More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5126 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_5126  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
280 aa  543  1e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4214  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.29 
 
 
281 aa  375  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.74 
 
 
283 aa  357  9e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199649  normal  0.0607956 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.54 
 
 
283 aa  348  4e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.193679 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8275  ABC-type transporter, permease protein  46.03 
 
 
272 aa  207  1e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.144641 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.39 
 
 
279 aa  203  2e-51  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.208956  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.94 
 
 
287 aa  203  3e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0773955  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1369  ABC transporter membrane protein  43.87 
 
 
272 aa  199  5e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0458182 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.03 
 
 
278 aa  196  3e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0649738  hitchhiker  0.00238236 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1692  putative ABC transporter membrane protein  44.4 
 
 
281 aa  191  1e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00465779  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.53 
 
 
298 aa  191  1e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.30367  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2012  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.27 
 
 
280 aa  190  2e-47  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.338733  normal  0.193625 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.21 
 
 
275 aa  191  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44530  Binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.43 
 
 
259 aa  189  5.999999999999999e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0634098  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18130  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  43.64 
 
 
283 aa  184  1.0000000000000001e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.77 
 
 
289 aa  177  2e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
273 aa  169  5e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.395379 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1453  alkanesulfonate transporter permease subunit  39.91 
 
 
263 aa  167  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1261  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.52 
 
 
273 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.306936 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.52 
 
 
273 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.79 
 
 
263 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.17 
 
 
263 aa  166  5e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.52 
 
 
273 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.132759  normal  0.452833 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.99 
 
 
264 aa  162  7e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
284 aa  159  6e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.27836  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.69 
 
 
264 aa  158  1e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.050552  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.99 
 
 
272 aa  155  5.0000000000000005e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.334714  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0239  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.22 
 
 
265 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00756787 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.22 
 
 
265 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  0.0445843 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.22 
 
 
265 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0722896  normal  0.022026 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.22 
 
 
265 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.791848  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19570  ABC transporter permease  39.39 
 
 
262 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1684  ABC transporter permease  39.39 
 
 
262 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.75 
 
 
315 aa  153  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
264 aa  152  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.440066  normal  0.144233 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3299  putative sulfonate ABC transporter, permease protein  37.93 
 
 
286 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.201269  normal  0.262094 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2304  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.7 
 
 
278 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.37818 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.37 
 
 
280 aa  151  1e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.615395  normal  0.42897 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00938  alkanesulfonate transporter subunit  40.34 
 
 
263 aa  150  3e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.028081  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2709  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.34 
 
 
263 aa  150  3e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.753275  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1043  alkanesulfonate transporter permease subunit  40.34 
 
 
263 aa  150  3e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1036  alkanesulfonate transporter permease subunit  40.34 
 
 
263 aa  150  3e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0685931  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2662  alkanesulfonate transporter permease subunit  40.34 
 
 
263 aa  150  3e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.629834  normal  0.0100847 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00945  hypothetical protein  40.34 
 
 
263 aa  150  3e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0322362  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.34 
 
 
300 aa  150  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0833403  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.86 
 
 
264 aa  149  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1096  alkanesulfonate transporter permease subunit  40.34 
 
 
263 aa  149  4e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00432775  normal  0.422148 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2185  alkanesulfonate transporter permease subunit  40.34 
 
 
264 aa  149  4e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11182  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0355  putative ABC aliphatic sulfonates transporter, permease subunit  37.86 
 
 
264 aa  149  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5412  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.7 
 
 
260 aa  149  6e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.210037  hitchhiker  0.00191971 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.06 
 
 
264 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.154719 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0411  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.41 
 
 
279 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.760866  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.23 
 
 
270 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4705  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.5 
 
 
270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.23 
 
 
268 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80309  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.29 
 
 
273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.5369  normal  0.169212 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.29 
 
 
270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.23 
 
 
270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0183453  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.11 
 
 
270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0890555  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.29 
 
 
270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0981  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  36.05 
 
 
279 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.39 
 
 
252 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000799696  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.75 
 
 
257 aa  146  5e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2479  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.71 
 
 
258 aa  144  1e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4875  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.09 
 
 
265 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.746085  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0332  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.77 
 
 
279 aa  145  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.692278  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.19 
 
 
273 aa  144  1e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0116  membrane protein  38.35 
 
 
281 aa  145  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0935043  hitchhiker  0.000854026 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1776  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.91 
 
 
294 aa  144  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1745  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.53 
 
 
280 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2492  ABC aliphatic sulfonates transporter, innermembrane subunit  36.64 
 
 
280 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.773133 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.98 
 
 
267 aa  143  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0683  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.43 
 
 
268 aa  143  3e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.473028  normal  0.58692 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.92 
 
 
292 aa  143  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.780897  normal  0.0430449 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.89 
 
 
262 aa  143  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.577279 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5315  aliphatic sulfonates ABC transporter, permease protein  38.68 
 
 
265 aa  142  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.59 
 
 
256 aa  143  4e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2226  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
259 aa  143  4e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00307443  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2566  ABC transporter, membrane subunit  36.17 
 
 
252 aa  142  5e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1380  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  38.1 
 
 
277 aa  142  6e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153307 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.23 
 
 
283 aa  142  9e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.189471  normal  0.0804385 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.63 
 
 
294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2500  aliphatic sulfonate ABC transporter, permease protein  37.72 
 
 
268 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34320  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  35.25 
 
 
273 aa  140  1.9999999999999998e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2837  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.63 
 
 
266 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.115716  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1372  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.09 
 
 
268 aa  140  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1171  taurine ABC transporter permease  37.72 
 
 
272 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.104716  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.57 
 
 
272 aa  140  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.612608  normal  0.0470724 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1867  ABC transporter permease  38.96 
 
 
272 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.63 
 
 
259 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0871855  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2638  ABC sulfonate transporter, inner membrane subunit  34.33 
 
 
279 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0950643  hitchhiker  0.0000361652 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.1 
 
 
274 aa  139  6e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1974  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.73 
 
 
261 aa  139  7e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000226251  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0772  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.43 
 
 
302 aa  139  7e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0528102 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5516  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
262 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0379  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.2 
 
 
279 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 
257 aa  138  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4637  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.61 
 
 
283 aa  138  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.258867  hitchhiker  0.00000636426 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.34 
 
 
281 aa  137  2e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000218671  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
275 aa  137  2e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>