More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4897 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4897  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  100 
 
 
410 aa  852    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.71235 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4137  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  49.01 
 
 
430 aa  418  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0338  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  48.54 
 
 
430 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000696422  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0315  Rieske (2Fe-2S) domain protein  48.64 
 
 
430 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.276992  decreased coverage  0.0000264373 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6197  putative ring hydroxylating dioxygenase, alpha-subunit  48.4 
 
 
429 aa  408  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4029  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  47.1 
 
 
427 aa  409  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4892  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  48.54 
 
 
430 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00139713  normal  0.55904 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1004  Rieske (2Fe-2S) protein  49.75 
 
 
445 aa  409  1e-113  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0336  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  48.64 
 
 
430 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0008982  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71410  putative ring hydroxylating dioxygenase, alpha-subunit  48.4 
 
 
429 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.306543  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4776  Rieske [2Fe-2S] region  48.64 
 
 
432 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.115011 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5216  Rieske (2Fe-2S) region  48.99 
 
 
430 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.168663  normal  0.0108823 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1578  iron-sulphur Rieske protein  44.71 
 
 
437 aa  402  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0401  iron-sulfur cluster-binding protein, Rieske family  49.12 
 
 
410 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0142061  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5979  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  50 
 
 
412 aa  399  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.448623 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3553  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  46.7 
 
 
413 aa  395  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1861  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  46.19 
 
 
413 aa  395  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.523473  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5070  Rieske (2Fe-2S) domain protein  43.27 
 
 
437 aa  394  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.192805  hitchhiker  0.00646968 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0478  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  45.95 
 
 
413 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4815  Rieske (2Fe-2S) region  45.7 
 
 
413 aa  393  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2115  iron-sulphur Rieske protein  45.95 
 
 
413 aa  392  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0999  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  45.95 
 
 
422 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75168  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1972  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  45.95 
 
 
422 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0635134  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0703  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  45.95 
 
 
422 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.917605  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0835  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  45.95 
 
 
422 aa  392  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0747  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  45.95 
 
 
422 aa  392  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.239242  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0597  Rieske (2Fe-2S) domain protein  48.19 
 
 
414 aa  390  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.0052075  normal  0.773983 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3978  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit  49.51 
 
 
410 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229993  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0578  Rieske (2Fe-2S) protein  46.06 
 
 
413 aa  389  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5015  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  45.95 
 
 
413 aa  388  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.277088  normal  0.658452 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2666  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  46.25 
 
 
424 aa  390  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0911716  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4490  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  45.95 
 
 
413 aa  388  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.400487  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0549  Rieske (2Fe-2S) domain protein  47.95 
 
 
414 aa  391  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.369608  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1712  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  47.6 
 
 
415 aa  389  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.559203  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1461  Rieske 2Fe-2S family protein  47.3 
 
 
405 aa  386  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.583475  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3290  Rieske (2Fe-2S) region  45.95 
 
 
413 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5207  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  45.95 
 
 
413 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.114331  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0981  ring hydroxylating dioxygenase alpha-subunit  50.74 
 
 
429 aa  387  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.978274  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5078  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  45.95 
 
 
413 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.27977  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1416  Rieske 2Fe-2S family protein  47.55 
 
 
405 aa  388  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3062  iron-sulfur cluster-binding protein, rieske family  44.42 
 
 
416 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.476881  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4057  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  45.3 
 
 
421 aa  383  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.296927  normal  0.131227 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3219  Rieske (2Fe-2S) region  48.19 
 
 
408 aa  384  1e-105  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.201195  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1189  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  47.92 
 
 
450 aa  382  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02037  putative dioxygenase (alpha subunit) oxidoreductase protein  44.33 
 
 
414 aa  379  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.265627 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3296  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  45.02 
 
 
426 aa  381  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.166676  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0483  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  48.4 
 
 
414 aa  379  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3962  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  44.58 
 
 
423 aa  373  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.835969 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2832  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  47.23 
 
 
412 aa  374  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000525331  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3396  Rieske (2Fe-2S) domain protein  45.91 
 
 
419 aa  368  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.88681  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4003  Rieske (2Fe-2S) domain protein  44.47 
 
 
419 aa  362  9e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.11239  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4043  Rieske (2Fe-2S) domain protein  44.47 
 
 
419 aa  359  4e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.839195  normal  0.202366 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3748  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  44.23 
 
 
419 aa  359  5e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.219388 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1003  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  43.99 
 
 
423 aa  350  2e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.122707  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2476  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  44.75 
 
 
419 aa  350  2e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.75426 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0932  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  44.05 
 
 
418 aa  341  1e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.556495  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4845  Rieske (2Fe-2S) domain protein  41.71 
 
 
417 aa  329  6e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0260166 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5289  Rieske (2Fe-2S) domain protein  40.98 
 
 
417 aa  326  4.0000000000000003e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.54502  normal  0.0949615 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2853  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  41.83 
 
 
420 aa  322  6e-87  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.24822  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2069  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  40.45 
 
 
413 aa  315  8e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.76502  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3689  Rieske (2Fe-2S) domain protein  39.61 
 
 
434 aa  311  2e-83  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3714  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.9 
 
 
434 aa  308  1.0000000000000001e-82  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.162257  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6857  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.97 
 
 
418 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4621  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.02 
 
 
423 aa  248  2e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.252321  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3312  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.5 
 
 
408 aa  233  6e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3851  Rieske (2Fe-2S) protein  35.2 
 
 
374 aa  199  7e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0219002 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2498  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.07 
 
 
385 aa  196  7e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0242656  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18770  ring-hydroxylating dioxygenase, large terminal subunit  32.65 
 
 
380 aa  194  3e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.760818  normal  0.333095 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2893  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  34.29 
 
 
403 aa  193  5e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.045966  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2506  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.06 
 
 
385 aa  187  3e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.601093  normal  0.991153 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2461  Rieske (2Fe-2S) region  31.06 
 
 
385 aa  187  3e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.197522  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4010  Rieske (2Fe-2S) protein  30.65 
 
 
376 aa  177  2e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.514457 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3082  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.2 
 
 
373 aa  176  9.999999999999999e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.5055 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3044  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.08 
 
 
369 aa  172  9e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000332714 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2348  putative aromatic dioxygenase, large subunit  36.5 
 
 
424 aa  138  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2725  anthranilate 1,2-dioxygenase, large subunit  31.84 
 
 
464 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.790052  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0327  benzoate 1,2-dioxygenase, alpha subunit  30.79 
 
 
427 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32160  anthranilate dioxygenase large subunit  31.84 
 
 
464 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.243379  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1952  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.18 
 
 
376 aa  131  3e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2105  putative (poly)aromatic ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit (Rieske (2Fe-2S) region)  28.41 
 
 
427 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2156  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.33 
 
 
427 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1761  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.01 
 
 
470 aa  130  5.0000000000000004e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.104126 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2368  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  34.13 
 
 
449 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5836  Rieske (2Fe-2S) region  34.15 
 
 
373 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5079  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.15 
 
 
448 aa  127  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.253861 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4003  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  26.63 
 
 
383 aa  127  4.0000000000000003e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3864  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.84 
 
 
492 aa  127  4.0000000000000003e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3619  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.43 
 
 
427 aa  127  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0164916  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3901  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.14 
 
 
427 aa  126  6e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.812744 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.14 
 
 
427 aa  126  7e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.569805  normal  0.872686 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2209  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.17 
 
 
427 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7702  putative dioxygenase  34.78 
 
 
380 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7447  Rieske (2Fe-2S) domain protein  27.25 
 
 
398 aa  125  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.857744 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2455  Rieske (2Fe-2S) protein  33.81 
 
 
388 aa  125  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3814  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.35 
 
 
430 aa  124  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.387965  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3525  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.86 
 
 
427 aa  125  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0996141 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1324  benzoate 1,2-dioxygenase, large subunit  33.82 
 
 
442 aa  124  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0648485 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3895  ring hydroxylating dioxygenase, Rieske (2Fe-2S) protein  33.66 
 
 
423 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2496  ring hydroxylating dioxygenase, alpha subunit/Rieske (2Fe-2S) protein  28.29 
 
 
427 aa  123  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0124288  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0538  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.1 
 
 
432 aa  123  5e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0332131  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>