86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4929 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4929  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  100 
 
 
304 aa  595  1e-169  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.876987  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0545  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  53.14 
 
 
305 aa  293  3e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0502  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  54.46 
 
 
304 aa  292  4e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0437  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  53.85 
 
 
306 aa  278  8e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.282001 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2068  2-keto-3-deoxygalactonate kinase  49.32 
 
 
309 aa  252  4.0000000000000004e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.195031 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2872  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  43.18 
 
 
324 aa  228  1e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.578568 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0939  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  44.52 
 
 
309 aa  226  5.0000000000000005e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.340074  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0881  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  44.52 
 
 
309 aa  226  5.0000000000000005e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0845  2-keto-3-deoxygalactonate kinase  43.14 
 
 
305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.492192  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1422  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  43.19 
 
 
309 aa  206  3e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3914  2-dehydro-3-deoxygalactonate kinase  39.15 
 
 
284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0112503  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3614  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  39.39 
 
 
307 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0743  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  37.76 
 
 
299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3833  2-keto-3-deoxygalactonate kinase  38.89 
 
 
303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.516302  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3489  2-keto-3-deoxygalactonate kinase  35.64 
 
 
304 aa  162  8.000000000000001e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.770772 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2598  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  39.58 
 
 
296 aa  159  5e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0028  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  37.42 
 
 
307 aa  152  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00123  2-oxo-3-deoxygalactonate kinase  37.81 
 
 
292 aa  150  4e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.117441  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0392  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  39.07 
 
 
328 aa  149  5e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.402341 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0038  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  38.93 
 
 
307 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1242  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  36.95 
 
 
298 aa  139  6e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.502361  normal  0.183094 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1371  2-keto-3-deoxygalactonate kinase  39.27 
 
 
307 aa  139  6e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2748  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  42.03 
 
 
300 aa  138  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2605  2-keto-3-deoxygalactonate kinase  34.87 
 
 
302 aa  135  6.0000000000000005e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0042  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  33.9 
 
 
297 aa  134  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.351596 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4125  2-keto-3-deoxygalactonate kinase  37.59 
 
 
329 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.505866  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03672  hypothetical protein  32.92 
 
 
334 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03723  putative conserved protein  32.92 
 
 
334 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4213  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  32.92 
 
 
334 aa  133  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00226475 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4620  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  36.71 
 
 
295 aa  134  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0235772 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0543  2-keto-3-deoxygalactonate kinase  36.36 
 
 
354 aa  132  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3534  2-keto-3-deoxygalactonate kinase  34.48 
 
 
295 aa  132  9e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.254637 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0023  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  32.65 
 
 
298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1987  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  36.88 
 
 
334 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.021694 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1097  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  32.76 
 
 
292 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3414  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  36.71 
 
 
350 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.302272  normal  0.341449 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3594  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  34.03 
 
 
324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.943632  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4163  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  34.47 
 
 
292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.824257 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3530  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  28 
 
 
318 aa  127  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0007  2-keto-3-deoxygalactonate kinase  33.79 
 
 
292 aa  127  3e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1287  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  33.11 
 
 
316 aa  126  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0108847 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4221  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  34.23 
 
 
292 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4114  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  34.56 
 
 
292 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2618  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  35.69 
 
 
346 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3690  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  34.5 
 
 
302 aa  123  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3954  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  31.99 
 
 
334 aa  122  5e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.940601 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2177  2-dehydro-3-deoxygalactonate kinase  35.5 
 
 
334 aa  122  8e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.075101  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4804  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  35.11 
 
 
293 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0138053  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6031  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  36.82 
 
 
303 aa  121  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0444196  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03521  hypothetical protein  31.72 
 
 
292 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.225897  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03577  2-oxo-3-deoxygalactonate kinase  31.72 
 
 
292 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.268831  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4059  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  32.07 
 
 
292 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4203  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  31.72 
 
 
292 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2012  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  30.92 
 
 
319 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.975056  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0009  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  31.72 
 
 
292 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0009  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  31.72 
 
 
292 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2246  2-keto-3-deoxygalactonate kinase  35.86 
 
 
350 aa  120  3e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.279182  hitchhiker  0.00000435705 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51340  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  33.02 
 
 
322 aa  119  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.266057  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3906  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  31.38 
 
 
292 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0543  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  34.16 
 
 
341 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.436571  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2767  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  35.25 
 
 
341 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.922315 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0519  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  34.16 
 
 
341 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3665  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  29.14 
 
 
315 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000857364  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0898  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  29.64 
 
 
353 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.80443  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0937  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  31.93 
 
 
296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0962  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  31.93 
 
 
296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0054  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  34.69 
 
 
292 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6942  2-keto-3-deoxygalactonate kinase  35.5 
 
 
380 aa  112  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000967621  normal  0.967512 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3700  2-keto-3-deoxygalactonate kinase  33.33 
 
 
341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.148027  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0135  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  33.11 
 
 
341 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0150281  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0618  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  33.11 
 
 
341 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.313039  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0586  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  32.89 
 
 
341 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0942826  normal  0.0399726 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0949  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  31.85 
 
 
351 aa  107  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1015  2-keto-3-deoxy-galactonokinase  30.25 
 
 
335 aa  106  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.174536  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1176  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  35.07 
 
 
337 aa  105  9e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2489  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  33.66 
 
 
337 aa  103  5e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3296  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  33.66 
 
 
337 aa  103  5e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1269  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  33.66 
 
 
337 aa  103  5e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0409  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  33.66 
 
 
337 aa  103  5e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.970472  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3488  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  33.66 
 
 
337 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3489  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  34.34 
 
 
337 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3451  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase  34.34 
 
 
337 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.531643  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2759  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase protein  28.26 
 
 
331 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.245127  normal  0.540885 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3778  putative 2-dehydro-3-deoxygalactonokinase protein  28.14 
 
 
345 aa  53.9  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.585219 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2998  putative 2-dehydro-3-deoxygalactonokinase protein  25.91 
 
 
337 aa  53.5  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.296432  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2588  2-dehydro-3-deoxygalactonokinase protein  25.91 
 
 
337 aa  53.5  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>