More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4881 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4881  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  100 
 
 
333 aa  671    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.730601  normal  0.999131 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2108  extracellular solute-binding protein  62.3 
 
 
341 aa  397  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3333  extracellular solute-binding protein  58.7 
 
 
341 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.686225  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2255  NMT1/THI5 like domain protein  61.54 
 
 
340 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.387928  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6066  ABC transporter substrate-binding protein  57.14 
 
 
342 aa  374  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2748  extracellular solute-binding protein  41.64 
 
 
340 aa  260  3e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.715028  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3279  hypothetical protein  40.8 
 
 
332 aa  256  5e-67  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000646762  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1198  signal peptide protein  41.94 
 
 
349 aa  249  4e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1042  NMT1/THI5 like domain protein  40.61 
 
 
349 aa  248  1e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.778479 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1964  NMT1/THI5-like domain-containing protein  42.73 
 
 
344 aa  246  3e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1134  NMT1/THI5 like domain protein  40.3 
 
 
349 aa  246  4e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0977895  normal  0.576381 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2334  putative signal peptide protein  39.64 
 
 
344 aa  237  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3213  NMT1/THI5-like domain-containing protein  38.24 
 
 
338 aa  236  4e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581977  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1390  NMT1/THI5 like domain protein  41.27 
 
 
346 aa  235  7e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.530017  hitchhiker  0.00234319 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3589  NMT1/THI5-like domain-containing protein  38.68 
 
 
346 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2272  putative signal peptide protein  39.87 
 
 
349 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.863816  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2122  extracellular solute-binding protein  40.97 
 
 
347 aa  233  4.0000000000000004e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0485775  normal  0.0522703 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0284  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  37.42 
 
 
346 aa  231  1e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2105  extracellular solute-binding protein  41.1 
 
 
347 aa  231  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4038  NMT1/THI5 like domain protein  38.8 
 
 
356 aa  230  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1830  NMT1/THI5 like domain protein  41.5 
 
 
345 aa  229  5e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223893  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2357  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.5 
 
 
345 aa  229  5e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0182931  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3159  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.31 
 
 
346 aa  228  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.338207 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0955  NMT1/THI5-like domain-containing protein  40.25 
 
 
345 aa  226  3e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4150  NMT1/THI5 like domain protein  40.67 
 
 
334 aa  223  4e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4038  NMT1/THI5 like domain protein  40.67 
 
 
334 aa  223  4e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21044  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3391  putative signal peptide protein  37.85 
 
 
328 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3959  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.43 
 
 
336 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1431  extracellular solute-binding protein  38.66 
 
 
332 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2680  hypothetical protein  37.72 
 
 
364 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254313  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4035  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate family transporter, periplasmic ligand binding protein  37.7 
 
 
339 aa  217  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3272  hypothetical protein  37.72 
 
 
337 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1855  hypothetical protein  37.72 
 
 
337 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0945611  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0251  hypothetical protein  37.72 
 
 
337 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.368343  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0038  hypothetical protein  37.72 
 
 
337 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0038  hypothetical protein  37.72 
 
 
337 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2697  hypothetical protein  37.72 
 
 
337 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1057  extracellular solute-binding protein family 3  38.03 
 
 
332 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227515  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0495  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.95 
 
 
339 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106589  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0035  hypothetical protein  37.31 
 
 
337 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1529  putative substrate-binding component of ABC transporter  38.2 
 
 
348 aa  214  1.9999999999999998e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1460  twin-arginine translocation pathway signal  38.69 
 
 
348 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00145692  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5343  putative ABC transporter, substrate-binding protein  38.96 
 
 
337 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.524159 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2258  NMT1/THI5 like domain protein  38.46 
 
 
340 aa  209  4e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0036  NMT1/THI5-like domain-containing protein  37.29 
 
 
334 aa  207  1e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5063  putative ABC transporter, substrate-binding protein  37.12 
 
 
337 aa  206  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3116  ABC transporter, substrate-binding protein  36.56 
 
 
336 aa  204  1e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.60563  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3218  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  36.18 
 
 
334 aa  202  5e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.732027 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3512  NMT1/THI5-like domain-containing protein  34.97 
 
 
345 aa  202  7e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3280  putative signal peptide protein  34.95 
 
 
349 aa  202  8e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3602  conserved hypothetical signal peptide protein  34.65 
 
 
349 aa  200  3e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0053  NMT1/THI5-like domain-containing protein  36.18 
 
 
334 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0035  NMT1/THI5-like domain-containing protein  36.1 
 
 
334 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3118  ABC transporter, substrate-binding protein  36.08 
 
 
336 aa  199  6e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.671223  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0026  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  36.1 
 
 
334 aa  199  6e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0952  putative substrate-binding component of ABC transporter  36.23 
 
 
332 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0791916  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0036  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  35.86 
 
 
334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0034  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  35.86 
 
 
334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3327  ABC transporter substrate binding protein  37 
 
 
303 aa  196  3e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2648  putative signal peptide protein  34.84 
 
 
353 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00493903 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2254  extracellular solute-binding protein  37.88 
 
 
336 aa  194  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1675  putative signal peptide protein  35.94 
 
 
371 aa  192  5e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.88323 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4899  twin-arginine translocation pathway signal  33.76 
 
 
361 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.992021  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0589  putative signal peptide protein  32.79 
 
 
355 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.66482  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5603  ABC transporter substrate-binding protein  32.27 
 
 
376 aa  148  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.069875  normal  0.939883 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0229  NMT1/THI5 like domain protein  31.99 
 
 
391 aa  127  3e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2562  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  28.52 
 
 
321 aa  88.2  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2525  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  27.82 
 
 
321 aa  84.3  0.000000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.610523  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2570  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  27.82 
 
 
321 aa  84.3  0.000000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2645  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  27.38 
 
 
320 aa  82.4  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2720  extracellular solute-binding protein  28.08 
 
 
325 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2969  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  30.68 
 
 
321 aa  80.9  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.381415  normal  0.757286 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2107  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  25.54 
 
 
529 aa  79  0.0000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.287431  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0964  putative nitrate transporter component  24.14 
 
 
486 aa  78.6  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.511943 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6455  ABC transporter substrate-binding protein  26.26 
 
 
314 aa  78.6  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.871345  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2277  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.07 
 
 
313 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.191617  normal  0.0563961 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4336  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.5 
 
 
344 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.379972  normal  0.507879 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4151  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.25 
 
 
344 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal  0.147422 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3678  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  26.25 
 
 
344 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.987849 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1430  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.57 
 
 
314 aa  75.5  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3641  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 
319 aa  75.5  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0351893  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2859  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  27.46 
 
 
317 aa  75.5  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.23743  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3263  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.48 
 
 
344 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0622389  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4888  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  29.3 
 
 
339 aa  74.3  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.108184  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1757  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  25.1 
 
 
346 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.502422  normal  0.0158469 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0465  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  27.63 
 
 
347 aa  73.6  0.000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.176308  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0325  NMT1/THI5 like domain protein  26.01 
 
 
313 aa  73.2  0.000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.358073  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2219  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic protein  24.65 
 
 
341 aa  73.2  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0766615  normal  0.160433 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4112  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  25.1 
 
 
344 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.463971  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4254  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  25.1 
 
 
344 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000917513  normal  0.0818305 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5012  ABC transporter substrate-binding protein  35.4 
 
 
343 aa  72.8  0.000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2964  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  32.18 
 
 
340 aa  72  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.512211  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3098  hypothetical protein  32.07 
 
 
364 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.616034 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4593  NMT1/THI5 like domain protein  24.71 
 
 
335 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2963  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  29.21 
 
 
341 aa  71.2  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0954314  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4459  NMT1/THI5 like domain protein  24.71 
 
 
335 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0725563  normal  0.370588 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1047  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 
322 aa  70.9  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal  0.286195 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0402  NMT1/THI5 like domain protein  26.99 
 
 
360 aa  70.5  0.00000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1647  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  24.12 
 
 
324 aa  69.3  0.00000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2561  NLPA lipoprotein  28.02 
 
 
339 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.79068 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>