125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_0079 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0079  diguanylate cyclase  100 
 
 		 393 aa  798    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0082  diguanylate cyclase  90.1 
 
 		 394 aa  716    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0152  putative phosphodiesterase  49.26 
 
 		 668 aa  335  1e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.651531 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4069  biofilm formation regulator HmsP  46.78 
 
 		 728 aa  303  3.0000000000000004e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4062  biofilm formation regulator HmsP  46.78 
 
 		 728 aa  303  3.0000000000000004e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.996641 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0094  biofilm formation regulator HmsP  46.78 
 
 		 728 aa  303  3.0000000000000004e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0188  putative phosphodiesterase  43.79 
 
 		 662 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4894  putative phosphodiesterase  43.79 
 
 		 662 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.509756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3823  putative phosphodiesterase  40.39 
 
 		 668 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3887  putative phosphodiesterase  39.9 
 
 		 668 aa  252  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3931  putative phosphodiesterase  40.15 
 
 		 668 aa  252  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3810  putative phosphodiesterase  40.15 
 
 		 668 aa  252  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.612302 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3991  putative phosphodiesterase  40 
 
 		 668 aa  252  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.185818 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03377  predicted diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 649 aa  242  9e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  42.42 
 
 		 649 aa  242  9e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03330  hypothetical protein  42.42 
 
 		 649 aa  242  9e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3732  putative phosphodiesterase  42.42 
 
 		 651 aa  242  9e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4017  putative phosphodiesterase  42.42 
 
 		 651 aa  242  1e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3838  putative phosphodiesterase  42.42 
 
 		 649 aa  241  1e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.261716 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3935  putative phosphodiesterase  42.42 
 
 		 651 aa  242  1e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3926  putative phosphodiesterase  43.18 
 
 		 657 aa  226  5.0000000000000005e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4474  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.41 
 
 		 683 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192175 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0914  GGDEF domain-containing protein  23.94 
 
 		 693 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.398639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4060  GGDEF  23.88 
 
 		 705 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.94 
 
 		 694 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.479212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4487  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.46 
 
 		 683 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0293073 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3557  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.94 
 
 		 677 aa  62.8  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.026762  decreased coverage  0.00000188852 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0980  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.17 
 
 		 683 aa  62  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000403216 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3385  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.82 
 
 		 677 aa  60.8  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.093446  hitchhiker  0.00322897 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2823  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.19 
 
 		 677 aa  60.1  0.00000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.992425  hitchhiker  0.00613346 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0965  GGDEF domain-containing protein  22.55 
 
 		 680 aa  60.1  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00724002  normal  0.0458332 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4365  GGDEF domain/EAL domain protein  23.17 
 
 		 683 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56790  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  23.2 
 
 		 687 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4938  putative lipoprotein  23.43 
 
 		 686 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.97 
 
 		 692 aa  54.3  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.844542  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3270  diguanylate cyclase  31.18 
 
 		 552 aa  53.9  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3056  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.1 
 
 		 679 aa  53.5  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.029022  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0994  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.26 
 
 		 678 aa  52.8  0.000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.031573  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.44 
 
 		 684 aa  52.4  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0216958  hitchhiker  0.00000239027 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.44 
 
 		 684 aa  52.4  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.10926  normal  0.0282645 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  27.5 
 
 		 565 aa  52  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0764  GGDEF domain-containing protein  28.86 
 
 		 905 aa  51.2  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1132  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.43 
 
 		 684 aa  50.8  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00732829  unclonable  0.0000000000153183 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3235  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.43 
 
 		 684 aa  50.8  0.00004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.612111  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3276  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.43 
 
 		 684 aa  50.8  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0261711  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3413  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.43 
 
 		 684 aa  50.8  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.341259  hitchhiker  0.0009308 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1034  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.6 
 
 		 674 aa  50.4  0.00005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.20154  hitchhiker  0.000000435621 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2830  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.64 
 
 		 682 aa  50.1  0.00006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0701966  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1239  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.81 
 
 		 810 aa  49.7  0.00008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0849983 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  31.85 
 
 		 1047 aa  49.3  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.152528  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  31.85 
 
 		 1047 aa  49.7  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.603793  normal  0.591711 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2231  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.05 
 
 		 699 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3711  sensory box protein  31.41 
 
 		 503 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0503901 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0588  hypothetical protein  27.56 
 
 		 903 aa  48.5  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1208  GGDEF domain-containing protein  23.13 
 
 		 684 aa  48.5  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  27.57 
 
 		 542 aa  48.5  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5422  sensory box/GGDEF family protein  28.21 
 
 		 909 aa  47.8  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.500636  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00559  signal transduction protein  27.5 
 
 		 815 aa  47.8  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4759  diguanylate cyclase  31.68 
 
 		 557 aa  47.4  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.805923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3475  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25 
 
 		 571 aa  47.4  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.100102  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2057  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.77 
 
 		 699 aa  47  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.92 
 
 		 906 aa  47  0.0006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.77 
 
 		 698 aa  46.6  0.0007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.330245  normal  0.58075 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.7 
 
 		 917 aa  46.6  0.0008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.21 
 
 		 711 aa  46.6  0.0008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.444283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  28.85 
 
 		 928 aa  46.6  0.0008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  25.7 
 
 		 480 aa  46.6  0.0008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0696  sensory box/GGDEF family protein  25.16 
 
 		 568 aa  46.2  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.612215  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0595  sensory box/GGDEF family protein  25.16 
 
 		 567 aa  46.2  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0539  sensory box, GGDEF family protein  25.16 
 
 		 567 aa  46.2  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0539  sensory box, GGDEF family protein  25.16 
 
 		 567 aa  46.2  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0628  sensory box/GGDEF family protein  25.16 
 
 		 567 aa  46.2  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0437  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.82 
 
 		 659 aa  46.2  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0233  cyclic nucleotide-binding protein  28.57 
 
 		 592 aa  45.8  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000891781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3020  histidine kinase  34.83 
 
 		 1282 aa  46.2  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.883771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  28.85 
 
 		 928 aa  46.2  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  28.85 
 
 		 912 aa  46.2  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37830  GGDEF domain-containing protein  24.26 
 
 		 691 aa  45.8  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.42033  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0683  sensory box/GGDEF family protein  25.16 
 
 		 567 aa  46.2  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00619208 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0541  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.16 
 
 		 567 aa  45.8  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15460  membrane sensor hybrid histidine protein kinase  30.65 
 
 		 772 aa  46.2  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.361903  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5528  sensory box/GGDEF family protein  28 
 
 		 909 aa  45.4  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.024998  hitchhiker  0.000000585102 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0862  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.3 
 
 		 571 aa  45.1  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.903068  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0782  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.67 
 
 		 736 aa  45.4  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1613  diguanylate cyclase  29.88 
 
 		 588 aa  45.4  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.560816 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3598  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.75 
 
 		 877 aa  45.1  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  28.85 
 
 		 928 aa  45.1  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.37 
 
 		 1082 aa  45.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.21 
 
 		 909 aa  45.4  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30 
 
 		 792 aa  45.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0299536  normal  0.27507 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5950  diguanylate cyclase  25.69 
 
 		 604 aa  45.4  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0664  sensory box/GGDEF family protein  25.81 
 
 		 567 aa  45.4  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.95 
 
 		 1021 aa  44.7  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1481  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.72 
 
 		 949 aa  44.7  0.003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3494  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.85 
 
 		 729 aa  44.7  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0495  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.01 
 
 		 907 aa  44.7  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.128556 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5028  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26 
 
 		 637 aa  44.7  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00518109  normal  0.939284 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0114  GGDEF domain/EAL domain protein  27.92 
 
 		 554 aa  44.3  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.39 
 
 		 727 aa  44.3  0.004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.545647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0233  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.83 
 
 		 631 aa  44.3  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.992209 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>