219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_R0016 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_R0016  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.5439  normal  0.106443 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0028  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570656  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0014  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.65159  normal  0.954278 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0004  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0003  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0503535  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0043  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.48657 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0027  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0038  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.545151  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0043  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1546  tRNA-Met  96.1 
 
 
79 bp  129  1.0000000000000001e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0041  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.904043  normal  0.246653 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1025  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0262205  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0002  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.325318  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t28  tRNA-Met  95.95 
 
 
74 bp  123  6e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0043  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.931817  normal  0.538604 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0022  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243282  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0058  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.272265 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0044  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.503694  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0010  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.528642 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0038  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.27748  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0025  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0720614  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0003  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124761  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0028  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0016  tRNA-Met  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    88.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0001  tRNA-Met  92.73 
 
 
79 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0018  tRNA-Met  88.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0053  tRNA-Met  92 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0023  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3233  tRNA-Met  92 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0018  tRNA-Met  90.57 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000031299  normal  0.0565346 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  94.74 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0018  tRNA-Met  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0001  tRNA-Met  85.71 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.213191 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4303  tRNA-Met  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0041  tRNA-Met  92.86 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0102912  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0047  tRNA-Met  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.501158  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0061  tRNA-Met  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.714727 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  94.59 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  94.59 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t02  tRNA-Met  94.59 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0031  tRNA-Met  88.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000893845  normal  0.390946 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  94.59 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA75  tRNA-Met  94.59 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  94.59 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  94.59 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  94.59 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  94.59 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  94.59 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0014  tRNA-Met  94.59 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.170576  normal  0.370354 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  94.59 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0042  tRNA-Met  86.89 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.309663  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0006  tRNA-Met  94.59 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.371714  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  94.59 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0037  tRNA-Met  88.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.45674  normal  0.44338 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  94.59 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Met-1  tRNA-Met  88.46 
 
 
74 bp  56  0.000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0029  tRNA-Met  86.67 
 
 
77 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0050  tRNA-Met  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.325417  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0252  tRNA-Met  94.44 
 
 
74 bp  56  0.000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0014  tRNA-Met  96.77 
 
 
77 bp  54  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000000605229  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0015  tRNA-Met  94.29 
 
 
74 bp  54  0.000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0036  tRNA-Met  94.29 
 
 
74 bp  54  0.000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.756842  normal  0.078862 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  88.24 
 
 
77 bp  54  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0031  tRNA-Met  88.24 
 
 
77 bp  54  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.0043725  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  94.29 
 
 
74 bp  54  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0022  tRNA-Met  88.24 
 
 
77 bp  54  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0020  tRNA-Met  96.67 
 
 
74 bp  52  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.070977  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60320  tRNA-Met  92.11 
 
 
74 bp  52  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0041  tRNA-Met  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000138858  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0024  tRNA-Met  84.42 
 
 
75 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0041  tRNA-Met  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.750372  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0039  tRNA-Met  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0013  tRNA-Met  91.89 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0025  tRNA-Met  87.76 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00138308 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  91.89 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0052  tRNA-Met  91.89 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0246441 
 
 
-
 
NC_006368  lppt25  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt25  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0026  tRNA-Met  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.163788  normal  0.234084 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tMet02  tRNA-Met  93.94 
 
 
80 bp  50.1  0.00008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00802735  normal  0.195828 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0060  tRNA-Met  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0064072  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07470  tRNA-Met  91.89 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000349913  normal  0.175912 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0021  tRNA-Met  85 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0017  tRNA-Met  85 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  91.67 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0043  tRNA-Met  91.67 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.259921  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0037  tRNA-Met  91.67 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  91.67 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0034  tRNA-Met  85 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.62589  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0039  tRNA-Met  85 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0047  tRNA-Met  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00104453  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0033  tRNA-Met  85 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0263488  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  91.43 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0013  tRNA-Met  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>