More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4850 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009667  Oant_0291  ABC transporter related  67.27 
 
 
514 aa  675    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4768  ABC transporter related  70.42 
 
 
503 aa  689    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957059  normal  0.347139 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4850  ABC transporter related  100 
 
 
503 aa  998    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.616228  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3182  ABC transporter related  58.62 
 
 
518 aa  544  1e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.868778  normal  0.140125 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3418  ABC transporter related  56.65 
 
 
526 aa  525  1e-147  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.247847  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3109  ABC transporter related  52.67 
 
 
500 aa  506  9.999999999999999e-143  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00977673  hitchhiker  0.0000567489 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22700  ABC transporter related  47.89 
 
 
501 aa  472  1e-132  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00201717  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3540  ABC transporter related protein  46.77 
 
 
504 aa  469  1.0000000000000001e-131  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.285144  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1029  ABC transporter-related protein  45.86 
 
 
506 aa  442  1e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.724261 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3347  ABC transporter related  44.87 
 
 
513 aa  439  9.999999999999999e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0920182  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6474  ABC transporter related  47.8 
 
 
514 aa  438  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.891446  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6709  ABC transporter related  47.8 
 
 
514 aa  438  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.268301  normal  0.306288 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6315  ABC transporter related  47.8 
 
 
514 aa  436  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.681428  normal  0.300453 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3330  ABC transporter related protein  44.56 
 
 
497 aa  432  1e-120  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50310  ABC transporter ATP-binding protein  46 
 
 
523 aa  432  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.433727  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1254  ABC transporter related  47.48 
 
 
515 aa  429  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5135  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (ribose)  45.15 
 
 
524 aa  429  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0415  ABC transporter related  45.29 
 
 
503 aa  429  1e-119  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000110391  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0061  ABC transporter related  45.75 
 
 
516 aa  430  1e-119  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1242  sugar ATP-binding ABC transporter protein  46.18 
 
 
518 aa  426  1e-118  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3264  ABC transporter  45.98 
 
 
525 aa  427  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000839316  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6345  ABC transporter related  47.51 
 
 
516 aa  428  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.174321  normal  0.144091 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2021  xylose transporter ATP-binding subunit  43.98 
 
 
504 aa  427  1e-118  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3328  ABC transporter related  47.47 
 
 
512 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1228  ABC transporter related  47.49 
 
 
517 aa  427  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4447  ABC transporter related  47.68 
 
 
513 aa  427  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00416844 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1800  ABC-type sugar transport system, ATPase component  44.29 
 
 
492 aa  427  1e-118  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.225071  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3599  ABC transporter related  47.8 
 
 
512 aa  428  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.190927  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5039  ABC transporter related  47.47 
 
 
512 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0975  ABC transporter related  46.26 
 
 
495 aa  427  1e-118  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220508  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2433  ribose import ATP-binding protein  45.22 
 
 
510 aa  428  1e-118  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5245  ABC transporter related  47.18 
 
 
514 aa  423  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.835189 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3604  ABC transporter related  46.31 
 
 
513 aa  424  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.88039  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3489  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  45.97 
 
 
525 aa  424  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4967  ABC transporter related  47.29 
 
 
513 aa  424  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3312  ABC transporter-related protein  44.63 
 
 
515 aa  423  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3003  ABC transporter related  46.6 
 
 
495 aa  423  1e-117  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00261146  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1580  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  41.72 
 
 
505 aa  422  1e-117  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.598954  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1683  ABC transporter related  44.85 
 
 
503 aa  422  1e-117  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0305806  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1344  ABC transporter related  46.09 
 
 
524 aa  422  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5471  ABC transporter related  46.36 
 
 
520 aa  423  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428158  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0289  ABC transporter related  45.07 
 
 
506 aa  422  1e-117  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.266417 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1962  ABC transporter-related protein  43.32 
 
 
494 aa  424  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0299142 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1890  ABC transporter related  46 
 
 
524 aa  420  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.232644 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0735  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  43.84 
 
 
494 aa  420  1e-116  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5601  ribose import ATP-binding protein RbsA  43.75 
 
 
506 aa  419  1e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0796  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  44.04 
 
 
494 aa  420  1e-116  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000104514  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1350  ABC sugar transporter, fused ATPase subunits  46.67 
 
 
504 aa  422  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0411  ABC transporter related  44.42 
 
 
494 aa  421  1e-116  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.046808  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0943  ABC transporter related  45.68 
 
 
524 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157228  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1305  ABC transporter related  46.09 
 
 
524 aa  422  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1425  ABC transporter related  45.68 
 
 
524 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0484861  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4030  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  44.53 
 
 
507 aa  420  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1403  ABC transporter related  45.68 
 
 
524 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4096  sugar transport ATP-binding protein  44.53 
 
 
507 aa  417  9.999999999999999e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4218  ABC transporter related protein  46.28 
 
 
501 aa  415  9.999999999999999e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0634  ribose ABC transporter ATP-binding protein  44.24 
 
 
494 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.97602  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0578  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  44.24 
 
 
494 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0577  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  44.04 
 
 
494 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0125  ABC transporter related  44.53 
 
 
507 aa  417  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4245  D-ribose transporter ATP binding protein  46.48 
 
 
501 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0036959 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4569  ABC sugar transporter, ATPase subunit  45.36 
 
 
527 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4215  D-ribose transporter ATP binding protein  46.29 
 
 
516 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.777457 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4109  D-ribose transporter ATP binding protein  46.29 
 
 
516 aa  418  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.114584  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0724  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  44.24 
 
 
494 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.79429e-30 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4274  D-ribose transporter ATP binding protein  46.29 
 
 
516 aa  418  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4117  D-ribose transporter ATP binding protein  46.28 
 
 
501 aa  415  9.999999999999999e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.159229 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0873  ABC transporter related  45.7 
 
 
514 aa  417  9.999999999999999e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.304732  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3596  ABC transporter related  44.94 
 
 
509 aa  417  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.979323  normal  0.135552 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4265  D-ribose transporter ATP binding protein  46.28 
 
 
501 aa  415  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0146477  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4165  D-ribose transporter ATP binding protein  46.46 
 
 
501 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.846402  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0164  ABC transporter related  42.63 
 
 
496 aa  416  9.999999999999999e-116  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4094  D-ribose transporter ATP binding protein  46.29 
 
 
516 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03635  fused D-ribose transporter subunits of ABC superfamily: ATP-binding components  46.28 
 
 
501 aa  415  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.483932  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5185  D-ribose transporter ATP binding protein  46.28 
 
 
501 aa  413  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0631054  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2929  ABC transporter related  46.31 
 
 
521 aa  415  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.180289 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0562  ABC transporter-related protein  43.03 
 
 
496 aa  414  1e-114  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000997744  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2172  ABC transporter-like  44.73 
 
 
517 aa  414  1e-114  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.327318  normal  0.453102 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0813  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  43.52 
 
 
499 aa  412  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0624  ABC sugar transporter, ATPase subunit  46.67 
 
 
512 aa  412  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2904  ABC transporter related  43.54 
 
 
503 aa  412  1e-114  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1644  ABC transporter related  43.88 
 
 
494 aa  414  1e-114  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000081797  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3088  ABC transporter related  45.13 
 
 
512 aa  412  1e-114  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0116674  normal  0.620791 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0437  ABC transporter related  44.67 
 
 
501 aa  414  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0581  ABC transporter related  43.23 
 
 
496 aa  413  1e-114  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3166  ABC transporter related  42.74 
 
 
500 aa  413  1e-114  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6012  ABC transporter related  45.86 
 
 
861 aa  414  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3965  D-ribose transporter ATP binding protein  46.28 
 
 
501 aa  415  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0699  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  43.64 
 
 
494 aa  413  1e-114  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.159606  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4658  ABC transporter related  46.95 
 
 
497 aa  414  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0813  ABC transporter related  43.52 
 
 
499 aa  412  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2808  ABC transporter related  45.63 
 
 
501 aa  415  1e-114  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0157  ABC transporter related  42.57 
 
 
507 aa  415  1e-114  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1088  ABC transporter related  45.05 
 
 
507 aa  413  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.117363 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03580  hypothetical protein  46.28 
 
 
501 aa  415  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.550483  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0809  ABC transporter related  42.97 
 
 
509 aa  414  1e-114  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4639  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  43.64 
 
 
494 aa  411  1e-113  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.202571  unclonable  1.04957e-25 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2474  ABC transporter related  44.56 
 
 
513 aa  410  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0599981  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7809  ABC transporter related  44.76 
 
 
512 aa  408  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4115  D-ribose transporter ATP binding protein  46.26 
 
 
501 aa  408  1e-113  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.684938  normal  0.0182067 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>