More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_1609 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  100 
 
 
1447 aa  2984    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0647  RHS Repeat family protein  36.86 
 
 
1616 aa  709    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0585  YD repeat-containing protein  36.94 
 
 
1600 aa  726    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0650  YD repeat protein  80.43 
 
 
1422 aa  2225    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.614814  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  68.15 
 
 
1475 aa  1949    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  70.51 
 
 
1437 aa  1997    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3079  YD repeat-containing protein  37.41 
 
 
1505 aa  729    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00723203  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2694  YD repeat protein  93.01 
 
 
1428 aa  2457    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00194911  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  71.56 
 
 
1457 aa  1956    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  70.48 
 
 
1423 aa  1885    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2568  YD repeat protein  73.29 
 
 
931 aa  1273    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  31.59 
 
 
1494 aa  500  1e-140  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  31.59 
 
 
1494 aa  500  1e-140  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  32.13 
 
 
1495 aa  482  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  31.08 
 
 
1487 aa  480  1e-133  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  31.25 
 
 
1517 aa  438  1e-121  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  30.01 
 
 
1527 aa  434  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  30.56 
 
 
1485 aa  412  1e-113  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  31.28 
 
 
1189 aa  399  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  28.57 
 
 
1197 aa  396  1e-108  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0145  YD repeat protein  58.19 
 
 
361 aa  390  1e-106  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1434  YD repeat-containing protein  28.1 
 
 
1553 aa  378  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16383  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  28.97 
 
 
1509 aa  363  9e-99  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  28.18 
 
 
1541 aa  362  3e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  28.13 
 
 
1541 aa  360  9e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  28.13 
 
 
1541 aa  360  9e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  28.13 
 
 
1541 aa  360  9e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  28.11 
 
 
1541 aa  358  3.9999999999999996e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  28.51 
 
 
1679 aa  356  2e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  28.04 
 
 
1381 aa  356  2e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  28.04 
 
 
1541 aa  355  5e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3233  YD repeat protein  27.9 
 
 
1639 aa  349  2e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.471244  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  27.84 
 
 
1673 aa  348  3e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  28.39 
 
 
1259 aa  335  4e-90  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  28.18 
 
 
1508 aa  327  8.000000000000001e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  26.99 
 
 
1409 aa  323  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  28.41 
 
 
1488 aa  320  9e-86  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  26.36 
 
 
1489 aa  316  1.9999999999999998e-84  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  27.71 
 
 
1518 aa  314  7.999999999999999e-84  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  26.14 
 
 
1385 aa  305  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  25.93 
 
 
1400 aa  304  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  25.75 
 
 
1411 aa  302  3e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  26.59 
 
 
1528 aa  302  3e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  26.03 
 
 
1379 aa  294  1e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  25.91 
 
 
1386 aa  293  2e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  27.44 
 
 
1495 aa  290  1e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  25.31 
 
 
1410 aa  288  5e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  26.87 
 
 
1419 aa  287  1.0000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  26.23 
 
 
1446 aa  286  3.0000000000000004e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  25.02 
 
 
1359 aa  277  9e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8624  YD repeat protein  26.51 
 
 
1528 aa  274  7e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.165231  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  26.67 
 
 
1614 aa  268  7e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  26.19 
 
 
1576 aa  268  8e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  25.29 
 
 
1421 aa  266  2e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  26.25 
 
 
1434 aa  265  6e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2508  YD repeat-containing protein  25.58 
 
 
1699 aa  265  6.999999999999999e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105853  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2870  YD repeat protein  27.7 
 
 
2144 aa  257  9e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  25.97 
 
 
1568 aa  254  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  26.14 
 
 
1572 aa  251  1e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  25.49 
 
 
1418 aa  249  4e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  26.96 
 
 
1595 aa  248  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  25.42 
 
 
1390 aa  247  9.999999999999999e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  26.76 
 
 
1586 aa  247  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  27.84 
 
 
1609 aa  246  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  26.04 
 
 
1492 aa  246  1.9999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  25.68 
 
 
1466 aa  246  3e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  25.95 
 
 
1611 aa  245  3.9999999999999997e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  25.18 
 
 
1402 aa  242  2.9999999999999997e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  25.91 
 
 
1527 aa  242  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  25.99 
 
 
1560 aa  238  6e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  25.55 
 
 
1547 aa  238  9e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  25.24 
 
 
1531 aa  234  9e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  28.85 
 
 
924 aa  233  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  27.18 
 
 
1362 aa  233  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  24.94 
 
 
1550 aa  233  3e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  25.71 
 
 
1551 aa  232  3e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  25.28 
 
 
1543 aa  230  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  27.21 
 
 
1352 aa  231  1e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25.28 
 
 
1552 aa  230  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  24.71 
 
 
1229 aa  229  3e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  25.15 
 
 
1520 aa  226  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6418  YD repeat-containing protein  25.11 
 
 
1368 aa  224  9.999999999999999e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0100911  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  26.86 
 
 
1579 aa  224  9.999999999999999e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  26.86 
 
 
1428 aa  222  3e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0368  hypothetical protein  67.36 
 
 
283 aa  221  8.999999999999998e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  24.06 
 
 
1620 aa  219  2e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  25.95 
 
 
1554 aa  219  4e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0645  Rhs core protein  43.35 
 
 
444 aa  216  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.746843 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  25.5 
 
 
1348 aa  215  3.9999999999999995e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4081  Rhs family protein  25.2 
 
 
1140 aa  212  5e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451767  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4580  YD repeat protein  24.44 
 
 
1401 aa  210  2e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315308  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  25.87 
 
 
2096 aa  209  3e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  25.95 
 
 
1583 aa  207  1e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  25.55 
 
 
1604 aa  205  5e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  27.09 
 
 
867 aa  191  5.999999999999999e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  23.3 
 
 
1530 aa  187  9e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  25 
 
 
1593 aa  187  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  25.45 
 
 
866 aa  187  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  24.92 
 
 
1384 aa  186  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0373  Rhs family protein  25.06 
 
 
855 aa  186  3e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>