More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_R0035 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_6034  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.93695  normal  0.213156 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4317  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.771522  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0014  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.791335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0015  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0016  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.816839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6033  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.908357  normal  0.208238 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0018  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0034  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.182102 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0035  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.177187 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0026  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.522695  normal  0.33035 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4316  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.742737  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0024  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.16238  normal  0.146068 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0025  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.103227  normal  0.238575 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0026  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.968227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0027  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.961867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0027  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.76766  normal  0.328825 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0031  tRNA-Asp  96 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000203604  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0033  tRNA-Asp  96 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000000933276  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt02  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00626728  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4562  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0045  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0013  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0033  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0034  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0046  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0015  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.103897  normal  0.235833 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0021  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0795  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24739  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0013  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.729224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0014  tRNA-Asp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t12  tRNA-Asp  95.59 
 
 		 74 bp  111  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0503237  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0045  tRNA-Asp  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.804977  normal  0.403713 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0048  tRNA-Asp  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0049  tRNA-Asp  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0037  tRNA-Asp  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0035  tRNA-Asp  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.143388 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0020  tRNA-Asp  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.539056  normal  0.0659603 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0021  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4563  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0039  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00299876 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0062  tRNA-Asp  96.72 
 
 		 74 bp  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000866023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0060  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.285107  normal  0.0443211 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0028  tRNA-Asp  96.72 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00318123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0037  tRNA-Asp  96.72 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000102957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0014  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0096  tRNA-Asp  96.72 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000496509  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0298  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 79 bp  105  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00212865  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0054  tRNA-Asp  96.72 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000552526  normal  0.231331 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0054  tRNA-Asp  96.72 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000566349  normal  0.354373 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0054  tRNA-Asp  96.72 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000338252  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0052  tRNA-Asp  96.72 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000241383  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0015  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0014  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0015  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0777  tRNA-Asp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0051  tRNA-Asp  96.72 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.942315 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0030  tRNA-Asp  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0044  tRNA-Asp  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.405337 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0044  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000264444  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0018  tRNA-Asp  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0043  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.956354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0017  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.214507  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0019  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.206388  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2258  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.0012215  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2261  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000972867  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2262  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0143888  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t054  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t102  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt20  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt20  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0032  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.167731 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0036  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00224003  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0040  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00699414  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0042  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000000507757  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0018  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0046  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0027  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000494544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0012  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0364761 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0139  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.595909  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0114  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0041  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000101983  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0007  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0004  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.372238  hitchhiker  0.00144913 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0019  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000445716 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0103  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118993  normal  0.0723976 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0104  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103964  normal  0.0748014 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0004  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.253522  hitchhiker  0.00233636 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0103  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000505774  normal  0.231295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0104  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000485826  normal  0.231295 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0018  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00473987  normal  0.433792 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0016  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0392662 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0024  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000320512  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0025  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000839406  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0026  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000028925  normal  0.89976 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0027  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000271545  normal  0.890927 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0028  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000281515  normal  0.867908 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0047  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000429092  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0050  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000296648  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0024  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0281562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0021  tRNA-Asp  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0325051  normal  0.108203 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>