More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4758 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4758  transketolase, central region  100 
 
 		 338 aa  694    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0525  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  78.57 
 
 		 337 aa  568  1e-161  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0456  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  78.57 
 
 		 337 aa  568  1e-161  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3552  transketolase central region  78.57 
 
 		 337 aa  568  1e-161  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2827  transketolase central region  78.57 
 
 		 337 aa  570  1e-161  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6502  Transketolase central region  77.64 
 
 		 332 aa  558  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.973138  normal  0.885428 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4386  Transketolase central region  77.34 
 
 		 332 aa  558  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2777  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  77.98 
 
 		 337 aa  558  1e-158  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.222973  normal  0.60889 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4361  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  74.47 
 
 		 346 aa  528  1e-149  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1011  Transketolase central region  71.43 
 
 		 337 aa  526  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.252862  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1217  transketolase central region  73.57 
 
 		 346 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0763  transketolase, central region  73.57 
 
 		 346 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1244  transketolase, central region  73.57 
 
 		 346 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.974507  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1135  transketolase central region  73.27 
 
 		 347 aa  519  1e-146  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.770864  normal  0.562943 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0274  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  72.46 
 
 		 336 aa  519  1e-146  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.724855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1124  transketolase, central region  73.27 
 
 		 347 aa  519  1e-146  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3553  transketolase  70.87 
 
 		 345 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35520  2-oxoisovalerate dehydrogenase subunit beta  70.36 
 
 		 350 aa  511  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0580998  hitchhiker  0.00209483 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2993  2-oxoisovalerate dehydrogenase (beta subunit)  70.36 
 
 		 350 aa  511  1e-144  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4402  2-oxoisovalerate dehydrogenase, beta subunit  70.96 
 
 		 339 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.54169 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2303  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  71.47 
 
 		 347 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.405637  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1975  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  70.36 
 
 		 351 aa  506  9.999999999999999e-143  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.230446  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1452  transketolase, central region  70.69 
 
 		 352 aa  501  1e-141  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2301  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  71.17 
 
 		 347 aa  503  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3066  2-oxoisovalerate dehydrogenase E1 component, beta subunit  71.17 
 
 		 347 aa  503  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2012  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  71.17 
 
 		 347 aa  503  1e-141  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1410  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  71.17 
 
 		 334 aa  503  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3464  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  70.39 
 
 		 352 aa  502  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.239889 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3192  2-oxoisovalerate dehydrogenase E1 component, beta subunit  71.17 
 
 		 347 aa  503  1e-141  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.55833  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3743  transketolase central region  70.69 
 
 		 352 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.530888 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1330  transketolase, central region  69.07 
 
 		 343 aa  502  1e-141  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0296032  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1321  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  71.17 
 
 		 347 aa  503  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3963  transketolase central region  70.69 
 
 		 352 aa  501  1e-141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1035  2-oxoisovalerate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  71.17 
 
 		 347 aa  503  1e-141  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2144  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  69.37 
 
 		 341 aa  499  1e-140  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.869205 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0781  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  67.86 
 
 		 337 aa  499  1e-140  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1871  transketolase central region  67.26 
 
 		 337 aa  492  9.999999999999999e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0705  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  63.99 
 
 		 337 aa  467  9.999999999999999e-131  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.346311  normal  0.842188 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2034  transketolase domain protein  57.4 
 
 		 324 aa  389  1e-107  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2104  Transketolase central region  57.4 
 
 		 324 aa  389  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.216578  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1826  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component  57.1 
 
 		 324 aa  388  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.22068  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1994  transketolase central region  56.51 
 
 		 324 aa  385  1e-106  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1936  transketolase, central region  51.92 
 
 		 325 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.208007  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2037  transketolase, central region  50.88 
 
 		 325 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2027  transketolase, central region  50 
 
 		 325 aa  350  2e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0248675  hitchhiker  0.0000129585 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1948  transketolase, central region  50 
 
 		 325 aa  350  2e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.858675  decreased coverage  0.000302013 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2130  transketolase, central region  50 
 
 		 325 aa  350  2e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.88258  hitchhiker  0.000129918 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1381  transketolase, central region  51.76 
 
 		 325 aa  350  2e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0848887  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1886  transketolase, central region  51.33 
 
 		 325 aa  349  3e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2150  transketolase central region  51.33 
 
 		 325 aa  349  3e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00434594  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2221  transketolase central region  51.03 
 
 		 325 aa  349  4e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.188148  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2234  Transketolase central region  51.03 
 
 		 325 aa  349  4e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0388155  hitchhiker  0.0000275487 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4507  hypothetical protein  51.03 
 
 		 325 aa  349  4e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2200  transketolase central region  51.03 
 
 		 325 aa  349  4e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.670418  normal  0.185077 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2340  alpha keto acid dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  50.29 
 
 		 325 aa  348  6e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01955  2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase (E1) component, eukaryotic type, beta subunit  51.63 
 
 		 325 aa  348  7e-95  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1516  Transketolase central region  53.85 
 
 		 332 aa  347  2e-94  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.349052 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2328  transketolase, central region  50 
 
 		 325 aa  347  2e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1710  alpha keto acid dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  50.59 
 
 		 325 aa  347  2e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0237639 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3596  Transketolase central region  52.66 
 
 		 342 aa  345  6e-94  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2245  transketolase central region  50.59 
 
 		 325 aa  345  8e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.38248  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1583  2-oxoisovalerate dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  51.47 
 
 		 325 aa  345  8.999999999999999e-94  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2279  transketolase central region  50.15 
 
 		 325 aa  344  1e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0946351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1787  transketolase, central region  51.19 
 
 		 325 aa  343  2e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.172502  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1851  Transketolase central region  52.52 
 
 		 335 aa  341  8e-93  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.60983  normal  0.722452 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2592  transketolase central region  50.58 
 
 		 327 aa  340  2e-92  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1926  transketolase, central region  49.7 
 
 		 325 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00106606 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2416  transketolase, central region  53.82 
 
 		 327 aa  338  9.999999999999999e-92  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488652 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3062  transketolase central region  53.82 
 
 		 327 aa  334  1e-90  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0140  Transketolase central region  51.18 
 
 		 328 aa  329  5.0000000000000004e-89  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3895  Transketolase central region  50.45 
 
 		 346 aa  328  1.0000000000000001e-88  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.327711  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1135  Transketolase central region  51.92 
 
 		 324 aa  327  2.0000000000000001e-88  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.323286  normal  0.423895 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0903  Transketolase central region  51.18 
 
 		 325 aa  326  3e-88  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.700297  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0826  Transketolase central region  49.56 
 
 		 327 aa  325  6e-88  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.207974  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1667  Transketolase central region  50.3 
 
 		 336 aa  323  2e-87  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3160  Transketolase central region  49.85 
 
 		 325 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0094  Transketolase central region  49.27 
 
 		 328 aa  320  1.9999999999999998e-86  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3318  Transketolase central region  48.5 
 
 		 320 aa  320  3e-86  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0460  Transketolase central region  50.45 
 
 		 320 aa  318  7e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2321  Transketolase central region  51.33 
 
 		 324 aa  318  9e-86  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2096  Transketolase central region  49.41 
 
 		 327 aa  317  2e-85  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2339  transketolase, central region  51.21 
 
 		 340 aa  316  4e-85  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0476  Transketolase central region  48.96 
 
 		 320 aa  315  7e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000162173 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2510  transketolase-like  50.45 
 
 		 320 aa  315  9.999999999999999e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.703307 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0675  Transketolase central region  49.7 
 
 		 327 aa  314  1.9999999999999998e-84  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.045738  normal  0.242923 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0456  Transketolase central region  48.54 
 
 		 326 aa  312  4.999999999999999e-84  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0953  Transketolase central region  47.2 
 
 		 325 aa  310  2e-83  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3236  Transketolase central region  50.44 
 
 		 324 aa  310  2e-83  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.257002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1833  Transketolase central region  47.79 
 
 		 325 aa  310  2e-83  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0824  Transketolase central region  50.45 
 
 		 326 aa  309  5e-83  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.862556  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4977  transketolase, central region:transketolase, C-terminal  46.88 
 
 		 325 aa  307  1.0000000000000001e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2673  transketolase central region  47.49 
 
 		 325 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000190408  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4074  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  47.49 
 
 		 325 aa  306  4.0000000000000004e-82  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.170303  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4020  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  47.2 
 
 		 325 aa  306  5.0000000000000004e-82  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3882  pyruvate dehydrogenase complex E1 component subunit beta  47.2 
 
 		 325 aa  306  5.0000000000000004e-82  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.519915  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3714  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  47.2 
 
 		 325 aa  306  5.0000000000000004e-82  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3730  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  47.2 
 
 		 325 aa  306  5.0000000000000004e-82  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4183  pyruvate dehydrogenase complex E1 component subunit beta  47.2 
 
 		 325 aa  306  5.0000000000000004e-82  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3986  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  47.2 
 
 		 325 aa  306  5.0000000000000004e-82  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4090  pyruvate dehydrogenase complex E1 component, beta subunit  47.2 
 
 		 325 aa  306  5.0000000000000004e-82  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000784297  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>