More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5072 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_5072  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 519 aa  1067    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.236333  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3816  twin-arginine translocation pathway signal  51.26 
 
 		 522 aa  514  1e-144  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.961587  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0409  extracellular solute-binding protein  47.64 
 
 		 520 aa  466  9.999999999999999e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2781  extracellular solute-binding protein  46.03 
 
 		 525 aa  459  9.999999999999999e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6105  extracellular solute-binding protein family 5  46.98 
 
 		 518 aa  458  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000312198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4502  extracellular solute-binding protein family 5  45.22 
 
 		 526 aa  429  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.146925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6276  extracellular solute-binding protein family 5  45.42 
 
 		 496 aa  431  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0695772 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6274  extracellular solute-binding protein family 5  44.55 
 
 		 511 aa  424  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0245039 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6279  extracellular solute-binding protein family 5  42.58 
 
 		 512 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6426  extracellular solute-binding protein family 5  43.38 
 
 		 529 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0312111 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4497  extracellular solute-binding protein family 5  42.42 
 
 		 529 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2178  extracellular solute-binding protein  42.23 
 
 		 529 aa  403  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.246301  normal  0.618007 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3525  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  41.83 
 
 		 535 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2183  extracellular solute-binding protein  43.5 
 
 		 529 aa  401  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.226598 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2844  extracellular solute-binding protein  43.3 
 
 		 534 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.922612  normal  0.415189 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3169  extracellular solute-binding protein  41.83 
 
 		 535 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.116403 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1820  twin-arginine translocation pathway signal  44.16 
 
 		 527 aa  396  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.575663  normal  0.77509 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2843  extracellular solute-binding protein  41.05 
 
 		 535 aa  393  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3524  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  43.03 
 
 		 534 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.413747  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3746  extracellular solute-binding protein family 5  40.74 
 
 		 513 aa  386  1e-106  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3168  extracellular solute-binding protein  42.42 
 
 		 534 aa  385  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0157  twin-arginine translocation pathway signal  38.74 
 
 		 545 aa  352  1e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.695568  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0249  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  38.54 
 
 		 545 aa  349  8e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0058  extracellular solute-binding protein  37.38 
 
 		 539 aa  343  5.999999999999999e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3699  extracellular solute-binding protein  38.13 
 
 		 527 aa  336  7e-91  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6591  extracellular solute-binding protein  38.91 
 
 		 540 aa  336  7e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.476219 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6354  extracellular solute-binding protein  36.55 
 
 		 527 aa  335  1e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6057  extracellular solute-binding protein  36.34 
 
 		 527 aa  333  4e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.195883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1922  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  37.33 
 
 		 535 aa  333  6e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.92103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6444  twin-arginine translocation pathway signal  36.34 
 
 		 527 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6277  extracellular solute-binding protein  36.34 
 
 		 527 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0281814  normal  0.114415 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6679  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component  36.34 
 
 		 527 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1495  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  37.47 
 
 		 538 aa  332  8e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.045715  hitchhiker  0.00127227 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5666  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  36.14 
 
 		 537 aa  332  1e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3074  extracellular solute-binding protein  36.27 
 
 		 536 aa  331  2e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0483936 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0786  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.4 
 
 		 526 aa  327  3e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6090  extracellular solute-binding protein family 5  35.96 
 
 		 538 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.194048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4961  extracellular solute-binding protein  37.65 
 
 		 537 aa  327  4.0000000000000003e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  normal  0.0265573 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5634  extracellular solute-binding protein family 5  36.94 
 
 		 540 aa  325  8.000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1543  extracellular solute-binding protein family 5  39.31 
 
 		 513 aa  323  5e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.397228  normal  0.410252 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5006  extracellular solute-binding protein family 5  36.75 
 
 		 536 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.264167 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2187  extracellular solute-binding protein  35.85 
 
 		 519 aa  320  3.9999999999999996e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.843737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2914  extracellular solute-binding protein family 5  35.5 
 
 		 537 aa  319  6e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2945  extracellular solute-binding protein  36.54 
 
 		 509 aa  316  6e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5594  extracellular solute-binding protein  36.75 
 
 		 535 aa  316  6e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459863  normal  0.392289 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5304  extracellular solute-binding protein family 5  35.94 
 
 		 536 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.85757 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16230  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  34.4 
 
 		 516 aa  254  2.0000000000000002e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.884302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3635  extracellular solute-binding protein  30.28 
 
 		 515 aa  227  4e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.014259  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  32.38 
 
 		 516 aa  218  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0953  extracellular solute-binding protein family 5  31.04 
 
 		 532 aa  205  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0558  extracellular solute-binding protein  30.26 
 
 		 561 aa  204  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.760139  hitchhiker  0.00152331 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1086  extracellular solute-binding protein  29.05 
 
 		 523 aa  198  2.0000000000000003e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2105  extracellular solute-binding protein family 5  30.65 
 
 		 538 aa  192  2e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0251373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1749  extracellular solute-binding protein family 5  29.73 
 
 		 538 aa  187  3e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.483604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3175  extracellular solute-binding protein family 5  30.51 
 
 		 554 aa  184  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000918408 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0790  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  30.66 
 
 		 554 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3332  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 		 517 aa  180  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0576  extracellular solute-binding protein family 5  30.13 
 
 		 533 aa  179  1e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5589  extracellular solute-binding protein  30.55 
 
 		 513 aa  178  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.333853 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3338  extracellular solute-binding protein  29.76 
 
 		 524 aa  176  9e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.165624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3559  extracellular solute-binding protein  32.16 
 
 		 526 aa  172  1e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.43971  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5692  extracellular solute-binding protein family 5  27.01 
 
 		 555 aa  167  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2078  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 		 550 aa  159  1e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0155484  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3756  putative peptide ABC transporter, substrate- binding protein  28.04 
 
 		 514 aa  155  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0279615  normal  0.332846 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2375  twin-arginine translocation pathway signal  28.94 
 
 		 514 aa  154  4e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2073  extracellular solute-binding protein  28.19 
 
 		 517 aa  152  2e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.610417  normal  0.462432 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2653  extracellular solute-binding protein  29.53 
 
 		 517 aa  149  1.0000000000000001e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.0051152  normal  0.33796 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0112  extracellular solute-binding protein family 5  27.21 
 
 		 524 aa  149  2.0000000000000003e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.214652  normal  0.175509 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  27.39 
 
 		 502 aa  145  1e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1039  extracellular solute-binding protein family 5  26.3 
 
 		 503 aa  141  3e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.78614  normal  0.0480029 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2156  extracellular solute-binding protein  28.77 
 
 		 543 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.470572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1360  extracellular solute-binding protein  29.02 
 
 		 543 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0151381 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3973  extracellular solute-binding protein family 5  29.23 
 
 		 505 aa  137  4e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617507  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1961  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  27.42 
 
 		 513 aa  137  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.386989 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  26.58 
 
 		 521 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.58 
 
 		 521 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  26.08 
 
 		 521 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  26.58 
 
 		 521 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 		 521 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  28.86 
 
 		 532 aa  134  3.9999999999999996e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  26.02 
 
 		 505 aa  133  9e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 		 549 aa  132  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3907  extracellular solute-binding protein family 5  25.89 
 
 		 535 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0939  extracellular solute-binding protein  27.23 
 
 		 517 aa  129  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  25.92 
 
 		 509 aa  128  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4103  extracellular solute-binding protein family 5  27.25 
 
 		 502 aa  127  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  25.83 
 
 		 535 aa  126  9e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  25.83 
 
 		 535 aa  126  9e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  25.83 
 
 		 535 aa  126  9e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  25.83 
 
 		 535 aa  126  9e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  25.83 
 
 		 535 aa  126  9e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  25.83 
 
 		 535 aa  126  9e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  25.83 
 
 		 535 aa  126  9e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  25.62 
 
 		 535 aa  125  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  24.62 
 
 		 541 aa  126  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0960  extracellular solute-binding protein family 5  24.85 
 
 		 547 aa  125  2e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0877  4-phytase  24.84 
 
 		 460 aa  125  3e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1605  extracellular solute-binding protein  27.46 
 
 		 595 aa  124  3e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  27.51 
 
 		 519 aa  125  3e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2411  extracellular solute-binding protein family 5  26.3 
 
 		 531 aa  124  4e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.334082  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>