More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4891 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4891  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 520 aa  1080    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.862065  normal  0.74496 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2250  AMP-dependent synthetase and ligase  59.59 
 
 		 538 aa  610  1e-173  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0779  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.77 
 
 		 518 aa  360  4e-98  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.746675  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.93 
 
 		 519 aa  356  3.9999999999999996e-97  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0927  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.57 
 
 		 518 aa  354  2e-96  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1052  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.31 
 
 		 518 aa  353  4e-96  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0965  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.74 
 
 		 518 aa  353  4e-96  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.15 
 
 		 518 aa  351  2e-95  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000650953 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.02 
 
 		 524 aa  345  1e-93  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0707  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.2 
 
 		 518 aa  345  1e-93  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.413153  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2089  AMP-dependent synthetase and ligase  38.45 
 
 		 530 aa  344  2e-93  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0965  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.43 
 
 		 518 aa  339  8e-92  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0778  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.43 
 
 		 518 aa  339  8e-92  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0832  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.43 
 
 		 518 aa  338  1.9999999999999998e-91  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0779  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.2 
 
 		 518 aa  338  1.9999999999999998e-91  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0876  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.43 
 
 		 518 aa  338  1.9999999999999998e-91  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3722  AMP-dependent synthetase and ligase  38.12 
 
 		 511 aa  325  1e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  38.73 
 
 		 520 aa  323  4e-87  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  38.61 
 
 		 532 aa  317  5e-85  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  37.29 
 
 		 516 aa  317  5e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3917  AMP-dependent synthetase and ligase  37.19 
 
 		 521 aa  312  9e-84  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.287192  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08640  acyl-CoA synthetase  36.83 
 
 		 516 aa  312  1e-83  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.310549  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  37.92 
 
 		 503 aa  311  2e-83  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0671  AMP-dependent synthetase and ligase  36.97 
 
 		 517 aa  309  6.999999999999999e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.251823  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  36.87 
 
 		 499 aa  308  2.0000000000000002e-82  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5887  AMP-dependent synthetase and ligase  37.91 
 
 		 517 aa  306  5.0000000000000004e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0385595  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2351  acyl-CoA synthetase  35.24 
 
 		 517 aa  305  1.0000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.197387  normal  0.399216 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  35.85 
 
 		 520 aa  305  1.0000000000000001e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  38.61 
 
 		 525 aa  303  4.0000000000000003e-81  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  37.14 
 
 		 525 aa  303  7.000000000000001e-81  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2377  AMP-dependent synthetase and ligase  38 
 
 		 530 aa  301  2e-80  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.581612  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0894  acyl-CoA synthetase  37.6 
 
 		 520 aa  300  3e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.493906  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1747  AMP-dependent synthetase and ligase  37.21 
 
 		 517 aa  300  4e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0642  acyl-CoA synthetase  37.64 
 
 		 529 aa  300  5e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.95301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.17 
 
 		 514 aa  298  2e-79  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.96 
 
 		 556 aa  297  2e-79  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.96 
 
 		 556 aa  297  2e-79  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.96 
 
 		 556 aa  297  2e-79  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  36.1 
 
 		 511 aa  296  4e-79  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  36.61 
 
 		 1043 aa  296  5e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  35.11 
 
 		 518 aa  295  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  36.36 
 
 		 505 aa  294  2e-78  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2182  AMP-dependent synthetase and ligase  35.51 
 
 		 525 aa  293  3e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1789  acyl-CoA synthetase  34.17 
 
 		 496 aa  293  4e-78  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0554946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1928  acyl-CoA synthetase  34.17 
 
 		 496 aa  293  4e-78  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.132163  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  35.52 
 
 		 515 aa  293  7e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  34.96 
 
 		 509 aa  292  9e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1964  acyl-CoA synthetase  34.17 
 
 		 496 aa  290  4e-77  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000141031 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.33 
 
 		 512 aa  289  8e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1746  acyl-CoA synthetase  33.98 
 
 		 496 aa  288  2e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2076  long-chain-fatty acid CoA ligase  34.93 
 
 		 525 aa  288  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.490936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2523  AMP-dependent synthetase and ligase  37.18 
 
 		 522 aa  288  2e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  36.96 
 
 		 509 aa  288  2e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4726  AMP-dependent synthetase and ligase  37.13 
 
 		 519 aa  287  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.670318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7494  acyl-CoA synthetase  37.26 
 
 		 521 aa  286  7e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.489378  normal  0.204527 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  35.28 
 
 		 524 aa  286  8e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1604  AMP-dependent synthetase and ligase  37.3 
 
 		 540 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  35.61 
 
 		 515 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19550  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  34.48 
 
 		 533 aa  284  3.0000000000000004e-75  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0843  acyl-CoA synthetase  36.33 
 
 		 513 aa  284  3.0000000000000004e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.333452  normal  0.193709 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  35.81 
 
 		 522 aa  283  4.0000000000000003e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3299  AMP-dependent synthetase and ligase  35.9 
 
 		 516 aa  283  5.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.1049  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  36.75 
 
 		 508 aa  283  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  34.04 
 
 		 512 aa  283  7.000000000000001e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  35.55 
 
 		 508 aa  282  9e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2406  AMP-dependent synthetase and ligase  36.28 
 
 		 509 aa  281  2e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0466191 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  36.71 
 
 		 520 aa  281  2e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  34.17 
 
 		 515 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0415  AMP-dependent synthetase and ligase  37.14 
 
 		 620 aa  280  3e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.784497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4325  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.8 
 
 		 534 aa  281  3e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641194 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  35.32 
 
 		 492 aa  280  4e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  34.91 
 
 		 509 aa  280  6e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1304  AMP-dependent synthetase and ligase  36.88 
 
 		 513 aa  280  6e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.132381  normal  0.169508 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  36.84 
 
 		 511 aa  279  7e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  36.63 
 
 		 518 aa  279  9e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  36.35 
 
 		 518 aa  279  1e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  35.58 
 
 		 518 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  34.3 
 
 		 521 aa  277  3e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4472  AMP-dependent synthetase and ligase  34.91 
 
 		 517 aa  277  3e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.99 
 
 		 529 aa  277  4e-73  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13106  fatty-acid-CoA ligase fadD13  35.56 
 
 		 503 aa  277  4e-73  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4684  AMP-dependent synthetase and ligase  37.33 
 
 		 526 aa  276  5e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  34.41 
 
 		 551 aa  276  6e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  36.15 
 
 		 518 aa  276  6e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3129  AMP-dependent synthetase and ligase  35.64 
 
 		 534 aa  276  7e-73  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.1 
 
 		 510 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0851  AMP-dependent synthetase and ligase  34.04 
 
 		 517 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.422198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6670  AMP-dependent synthetase and ligase  35.47 
 
 		 530 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.726703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10167  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.31 
 
 		 554 aa  275  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  36.02 
 
 		 518 aa  275  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  35.21 
 
 		 508 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.67 
 
 		 510 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.67 
 
 		 510 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.67 
 
 		 510 aa  273  5.000000000000001e-72  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4181  AMP-dependent synthetase and ligase  36.58 
 
 		 527 aa  273  5.000000000000001e-72  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.64 
 
 		 510 aa  273  5.000000000000001e-72  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.67 
 
 		 510 aa  273  5.000000000000001e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  35.56 
 
 		 519 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.48 
 
 		 510 aa  273  7e-72  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 		 515 aa  273  7e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>