More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4917 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4917  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 184 aa  367  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1480  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 198 aa  148  5e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 201 aa  128  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  40.11 
 
 		 199 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  40.11 
 
 		 199 aa  125  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 199 aa  125  5e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  36.96 
 
 		 199 aa  117  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  36.41 
 
 		 199 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2181  Cro/CI family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 184 aa  115  5e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3556  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 184 aa  114  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.427188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1846  XRE family transcriptional regulator  42.2 
 
 		 183 aa  114  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677123  hitchhiker  0.00632075 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  36.81 
 
 		 197 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2635  XRE family transcriptional regulator  40.11 
 
 		 185 aa  110  8.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1788  XRE family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 184 aa  110  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3720  XRE family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 200 aa  107  9.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.310668  normal  0.0265405 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0638  putative transcriptional regulator  37.78 
 
 		 184 aa  106  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  32.97 
 
 		 192 aa  104  8e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1784  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 184 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4807  XRE family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 185 aa  103  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.730727  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0803  XRE family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 185 aa  103  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.215741  normal  0.130979 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5384  XRE family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 185 aa  102  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.840154  normal  0.424249 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2177  transcriptional regulator, putative  37.14 
 
 		 184 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4902  XRE family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 185 aa  102  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.634753 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3464  XRE family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 185 aa  102  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4279  XRE family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 185 aa  102  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.195081 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06970  Cro/CI family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 184 aa  102  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3560  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 184 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.444346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 178 aa  94.4  9e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  32.77 
 
 		 188 aa  88.2  5e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 176 aa  88.6  5e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 292 aa  87.4  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  32.97 
 
 		 204 aa  86.7  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 199 aa  85.5  4e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2836  DNA-binding protein  32.79 
 
 		 184 aa  85.1  5e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000716748  hitchhiker  0.00000000374058 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  33.88 
 
 		 192 aa  84.7  6e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  31.49 
 
 		 205 aa  84.7  7e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3586  XRE family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 207 aa  84  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.101767 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  32.24 
 
 		 201 aa  82.8  0.000000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 203 aa  82  0.000000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  28.96 
 
 		 188 aa  80.9  0.000000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0188  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 229 aa  80.1  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.054457 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1044  XRE family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 212 aa  79.3  0.00000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0507985  normal  0.081223 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  26.6 
 
 		 188 aa  79.3  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  28.57 
 
 		 181 aa  78.2  0.00000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  31.32 
 
 		 179 aa  78.2  0.00000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  30.27 
 
 		 225 aa  77.8  0.00000000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5929  XRE family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 202 aa  77.8  0.00000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.828276  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 181 aa  77.4  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0361  XRE family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 205 aa  77  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  28.02 
 
 		 181 aa  77  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  33.51 
 
 		 182 aa  77.4  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 181 aa  77.4  0.0000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1027  XRE family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 223 aa  77.4  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.944907 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 181 aa  77  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 179 aa  76.6  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1441  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 227 aa  76.3  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0636175 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  28.02 
 
 		 181 aa  76.6  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  29.21 
 
 		 211 aa  76.3  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  28.02 
 
 		 181 aa  76.3  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  28.02 
 
 		 181 aa  76.3  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  28.57 
 
 		 180 aa  75.9  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  27.47 
 
 		 201 aa  76.3  0.0000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 182 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 211 aa  75.9  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 211 aa  75.9  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  30.22 
 
 		 191 aa  75.5  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  27.47 
 
 		 181 aa  74.7  0.0000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  27.47 
 
 		 181 aa  74.7  0.0000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5613  transcriptional regulator, MerR family  32.4 
 
 		 283 aa  74.7  0.0000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.395167  normal  0.0913658 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  29.12 
 
 		 191 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 182 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  31.67 
 
 		 202 aa  73.9  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2222  DNA-binding protein  31.11 
 
 		 179 aa  73.6  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.05 
 
 		 199 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  28.8 
 
 		 180 aa  73.2  0.000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4357  transcriptional regulator, MerR family  32.42 
 
 		 269 aa  72.8  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00580847 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0715  transcriptional regulator, XRE family  29.05 
 
 		 187 aa  72.8  0.000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.39864  normal  0.0327391 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 182 aa  72.4  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1721  XRE family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 201 aa  72.8  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4027  transcriptional regulator, MerR family  32.09 
 
 		 269 aa  72.4  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16550  predicted transcriptional regulator  30.11 
 
 		 204 aa  72.4  0.000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.45133 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  29.05 
 
 		 199 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 179 aa  72.4  0.000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 181 aa  72  0.000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1934  DNA-binding protein  30.56 
 
 		 179 aa  71.6  0.000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47950  Cupin, RmlC-type protein  29.35 
 
 		 182 aa  70.9  0.000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  26.92 
 
 		 182 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1729  transcriptional regulator, XRE family  29.51 
 
 		 195 aa  70.5  0.00000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.114176  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  28.88 
 
 		 194 aa  70.1  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 191 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2366  transcriptional regulator, XRE family  28.11 
 
 		 184 aa  70.5  0.00000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 182 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 182 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 182 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 182 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 205 aa  69.7  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 189 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>