More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4849 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4849  inner-membrane translocator  100 
 
 
325 aa  633  1e-180  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.361402  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4767  monosaccharide-transporting ATPase  79.32 
 
 
320 aa  508  1e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.424997 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0290  monosaccharide-transporting ATPase  71.9 
 
 
331 aa  474  1e-132  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3417  inner-membrane translocator  61.36 
 
 
316 aa  345  8e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3181  monosaccharide-transporting ATPase  58.68 
 
 
348 aa  332  4e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0793432 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22690  Monosaccharide-transporting ATPase  59.03 
 
 
322 aa  325  9e-88  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00548912  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3539  inner-membrane translocator  50.8 
 
 
315 aa  301  1e-80  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00149019  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0563  monosaccharide-transporting ATPase  50.33 
 
 
311 aa  257  2e-67  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000352632  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0582  monosaccharide-transporting ATPase  49.67 
 
 
311 aa  255  6e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0700  ribose ABC transporter, permease protein  49.34 
 
 
311 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0973921  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4638  ribose ABC transporter, permease protein  49.34 
 
 
311 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0801722  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  49.34 
 
 
311 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000530424  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  49.34 
 
 
311 aa  252  6e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  49.34 
 
 
311 aa  252  6e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  49.01 
 
 
311 aa  251  8.000000000000001e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  49.01 
 
 
311 aa  250  2e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  49.01 
 
 
311 aa  250  2e-65  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1881  ribose ABC transporter, permease protein  45.34 
 
 
311 aa  250  2e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0277317  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  49.01 
 
 
311 aa  251  2e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3108  monosaccharide-transporting ATPase  46.79 
 
 
313 aa  243  3e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0985733  hitchhiker  0.000124889 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  46.18 
 
 
324 aa  238  1e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1509  ribose ABC transporter, permease protein  42.99 
 
 
330 aa  234  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.424015  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1613  monosaccharide-transporting ATPase  42.99 
 
 
330 aa  234  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1759  ribose ABC transporter permease  42.99 
 
 
330 aa  234  2.0000000000000002e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.32812  hitchhiker  0.000062023 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1793  monosaccharide-transporting ATPase  47.64 
 
 
306 aa  233  3e-60  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0115  ribose ABC transporter, permease protein  47.51 
 
 
310 aa  231  9e-60  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0965  monosaccharide-transporting ATPase  40.23 
 
 
342 aa  230  2e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2278  inner-membrane translocator  46.48 
 
 
309 aa  230  2e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.568654  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2283  monosaccharide-transporting ATPase  42.35 
 
 
345 aa  231  2e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.303171  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3880  sugar transport system permease  41.03 
 
 
334 aa  230  2e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0490565 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0911  ribose ABC transporter, permease protein  41.03 
 
 
342 aa  229  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0456  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  44.37 
 
 
310 aa  229  4e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3329  inner-membrane translocator  46.67 
 
 
314 aa  229  5e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  46.39 
 
 
323 aa  228  1e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0009  ribose ABC transporter permease protein  45.73 
 
 
322 aa  227  2e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1792  sugar ABC transporter, permease protein  43.38 
 
 
835 aa  228  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0361  carbohydrate ABC transporter permease  44.04 
 
 
310 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  46.82 
 
 
327 aa  226  5.0000000000000005e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06144  ribose ABC transporter permease protein  46.82 
 
 
327 aa  226  6e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2121  Monosaccharide-transporting ATPase  42.38 
 
 
350 aa  226  6e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3449  inner-membrane translocator  41.29 
 
 
314 aa  224  2e-57  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4526  ribose ABC transporter permease protein  45.36 
 
 
322 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000584894  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1987  monosaccharide-transporting ATPase  41.41 
 
 
312 aa  222  8e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589517  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1631  ribose ABC transporter, permease protein  39.76 
 
 
334 aa  220  1.9999999999999999e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4066  monosaccharide-transporting ATPase  39.64 
 
 
334 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0158179  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1575  ribose ABC transporter, permease protein  39.76 
 
 
334 aa  220  1.9999999999999999e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136542  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2523  inner-membrane translocator  44.74 
 
 
313 aa  220  1.9999999999999999e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0516  ribose ABC transporter permease protein  47.16 
 
 
324 aa  220  3e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3976  ribose ABC transporter permease protein  42.59 
 
 
322 aa  219  6e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.144441  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1619  Monosaccharide-transporting ATPase  45.83 
 
 
314 aa  219  6e-56  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4173  ribose ABC transporter permease protein  44.14 
 
 
322 aa  218  1e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00211847  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4899  ribose ABC transporter permease protein  46.36 
 
 
321 aa  216  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0818131  hitchhiker  0.000000774907 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03636  ribose ABC transporter permease protein  45.2 
 
 
321 aa  215  8e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0321266  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4217  Monosaccharide-transporting ATPase  45.2 
 
 
321 aa  215  8e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4244  ribose ABC transporter permease protein  45.2 
 
 
321 aa  215  8e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00281805 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4118  ribose ABC transporter permease protein  45.2 
 
 
321 aa  215  8e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.129793 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4266  ribose ABC transporter permease protein  45.2 
 
 
321 aa  215  8e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00636427  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03581  hypothetical protein  45.2 
 
 
321 aa  215  8e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0415585  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3966  ribose ABC transporter permease protein  45.2 
 
 
321 aa  215  8e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.878402  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5186  ribose ABC transporter permease protein  45.2 
 
 
321 aa  215  8e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0679383  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4236  ribose ABC transporter permease protein  46.05 
 
 
322 aa  214  9.999999999999999e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2804  inner-membrane translocator  40.78 
 
 
324 aa  215  9.999999999999999e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.500539  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0922  monosaccharide-transporting ATPase  42.36 
 
 
309 aa  214  9.999999999999999e-55  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4114  ribose ABC transporter permease protein  44.79 
 
 
321 aa  212  5.999999999999999e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.32727  normal  0.0391743 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01060  monosaccharide ABC transporter membrane protein  43.79 
 
 
336 aa  212  7.999999999999999e-54  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4275  ribose ABC transporter permease protein  45.11 
 
 
321 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4095  ribose ABC transporter permease protein  45.11 
 
 
321 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1048  inner-membrane translocator  42.47 
 
 
328 aa  211  1e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4166  ribose ABC transporter permease protein  45.11 
 
 
321 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4216  ribose ABC transporter permease protein  45.11 
 
 
321 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.064291  normal  0.774246 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4110  ribose ABC transporter permease protein  45.11 
 
 
321 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.401971  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1826  inner-membrane translocator  42.37 
 
 
336 aa  211  2e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0911886  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2686  Monosaccharide-transporting ATPase  44.71 
 
 
325 aa  209  6e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2570  inner-membrane translocator  44.48 
 
 
325 aa  209  7e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0288  inner-membrane translocator  41.14 
 
 
331 aa  208  1e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.247958 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3336  inner-membrane translocator  39.94 
 
 
346 aa  208  1e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4607  Monosaccharide-transporting ATPase  44.82 
 
 
348 aa  207  2e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22090  inner-membrane translocator  44.05 
 
 
308 aa  206  6e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1337  amino acid or sugar ABC transport system, permease protein  40.26 
 
 
333 aa  205  8e-52  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.485159 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1398  inner-membrane translocator  38.69 
 
 
334 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00127371  normal  0.617276 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1030  monosaccharide-transporting ATPase  42.17 
 
 
341 aa  204  2e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.608545 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0614  inner-membrane translocator  38.44 
 
 
331 aa  203  3e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2045  inner-membrane translocator  41.85 
 
 
342 aa  203  3e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.459231 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09560  Monosaccharide-transporting ATPase  43.11 
 
 
322 aa  203  4e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.785729  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3165  Monosaccharide-transporting ATPase  44.12 
 
 
310 aa  202  5e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1400  D-ribose transport system permease protein  45.71 
 
 
327 aa  202  9e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.151364 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3234  Monosaccharide-transporting ATPase  42.33 
 
 
335 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.197254  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0947  inner-membrane translocator  46.49 
 
 
319 aa  201  9.999999999999999e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2998  inner-membrane translocator  37.8 
 
 
343 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1579  sugar ABC transporter permease  38.61 
 
 
318 aa  201  1.9999999999999998e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.827046  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1339  inner-membrane translocator  37.8 
 
 
343 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.698639  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0502  monosaccharide-transporting ATPase  41.75 
 
 
333 aa  200  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00475125 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3329  inner-membrane translocator  39.52 
 
 
345 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5038  inner-membrane translocator  39.52 
 
 
345 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5246  monosaccharide-transporting ATPase  39.52 
 
 
345 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4029  ribose ABC transporter, permease protein  41.96 
 
 
330 aa  199  6e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0126  monosaccharide-transporting ATPase  41.96 
 
 
330 aa  199  6e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4097  sugar transport system permease  41.96 
 
 
330 aa  199  6e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0165  monosaccharide-transporting ATPase  45.27 
 
 
318 aa  199  7.999999999999999e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1652  inner-membrane translocator  43.53 
 
 
340 aa  198  9e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0718181  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>