More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4795 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4795  inner-membrane translocator  100 
 
 
319 aa  620  1e-176  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.341671  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0678  inner-membrane translocator  56.43 
 
 
314 aa  325  7e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.297461  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4551  inner-membrane translocator  56.55 
 
 
314 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  50.81 
 
 
310 aa  297  1e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000392686  unclonable  0.0000000558621 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0891  inner-membrane translocator  55.05 
 
 
320 aa  282  4.0000000000000003e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1517  inner-membrane translocator  47.95 
 
 
309 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  41.56 
 
 
337 aa  211  2e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  41.96 
 
 
321 aa  206  6e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  39.94 
 
 
328 aa  204  1e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  38.87 
 
 
317 aa  202  6e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  41.1 
 
 
319 aa  202  7e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  41.75 
 
 
332 aa  199  5e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.27 
 
 
326 aa  195  1e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  41.51 
 
 
335 aa  193  4e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  39.48 
 
 
321 aa  192  7e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  43.46 
 
 
360 aa  191  2e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  40.45 
 
 
325 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  38.69 
 
 
328 aa  179  5.999999999999999e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0670  inner-membrane translocator  39.68 
 
 
335 aa  175  9e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  38.7 
 
 
327 aa  175  9.999999999999999e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2187  inner-membrane translocator  40 
 
 
320 aa  170  4e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3103  inner-membrane translocator  37.19 
 
 
354 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2040  inner-membrane translocator  39.25 
 
 
320 aa  166  4e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000437253 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  35.31 
 
 
407 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  38.89 
 
 
407 aa  163  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.48 
 
 
339 aa  162  1e-38  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  40.3 
 
 
407 aa  161  2e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.17 
 
 
423 aa  161  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0384  ABC transporter related  36.69 
 
 
614 aa  159  4e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2363  inner-membrane translocator  39.05 
 
 
325 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0322104  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  37.5 
 
 
415 aa  159  5e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2111  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.46 
 
 
298 aa  159  9e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.03 
 
 
418 aa  156  5.0000000000000005e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2318  ABC transporter related protein  35.35 
 
 
589 aa  155  9e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0112  inner-membrane translocator  36.15 
 
 
327 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.93 
 
 
418 aa  152  5e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  40.7 
 
 
358 aa  152  5e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5270  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.89 
 
 
423 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2140  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.51 
 
 
423 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0895739  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3350  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.89 
 
 
423 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5017  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.89 
 
 
423 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0864  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.51 
 
 
427 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0137433  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4430  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.58 
 
 
423 aa  152  8e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460917  hitchhiker  0.00013336 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  38.22 
 
 
381 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0653  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.82 
 
 
423 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4945  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.58 
 
 
423 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.487918  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0774  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.37 
 
 
427 aa  152  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2317  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.83 
 
 
425 aa  151  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433018  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0554  inner-membrane translocator  35.8 
 
 
433 aa  150  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0237898  normal  0.469815 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.39 
 
 
418 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1326  ABC transporter-like protein  35.71 
 
 
590 aa  150  3e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.587882  normal  0.051365 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.76 
 
 
412 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0354  inner-membrane translocator  36.88 
 
 
311 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112024  normal  0.284931 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  35.6 
 
 
318 aa  150  3e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  34.92 
 
 
355 aa  149  4e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3368  ABC transporter related  34.8 
 
 
593 aa  149  4e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4062  ABC transporter related  33.12 
 
 
606 aa  150  4e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.99 
 
 
418 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4110  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.13 
 
 
421 aa  149  8e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.015431  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0267  ABC transporter related  34.89 
 
 
598 aa  149  9e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.59454  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.99 
 
 
418 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4098  inner-membrane translocator:ABC transporter related  33.96 
 
 
950 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.99 
 
 
418 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3625  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.31 
 
 
423 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01987  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  37.93 
 
 
299 aa  147  3e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.130303  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3847  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.82 
 
 
421 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0194014  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4305  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.98 
 
 
417 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  36.01 
 
 
300 aa  147  3e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3769  ABC transporter related  34.46 
 
 
593 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  33.02 
 
 
443 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  39.36 
 
 
330 aa  145  8.000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0100  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.74 
 
 
424 aa  145  9e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0272  inner-membrane translocator  36.03 
 
 
353 aa  145  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.337151  normal  0.772291 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3273  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  36.23 
 
 
594 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.841496  normal  0.164323 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50540  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.98 
 
 
417 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0377625 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6585  inner-membrane translocator  36.58 
 
 
611 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0091  ABC transporter related  35.87 
 
 
594 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.08 
 
 
428 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0092  ABC transporter related  36.52 
 
 
594 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.500773 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3907  ABC transporter related  33.74 
 
 
594 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3859  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.34 
 
 
425 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.107872 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3337  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.46 
 
 
423 aa  144  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  32.52 
 
 
349 aa  144  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0026  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  33.13 
 
 
594 aa  143  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  32.13 
 
 
452 aa  143  4e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0535  inner-membrane translocator  36.97 
 
 
401 aa  143  5e-33  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000217655 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3972  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.08 
 
 
428 aa  142  6e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.640531  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6491  ABC transporter related  37.14 
 
 
608 aa  142  6e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133272  normal  0.2359 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0462  inner-membrane translocator  33.8 
 
 
331 aa  142  9e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3831  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.72 
 
 
425 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.74 
 
 
307 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3764  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.72 
 
 
425 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  32.35 
 
 
348 aa  141  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3753  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.48 
 
 
425 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3933  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.48 
 
 
425 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0230  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.11 
 
 
427 aa  141  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.733178 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3874  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.48 
 
 
425 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.212137  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0082  ABC transporter related  36.17 
 
 
594 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.999385  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0091  ABC transporter related  35.87 
 
 
594 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3519  ABC transporter related  34.04 
 
 
643 aa  142  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>