 
 
502 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1034  transcriptional regulator, TyrR  42.22 
 
 
502 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0996  putative PAS/PAC sensor protein  42.02 
 
 
502 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1348  putative PAS/PAC sensor protein  42.69 
 
 
506 aa  366  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32940  transcriptional regulator  41.51 
 
 
511 aa  363  5e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  1.86487e-05 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2801  transcriptional regulator  41.31 
 
 
511 aa  361  2e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3097  putative PAS/PAC sensor protein  41.78 
 
 
510 aa  352  8e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1706  sigma-54 dependent transcriptional regulator  36.62 
 
 
532 aa  334  3e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1103  transcriptional regulatory protein  49.68 
 
 
313 aa  305  1e-81  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0663  putative PAS/PAC sensor protein  35.8 
 
 
527 aa  293  6e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0090  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.12 
 
 
541 aa  288  2e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00173924  hitchhiker  0.00306857 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1326  putative sigma54 specific transcriptional regulator  34.4 
 
 
540 aa  283  6e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.01296e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2382  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.13 
 
 
539 aa  258  3e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0222564  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.38 
 
 
495 aa  256  5e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04971  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  41.79 
 
 
444 aa  253  4e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001184  putative two-component response regulator  43.61 
 
 
443 aa  252  1e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1743  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.52 
 
 
336 aa  249  1e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0362051  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1825  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.34 
 
 
336 aa  248  1e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.760782  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1913  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.46 
 
 
710 aa  247  4e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0899132  normal  0.0546689 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.97 
 
 
452 aa  245  1e-63  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0608  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.61 
 
 
527 aa  244  4e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.79337e-05 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  44.57 
 
 
453 aa  243  7e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  38.55 
 
 
461 aa  243  9e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.99 
 
 
495 aa  242  1e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0734  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  41.06 
 
 
477 aa  242  1e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.942918  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1487  sigma-L-dependent transcriptional regulator  39.49 
 
 
696 aa  242  2e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1635  Fis family transcriptional regulator  35.91 
 
 
576 aa  241  2e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.980236  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  38.55 
 
 
461 aa  241  2e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.09 
 
 
636 aa  241  2e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0512499  normal  0.510149 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0446  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.13 
 
 
481 aa  241  3e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  38.55 
 
 
461 aa  241  3e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.55 
 
 
461 aa  241  3e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  38.55 
 
 
461 aa  241  3e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  38.55 
 
 
461 aa  241  3e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0417  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.97 
 
 
474 aa  240  4e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.45134  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2132  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.04 
 
 
336 aa  240  4e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.11031  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0831  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.64 
 
 
517 aa  240  5e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0724194  normal  0.196373 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0445  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.81 
 
 
481 aa  239  6e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3302  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.31 
 
 
472 aa  239  8e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.334689  normal  0.605218 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>