More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5067 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_5067  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 226 aa  449  1e-125  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.722709 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4090  GntR family transcriptional regulator  44.84 
 
 		 224 aa  194  8.000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5836  GntR family transcriptional regulator  45.54 
 
 		 230 aa  194  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2752  GntR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 240 aa  175  5e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.868488 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4726  transcriptional regulator, GntR family  43.33 
 
 		 277 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0963465  normal  0.842406 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4499  GntR family transcriptional regulator  42.99 
 
 		 239 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.928158  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2973  GntR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 248 aa  169  3e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.010833  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 227 aa  159  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000893003  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1040  transcriptional regulator, GntR family  39.05 
 
 		 228 aa  156  3e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3567  GntR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 228 aa  154  7e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0806  transcriptional regulator, GntR family  39.05 
 
 		 228 aa  154  9e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  42.99 
 
 		 234 aa  152  4e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3891  transcriptional regulator GntR family  38.97 
 
 		 231 aa  152  5e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.556155  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2639  transcriptional regulator, GntR family  39.05 
 
 		 228 aa  151  7e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.995505  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1625  GntR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 228 aa  150  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000899292  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01499  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.65 
 
 		 228 aa  149  5e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2105  transcriptional regulator, GntR family  34.65 
 
 		 228 aa  149  5e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.45704e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01510  hypothetical protein  34.65 
 
 		 228 aa  149  5e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000749692  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1749  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 228 aa  149  5e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000222448  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2118  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 228 aa  149  5e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000151748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1630  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 228 aa  149  5e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.79226e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2156  transcriptional regulator, GntR family  34.65 
 
 		 228 aa  149  5e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000156729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1938  GntR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 228 aa  148  7e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1266  transcriptional regulator, GntR family  38.57 
 
 		 228 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1700  transcriptional regulator, GntR family  34.21 
 
 		 228 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000855657  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5712  transcriptional regulator, GntR family  37.44 
 
 		 231 aa  142  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.222073  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5239  GntR family transcriptional regulator  41.59 
 
 		 227 aa  142  5e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.624054 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1622  GntR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 228 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.62397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2413  GntR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 238 aa  137  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224265  normal  0.351453 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0489  GntR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 238 aa  136  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1681  GntR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 228 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1613  transcriptional regulator, GntR family  36.67 
 
 		 228 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.419265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2140  GntR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 238 aa  136  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0432435  normal  0.768948 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1661  transcriptional regulator, GntR family  36.67 
 
 		 228 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.022131  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1827  GntR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 228 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000849458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1001  transcriptional regulator, GntR family  38.6 
 
 		 241 aa  135  5e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0721326 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5841  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 225 aa  133  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 228 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0813  GntR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 257 aa  132  5e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0763  GntR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 261 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  34.23 
 
 		 234 aa  129  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4057  transcriptional regulator, GntR family  31.13 
 
 		 227 aa  126  3e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 255 aa  126  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1747  GntR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 226 aa  124  9e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0442594  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4032  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 234 aa  124  9e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2702  transcriptional regulator, GntR family  32.09 
 
 		 232 aa  124  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1127  GntR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 265 aa  124  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1047  transcriptional regulator, GntR family  34.11 
 
 		 230 aa  124  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1076  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 222 aa  122  5e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.928588  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2122  GntR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 241 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154991  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6001  transcriptional regulator, GntR family  34.26 
 
 		 240 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4056  transcriptional regulator, GntR family  26.51 
 
 		 231 aa  116  3e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1861  GntR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 264 aa  115  3.9999999999999997e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3275  transcriptional regulator, GntR family  34.84 
 
 		 242 aa  115  5e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.906073 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  31.94 
 
 		 229 aa  115  5e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4468  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 229 aa  115  6e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0535  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 237 aa  114  7.999999999999999e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.150614  normal  0.571261 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6491  transcriptional regulator, GntR family  35.19 
 
 		 239 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2127  transcriptional regulator, GntR family  34.58 
 
 		 257 aa  112  6e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2295  GntR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 241 aa  110  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000972767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1700  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 238 aa  109  4.0000000000000004e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00690032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5133  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 243 aa  108  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0058  transcriptional regulator, GntR family  32.27 
 
 		 234 aa  108  7.000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4600  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 245 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0583861  normal  0.697255 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02430  transcriptional regulator, GntR family  34.27 
 
 		 237 aa  107  1e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0732513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2107  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 244 aa  107  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0604546  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6243  transcriptional regulator, GntR family  31.19 
 
 		 234 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.794552 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3764  GntR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 232 aa  107  2e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.227003  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3213  GntR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 284 aa  105  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 214 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0479  transcriptional regulator, GntR family  36.6 
 
 		 265 aa  105  6e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 227 aa  105  8e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 225 aa  103  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0509  GntR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 255 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.223436  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2000  GntR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 241 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0216224  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2095  GntR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 241 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0767  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 255 aa  102  5e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.933117  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 235 aa  102  6e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1647  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 241 aa  101  7e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0582  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 241 aa  101  7e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.414159  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0693  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 241 aa  101  7e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162672  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0483  transcriptional regulator, GntR family  29.08 
 
 		 227 aa  100  1e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  31.25 
 
 		 225 aa  100  1e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3193  transcriptional regulator, GntR family  27.01 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.367816  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 230 aa  99.8  3e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  34.03 
 
 		 237 aa  98.6  7e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 222 aa  98.6  8e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5061  transcriptional regulator GntR family  29.82 
 
 		 234 aa  97.1  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1615  transcriptional regulator, GntR family  27.92 
 
 		 230 aa  95.5  6e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000356607  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  27.94 
 
 		 229 aa  95.1  7e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4469  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 228 aa  95.1  8e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  27.94 
 
 		 229 aa  93.6  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 234 aa  93.2  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3711  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 228 aa  93.2  3e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  28.92 
 
 		 226 aa  93.2  3e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28010  transcriptional regulator, GntR family  30.48 
 
 		 219 aa  92.4  6e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0384037  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5061  transcriptional regulator, GntR family  36.49 
 
 		 236 aa  91.3  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000035042  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2043  transcriptional regulator, GntR family  24.39 
 
 		 235 aa  91.3  1e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000225663  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5600  transcriptional regulator, GntR family  30.81 
 
 		 228 aa  90.9  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 219 aa  90.9  1e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>