More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4701 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4701  regulatory protein, ArsR  100 
 
 
106 aa  216  8.999999999999998e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.593544  normal  0.304994 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3721  ArsR family transcriptional regulator  65.22 
 
 
104 aa  133  8e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0645821  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3223  ArsR family transcriptional regulator  60 
 
 
123 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.675106  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4201  regulatory protein, ArsR  63.74 
 
 
106 aa  130  6e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.541615  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1211  transcriptional regulator, ArsR family  62.24 
 
 
113 aa  130  9e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4302  ArsR family transcriptional regulator  63.74 
 
 
106 aa  128  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.372535 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2476  ArsR family transcriptional regulator  49.02 
 
 
110 aa  113  7.999999999999999e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0234  ArsR family transcriptional regulator  49.04 
 
 
112 aa  105  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0793  regulatory protein, ArsR  45.92 
 
 
105 aa  102  2e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0333  ArsR family transcriptional regulator  50.52 
 
 
104 aa  100  8e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3666  ArsR family transcriptional regulator  49.49 
 
 
116 aa  99.4  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6240  ArsR family transcriptional regulator  51.61 
 
 
94 aa  99.4  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.668362  normal  0.873171 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48910  ArsR family regulatory protein  49.5 
 
 
107 aa  99.4  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.316349  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5676  ArsR family transcriptional regulator  48.51 
 
 
106 aa  97.4  6e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1884  ArsR family transcriptional regulator  50 
 
 
116 aa  97.1  7e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.172075 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2435  ArsR family transcriptional regulator  44.9 
 
 
107 aa  96.3  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.285599  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1410  transcriptional regulator, ArsR family  44.9 
 
 
107 aa  96.3  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1609  regulatory protein ArsR  47.52 
 
 
110 aa  95.9  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.020188  normal  0.119159 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1189  transcriptional regulator, ArsR family  44.44 
 
 
142 aa  95.5  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1182  regulatory protein, ArsR  46.46 
 
 
140 aa  94.7  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0961  regulatory protein, ArsR  46.88 
 
 
135 aa  93.6  8e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1683  ArsR family transcriptional regulator  48.96 
 
 
113 aa  93.6  8e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1306  ArsR family transcriptional regulator  46.94 
 
 
109 aa  93.6  9e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.680406  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1286  transcriptional regulator, ArsR family  45.74 
 
 
109 aa  92.4  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4718  ArsR family transcriptional regulator  43.27 
 
 
110 aa  92  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3554  ArsR family transcriptional regulator  47.92 
 
 
116 aa  92.4  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4153  transcriptional regulator, ArsR family  44.9 
 
 
119 aa  92  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.161785  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3459  ArsR family transcriptional regulator  43.14 
 
 
112 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3369  ArsR family transcriptional regulator  47.37 
 
 
116 aa  91.3  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.176859  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1543  transcription regulator protein  44.09 
 
 
121 aa  90.9  5e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0436972 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1917  regulatory protein, ArsR  43.88 
 
 
117 aa  90.5  6e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.984874 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4035  ArsR family transcriptional regulator  46.88 
 
 
116 aa  90.5  6e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.137887 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4845  ArsR family transcriptional regulator  41.75 
 
 
117 aa  90.1  8e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.88306 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0854  regulatory protein, ArsR  44 
 
 
133 aa  89.7  1e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00229848 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01281  transcriptional regulator, ArsR family protein  43.53 
 
 
87 aa  89.4  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000457227  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0576  transcriptional activator HlyU  38.24 
 
 
103 aa  89  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000103894  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1050  ArsR family transcriptional regulator  45.92 
 
 
141 aa  88.6  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1791  ArsR family transcriptional regulator  43.48 
 
 
96 aa  87.8  4e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2606  ArsR family transcriptional regulator  43.3 
 
 
127 aa  87.8  4e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1264  regulatory protein, ArsR  43.3 
 
 
117 aa  87.8  5e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.648865 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2068  ArsR family transcriptional regulator  43.48 
 
 
96 aa  87.8  5e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.887596  normal  0.21575 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0024  ArsR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
101 aa  87  8e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000555304  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0396  ArsR family transcriptional regulator  44.09 
 
 
107 aa  86.7  9e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.892869  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0456  ArsR family transcriptional regulator  44.09 
 
 
107 aa  86.7  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2615  ArsR family transcriptional regulator  40.82 
 
 
119 aa  86.3  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.237547  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2014  transcriptional regulator, ArsR family  40.86 
 
 
121 aa  86.7  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.413816  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1706  transcriptional regulator, ArsR family  40.86 
 
 
121 aa  86.3  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.09956  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1877  ArsR family transcriptional regulator  46 
 
 
103 aa  85.5  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.42284  hitchhiker  0.00584724 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1617  ArsR family transcriptional regulator  40.43 
 
 
115 aa  85.9  2e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.755746  normal  0.662554 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3751  transcriptional regulator, ArsR family  39.39 
 
 
110 aa  85.1  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0363  regulatory protein, ArsR  42.72 
 
 
111 aa  85.1  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000621973 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2894  transcriptional regulator, ArsR family protein  39.18 
 
 
98 aa  85.1  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0578791  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5567  transcriptional regulator, ArsR family  38.24 
 
 
109 aa  84.3  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.119267  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2570  transcriptional regulator, ArsR family  44 
 
 
116 aa  84.7  4e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.525775 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0028  regulatory protein, ArsR  33.67 
 
 
102 aa  84.3  5e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000136281  normal  0.0492639 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0205  ArsR family transcriptional regulator  39.56 
 
 
104 aa  84.3  5e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6792  ArsR family transcriptional regulator  44.87 
 
 
108 aa  84.3  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.439051  normal  0.0283932 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1900  ArsR family transcriptional regulator  44.76 
 
 
115 aa  83.6  8e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.428282  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1404  ArsR family transcriptional regulator  44.76 
 
 
115 aa  83.6  8e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.209415  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1814  ArsR family transcriptional regulator  44.76 
 
 
115 aa  83.6  8e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.978602  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0937  ArsR family transcriptional regulator  44.76 
 
 
115 aa  83.6  8e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0359  ArsR family transcriptional regulator  44.76 
 
 
115 aa  83.6  8e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0202  ArsR family transcriptional regulator  44.76 
 
 
115 aa  83.6  8e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0445  ArsR family transcriptional regulator  44.76 
 
 
115 aa  83.6  8e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4146  regulatory protein, ArsR  46.81 
 
 
113 aa  83.6  9e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.962591  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0060  transcription regulator ArsR  39.58 
 
 
227 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0026  ArsR family transcriptional regulator  34.02 
 
 
101 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.849172  normal  0.018094 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2727  regulatory protein, ArsR  39.18 
 
 
98 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000369896  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1569  transcriptional regulator ArsR family  39.39 
 
 
114 aa  82.8  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4659  regulatory protein ArsR  42.53 
 
 
115 aa  82.4  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1085  ArsR family transcriptional regulator  43.14 
 
 
115 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0694077  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1287  ArsR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
98 aa  82  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000165957  normal  0.329148 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0920  transcriptional regulator HlyU  38.14 
 
 
98 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000331953  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2812  transcriptional regulator  42.7 
 
 
111 aa  81.6  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.158239 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1106  regulatory protein ArsR  41.49 
 
 
103 aa  81.6  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1117  regulatory protein ArsR  39.18 
 
 
98 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000362609  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1055  regulatory protein, ArsR  39.18 
 
 
98 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.584265  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3538  transcriptional regulator HlyU  39.18 
 
 
98 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1050  regulatory protein, ArsR  39.18 
 
 
98 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000242354  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1151  ArsR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
98 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000355977  normal  0.185077 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2961  ArsR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
98 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000318119  normal  0.703465 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3043  ArsR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
98 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000176438  normal  0.676383 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3239  transcriptional regulator, ArsR family  39.18 
 
 
98 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00078895  normal  0.52452 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3141  ArsR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
98 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000177762  normal  0.988511 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2896  regulatory protein ArsR  46.24 
 
 
146 aa  81.3  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.669424 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1619  regulatory protein ArsR  43.3 
 
 
103 aa  81.3  0.000000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000554955  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1095  ArsR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
98 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000620503  normal  0.070685 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0026  ArsR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
102 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3220  ArsR family transcriptional regulator  47.57 
 
 
129 aa  80.5  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1079  ArsR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
104 aa  80.5  0.000000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000795282  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0029  ArsR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
102 aa  80.1  0.000000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000481298  hitchhiker  0.000000745632 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0357  transcriptional regulator, ArsR family  35.79 
 
 
103 aa  80.1  0.000000000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.175794 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1190  ArsR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
98 aa  80.1  0.000000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00010661  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0023  ArsR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
102 aa  80.1  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000124872  hitchhiker  0.000733869 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0021  ArsR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
102 aa  80.1  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00000364753  normal  0.0654899 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0037  ArsR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
102 aa  80.1  0.000000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.139091 
 
 
-
 
NC_004310  BR1589  ArsR family transcriptional regulator  44.32 
 
 
115 aa  79.3  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000194684  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0025  ArsR family transcriptional regulator  34.02 
 
 
101 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2367  regulatory protein ArsR  40.86 
 
 
97 aa  79.7  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.74667  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0025  ArsR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
102 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00398711  normal  0.0110166 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>