More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4822 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
253 aa  512  1e-144  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.237012  normal  0.451819 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0620  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  68.29 
 
 
250 aa  341  7e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.890979 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.49 
 
 
262 aa  308  6.999999999999999e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.45 
 
 
265 aa  293  2e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.73 
 
 
275 aa  292  4e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.92 
 
 
267 aa  291  9e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.239754  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.75 
 
 
262 aa  289  2e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.79 
 
 
271 aa  287  1e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.83 
 
 
260 aa  284  8e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.45 
 
 
262 aa  277  1e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.6 
 
 
261 aa  275  4e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  54.51 
 
 
266 aa  271  7e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.2 
 
 
262 aa  268  5e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.95 
 
 
262 aa  265  5e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.16 
 
 
262 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
262 aa  184  9e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1734  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.31 
 
 
275 aa  184  9e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.44 
 
 
255 aa  178  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2807  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
253 aa  178  9e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.422647 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.15 
 
 
249 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
261 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000395  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  40 
 
 
252 aa  169  3e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.36672  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7112  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.98 
 
 
248 aa  169  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.912642 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
259 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
250 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.46093  decreased coverage  0.00000100027 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1193  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.66 
 
 
252 aa  167  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.32 
 
 
247 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.08 
 
 
254 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.08 
 
 
254 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.76 
 
 
254 aa  166  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.59 
 
 
247 aa  166  5e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.5 
 
 
254 aa  166  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.496264  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 
254 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0360  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.83 
 
 
249 aa  162  5.0000000000000005e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.737465 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.33 
 
 
244 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1849  short chain dehydrogenase  39.84 
 
 
255 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.838313 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
264 aa  162  7e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
269 aa  161  9e-39  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
255 aa  161  9e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.199732  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
255 aa  160  1e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
255 aa  160  1e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.150517  normal  0.215397 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0797  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.84 
 
 
244 aa  160  2e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5156  short chain dehydrogenase  39.34 
 
 
254 aa  160  2e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.215894  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
256 aa  159  4e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.575902  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 
246 aa  159  4e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 
246 aa  159  5e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4577  short chain dehydrogenase  39.34 
 
 
253 aa  159  5e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4665  short chain dehydrogenase  39.34 
 
 
253 aa  159  5e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.302874  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4960  short chain dehydrogenase  39.34 
 
 
253 aa  159  5e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.599873  normal  0.483357 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.67 
 
 
250 aa  159  6e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.67 
 
 
250 aa  159  6e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1315  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.43 
 
 
246 aa  159  6e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.43 
 
 
246 aa  159  6e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.756389  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1601  short chain dehydrogenase  39.34 
 
 
253 aa  159  6e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.786043  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0175  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.17 
 
 
247 aa  158  7e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
253 aa  158  9e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3534  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) reductase  38.33 
 
 
244 aa  157  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.39 
 
 
256 aa  157  1e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  40.16 
 
 
265 aa  157  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
255 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0017919 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
256 aa  157  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000512545 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.89 
 
 
255 aa  157  2e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.25 
 
 
270 aa  157  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.2513  normal  0.363007 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.51 
 
 
248 aa  157  2e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.08 
 
 
249 aa  157  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1056  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  36.78 
 
 
254 aa  156  3e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.08 
 
 
246 aa  156  3e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0162  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.84 
 
 
246 aa  156  3e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3950  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.25 
 
 
246 aa  156  3e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1293  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.25 
 
 
246 aa  155  4e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.252649  hitchhiker  0.0000000000000846656 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  38 
 
 
260 aa  155  4e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  38.02 
 
 
249 aa  155  4e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.76 
 
 
245 aa  156  4e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1692  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
249 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.912822  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0508  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.34 
 
 
248 aa  155  6e-37  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
242 aa  155  6e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39 
 
 
246 aa  155  7e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
246 aa  155  8e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0163129  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2753  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39 
 
 
260 aa  154  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.53957  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1134  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.09 
 
 
285 aa  154  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0281  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.98 
 
 
250 aa  154  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0874808  normal  0.889529 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.17 
 
 
251 aa  154  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.69 
 
 
267 aa  154  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.33 
 
 
255 aa  154  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3893  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.83 
 
 
246 aa  153  2e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39 
 
 
246 aa  153  2e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
244 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000616439 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3674  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.83 
 
 
246 aa  153  2e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.119797  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3899  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.83 
 
 
246 aa  153  2e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000498723  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
245 aa  153  2e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.07 
 
 
250 aa  154  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00209821  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0659  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.67 
 
 
245 aa  154  2e-36  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.372694  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
259 aa  154  2e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0695  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.1 
 
 
247 aa  154  2e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.825403  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.84 
 
 
262 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351696  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0948  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.59 
 
 
249 aa  153  2.9999999999999998e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000118605  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0411  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
247 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1154  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  37.76 
 
 
253 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000294561  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3702  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.83 
 
 
246 aa  152  4e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.852261  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0197  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.67 
 
 
245 aa  152  4e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>